張海俠受傷雙腿殘疾
《南部檔案》第3集承接盤花海礁案的危險局面。張海樓和張海俠進入洞中繼續查看，想弄清楚黃昏草與軍閥的關係。原本被張海樓以為已經解決的陳西風並沒有死，他給自己止血後重新出現，命令手下堵住洞口，裡面的人一個都不能留。兄弟倆在洞裡找到關於黃昏草的資料，也確認這裡許多屍體正是死於這種毒草。
黃昏草不是普通毒物，它的種子和培育方式都被軍閥盯上。陳西風發現培育的黃昏草已經成熟，立刻把種子放走。張海樓想阻止他，卻沒能及時毀掉。出口被封、毒物蔓延、敵人在外步緊逼，局面一下子失控。張海俠判斷他們很可能出不去了，危急關頭仍然選擇護送張海樓。爆炸混亂之後，張海樓醒來時發現兩人漂到礁石上，他先確認張海俠還有呼吸，才稍微鬆了一口氣。
但張海俠雖然活下來，雙腿卻徹底廢了。之後的日子裡，張海樓陪他養傷，也照顧他的起居。原本意氣風發的搭檔，一個坐上輪椅，一個被罪惡感困住，兩人的人生從此改變。他們在南部檔案館留下的地址附近做點小生意，日子清貧，卻一直沒有真正放下黃昏草。張海樓反覆嘗試聯繫總部，卻始終沒有回應。
另一邊，陳西風臨死前把黃昏草種子送到軍閥首領莫雲高手裡，還留下信件。莫雲高知道手下士兵中毒後，沒有救人，反而直接處決，乾淨俐落地掩蓋風險。南部檔案館也陷入低谷，各處分支陸續關停，不再行動。張海琪沒了音訊，其實她一直在暗中調查檔案館成員被殺一事，甚至自己也差點遇險。兄弟倆像被留在原地的人，只能從零散消息裡判斷外面的風向。
三年過去，張海俠從報紙上看到胥城又發生黃昏草中毒事件。他從未放棄調查，只是雙腿不便，無法親自行動，只能讓張海樓去看。張海俠心裡覺得自己拖累師弟，希望張海樓不要總守在自己身邊。張海樓卻不這麼想，他一直想找到張海琪，認為師父也許能治好張海俠的腿，所以無論如何都不肯放棄。
張海樓去了胥城，回來時還帶回一個小女孩。那孩子原本是小乞丐，張海樓給她取名張海嬌，帶她洗澡、買新衣服，又確認她沒有中毒跡象才領回家。夜裡，張海樓把查到的情況說給張海俠聽。張海俠分析後認為，南安號上可能還有重要線索，希望張海樓繼續查下去。他也很清楚，這次張海樓可能要單獨行動，自己沒辦法像從前那樣陪在旁邊。
張海俠甚至希望張海樓去了廈城就不要再回來。他不是不在乎這個師弟，而是知道張海樓不該一直被自己的殘疾綁住。張海樓聽得出來師兄的意思，卻不願接受這種安排。兩人的情感在這一集裡沒有大聲宣洩，卻藏在一句看似平常的對話裡：張海俠想把張海樓推出困局，張海樓卻寧願留在困局裡陪他。
第二天，張海樓還沒出發，就發現張瑞樸帶人出現在張海俠房間。張瑞樸沒有死，還查清了兄弟二人的真實身分。他聲稱自己想和他們一起查黃昏草，但兩人都明白，他絕對不會只是好心幫忙。張海樓拒絕合作，張瑞樸便抓住張海俠這個軟肋來威脅他。第3集結尾，張海俠的傷、黃昏草的毒、張瑞樸的再現交織在一起，把張海樓逼向南安號，也把兄弟二人的命運推入新的險局。
