19世紀70年代，發生九省旱災，受災人口占全國總人口的一半，史上稱丁戊奇荒。在這次災難中，主角張海鹽淪為孤兒，孤單踏上冒險之旅，途中遭遇了許許多多的離奇事件。揭秘《盜墓筆記》中神秘的東方家族「張家」。

中國首部千人千面的特務奇情。相距百年的傳奇愛情，海外華人的家國情懷。少年人捨身飼虎，只為守護家族最後的榮耀。身旁是故人攜手同行，身後是萬千山河繪卷。

《南部檔案》第1集從南洋詭案切入，把張海樓和張海俠這對搭檔推到觀眾面前。南部檔案館並不是普通機構，它專門處理那些無法用常理解釋的案件，館中成員各有本事，也各有脾氣。張海樓外號張海鹽，嘴上不饒人，行動也大膽，關鍵時候還能口吐刀片；張海俠外號張海蝦，嗅覺異常靈敏，性子比師弟穩，遇事總會先提醒風險。這次，兩人被派去查一樁南洋慘案，新郎一家離奇死去，傳聞又牽扯當地寶藏和峇來古神。

當地人提起那處洞穴都很忌憚。有人說裡面藏著寶物，也有人說邪神守在地下，凡是貪心下洞的人，幾乎都沒能活著回來。張海樓不信邪，越聽越想進去看個明白；張海俠則保持警惕，反覆提醒他，調查歸調查，千萬不能和峇來古神產生直接接觸。兩人沿著線索挖地道，進入村民供奉邪神的祖庭，裡面陰暗潮濕，處處透著不對勁。

他們很快發現，之前那些所謂被邪神害死的人，並沒有真正消失，而是被做成類似木偶的東西，受某種力量操控。張海樓還把小雕像當工具用來挖地道，隨身帶著走，結果那些木偶的視線全都盯上了他。張海俠察覺後要他趕緊丟掉雕像，木偶的反應慢慢平息。這個細節讓兩人意識到，小雕像並不是普通物件，它和祖庭深處的東西有某種關聯。

繼續往裡走，兩人在巨大人像前看到一個剛好可以放下雕像的位置。張海樓把雕像放上去，機關隨即啟動，一道門在他們面前打開。門後出現的不是傳說裡的空洞神像，而是活生生的巨大邪神。張海樓試著控制雕像，發現大邪神也會跟著停頓，於是兄弟倆想到用外面的屍體壓住雕像，為自己爭取逃生機會。但張海俠還來不及把屍體拖進來，張海樓已經撐不住，小雕像脫手，危險重新逼近。

兩人一路逃命，危急時遇見張瑞樸。張海樓認出他曾經和檔案館有關，卻不肯輕易暴露身份，只與張海俠一起謊稱自己是來挖寶的土匪。張瑞樸不好糊弄，很快就和他們交手。兄弟倆配合默契，終於把他壓制住，但張瑞樸也看出他們不是普通人，差點叫破南部檔案館的身份。就在這時，暗處又冒出第四個人，把張瑞樸砸暈。

出手的人自稱張四野，也是南部檔案館成員，之前一直潛伏在張瑞樸身邊。他已經身受重傷，臨死前只來得及留下幾個斷裂的線索，提醒他們不要再查和礁石有關的案件，還說出一個「草」字。這個字看似沒頭沒尾，卻為後面的黃昏草埋下伏筆。張海樓和張海俠為了擺脫邪神，只能炸毀洞口逃出。

本來兩人打算回廈城向師父復命，可半路上張海樓忽然不肯走了。他知道這趟案子是自己執意要查，張海俠只是陪他冒險，如果就這樣回去，不但要受罰，案子也會停在最關鍵的地方。張海樓決定自己留下繼續查，張海俠沒有怪他，也沒有丟下他。第1集最後，兄弟二人重新站到同一條路上，邪神案看似暫時結束，張四野留下的“礁石”和“草”，卻把他們引向更危險的謎團。

《南部檔案》第2集延續前一集的南洋邪神線索，張海樓和張海俠裝成屍體混入胥城。兩人原本以為城中會有疫病傳聞，進城後卻發現街上橫陳著不少屍體，氣氛比想像中更詭異。張海俠檢查屍體後判斷，很多人並非被外力殺害，而像是在同一時間選擇自盡。如此密集的死亡讓兄弟二人意識到，胥城背後絕不是普通民亂。

張海俠聞到焚燒屍體的味道，兩人追到火場附近。張海樓裝作家人遇難的可憐人，向當地村民打聽狀況。村民說，赫曼總督供奉峇來古神後，便不許百姓再拜其他神像，違者會被處死。還有人進入神洞後精神失常，被當成禍患處理。為了接近總督府，張海樓發揮自己製作人皮面具的本事，把張海俠喬裝成華人美女，正好迎合總督最近的喜好。

兄弟倆順利進入總督府後分頭行動。張海俠被送到總督房間，趁機控制住赫曼，逼問峇來古神的來歷。總督只知道神像是華人軍官送來的，卻說不清更深的秘密。張海俠繼續追問那些被送入府中的女孩下落，當他得知她們大多被折磨至死，憤怒之下殺了赫曼。另一邊，張海樓找到了供奉邪神的房間，直接放火燒毀，準備和師兄會合。

火勢很快失控，整座府邸陷入混亂。張海俠還救出一個小女孩，帶著她和張海樓一起逃離。但張海樓這次又闖了禍，張海琪趕到後沒有縱容他們。張海樓醒來時發現自己被綁在海裡，這是師父給他的懲罰。張海琪並不是不認可他們的能力，只是擔心張海樓行事太莽撞。經過胥城一案，她允許兩人正式轉正進入南部檔案館，同時立下規矩，以後遇到分歧，要聽更穩重的張海俠。

入職後的兄弟二人聯手破獲了不少怪案，直到盤花海礁案出現。兩名船員違規出海，聲稱在礁石附近遇見水鬼，其中一人死亡，另一人帶著屍體來報案。張海樓看到屍體被鹽醃過，立刻被勾起興趣。張海俠想起張四野臨終前的提醒，關於礁石的案件不要碰，可張海樓裝作不記得，軟磨硬泡地說服師兄一起去查。

他們跟著倖存船員來到出事海域，霧氣很快瀰漫，眼前出現許多漂浮般的屍體。倖存者嚇得躲進船艙，張海樓和張海俠卻靠近查看。張海樓甚至看見了倖存船員自己的屍體，同樣被鹽醃過，這讓他也有些發怵。張海俠站到他身邊，讓他冷靜判斷。隨後兩人在礁石邊發現血跡，確認水鬼並非鬼怪，而是有人故意佈置。

張海俠聞到異常氣味，兄弟倆順著味道遊過去，發現一艘早已被報道沉沒的船。船上藏著軍閥，他們抓來船員，讓人在洞裡挖東西。那些被吊起的屍體上連著細線，軍閥利用升帆機關製造水鬼假象，用來恐嚇過往船隻。副官陳西風出現後，張海樓失手用刀片殺了他，只能臨時模仿陳西風的聲音，套出更多訊息。

張海俠在船上找到檔案，得知軍閥正在尋找沉船裡的進貢寶藏，更重要的是，這裡出現了黃昏草。黃昏草毒性極強，吸入都可能中毒。張海樓命令軍閥手下去炸洞，洞被炸開後，下去的人卻紛紛中毒。第2集結尾，兄弟倆明白自己已經被捲進更危險的局面，張海俠說到了他們收拾殘局的時候，這也意味著黃昏草案正式浮出水面。

《南部檔案》第3集承接盤花海礁案的危險局面。張海樓和張海俠進入洞中繼續查看，想弄清楚黃昏草與軍閥的關係。原本被張海樓以為已經解決的陳西風並沒有死，他給自己止血後重新出現，命令手下堵住洞口，裡面的人一個都不能留。兄弟倆在洞裡找到關於黃昏草的資料，也確認這裡許多屍體正是死於這種毒草。

黃昏草不是普通毒物，它的種子和培育方式都被軍閥盯上。陳西風發現培育的黃昏草已經成熟，立刻把種子放走。張海樓想阻止他，卻沒能及時毀掉。出口被封、毒物蔓延、敵人在外步緊逼，局面一下子失控。張海俠判斷他們很可能出不去了，危急關頭仍然選擇護送張海樓。爆炸混亂之後，張海樓醒來時發現兩人漂到礁石上，他先確認張海俠還有呼吸，才稍微鬆了一口氣。

但張海俠雖然活下來，雙腿卻徹底廢了。之後的日子裡，張海樓陪他養傷，也照顧他的起居。原本意氣風發的搭檔，一個坐上輪椅，一個被罪惡感困住，兩人的人生從此改變。他們在南部檔案館留下的地址附近做點小生意，日子清貧，卻一直沒有真正放下黃昏草。張海樓反覆嘗試聯繫總部，卻始終沒有回應。

另一邊，陳西風臨死前把黃昏草種子送到軍閥首領莫雲高手裡，還留下信件。莫雲高知道手下士兵中毒後，沒有救人，反而直接處決，乾淨俐落地掩蓋風險。南部檔案館也陷入低谷，各處分支陸續關停，不再行動。張海琪沒了音訊，其實她一直在暗中調查檔案館成員被殺一事，甚至自己也差點遇險。兄弟倆像被留在原地的人，只能從零散消息裡判斷外面的風向。

三年過去，張海俠從報紙上看到胥城又發生黃昏草中毒事件。他從未放棄調查，只是雙腿不便，無法親自行動，只能讓張海樓去看。張海俠心裡覺得自己拖累師弟，希望張海樓不要總守在自己身邊。張海樓卻不這麼想，他一直想找到張海琪，認為師父也許能治好張海俠的腿，所以無論如何都不肯放棄。

張海樓去了胥城，回來時還帶回一個小女孩。那孩子原本是小乞丐，張海樓給她取名張海嬌，帶她洗澡、買新衣服，又確認她沒有中毒跡象才領回家。夜裡，張海樓把查到的情況說給張海俠聽。張海俠分析後認為，南安號上可能還有重要線索，希望張海樓繼續查下去。他也很清楚，這次張海樓可能要單獨行動，自己沒辦法像從前那樣陪在旁邊。

張海俠甚至希望張海樓去了廈城就不要再回來。他不是不在乎這個師弟，而是知道張海樓不該一直被自己的殘疾綁住。張海樓聽得出來師兄的意思，卻不願接受這種安排。兩人的情感在這一集裡沒有大聲宣洩，卻藏在一句看似平常的對話裡：張海俠想把張海樓推出困局，張海樓卻寧願留在困局裡陪他。

第二天，張海樓還沒出發，就發現張瑞樸帶人出現在張海俠房間。張瑞樸沒有死，還查清了兄弟二人的真實身分。他聲稱自己想和他們一起查黃昏草，但兩人都明白，他絕對不會只是好心幫忙。張海樓拒絕合作，張瑞樸便抓住張海俠這個軟肋來威脅他。第3集結尾，張海俠的傷、黃昏草的毒、張瑞樸的再現交織在一起，把張海樓逼向南安號，也把兄弟二人的命運推入新的險局。

《南部檔案》第4集裡，張瑞樸的目的逐漸攤開。他確實帶來了黃昏草案的更多信息，也確實有能力阻止投毒，但他的幫助從來不是無條件的。張瑞樸已經查到南安號與黃昏草有關，如今雙方各自掌握一部分線索，真正的問題變成了軍閥為何要利用黃昏草投毒，以及他們究竟想從南安號上得到什麼。

張瑞樸不願親自回廈城。他曾經發誓不再回去，而且手下也因為中毒死了不少，再繼續冒險代價太高。張海樓是黃昏草事件的倖存者，又急著救張海俠，正好被他拿來當交易對象。張瑞樸準備好錢和船票，告訴張海樓南安號三日後出發，要他登船調查，自己則負責暫時照顧張海俠。他只給張海樓半年時間，如果半年內查不出結果，張海俠的命也保不住。

張海樓沒有太多選擇。張瑞樸把話說得很明白，他的一舉一動都會被監視，別想著耍花招。張海俠那邊也並不安全。張海嬌重新回到房間後，張海俠聞到一股奇怪味道，還注意到她頭上帶著一朵小黃花。張海嬌看似天真地說要跟在他身邊，實際氣氛已經改變。張瑞樸隨後把張海俠帶去自己的住處，看似保護，實則也是控制。

張海樓登上南安號後，很快在船員介紹下見到船東的女兒董小姐。他並不知道，眼前這位董小姐其實是師父張海琪喬裝。張海琪也在暗中行動，她和探險家華納納教授做了交易，用線索換取身份，偽裝成他們一行人的樣子，這樣才能躲開追殺。師徒兩人同在一艘船上，卻因為身分偽裝和各自任務，暫時沒有相認。

張海樓心裡惦記張海俠，只想趕快查出結果。他意識到董小姐的身份能為自己帶來船上的特權，於是主動去談判，稱自己是巡警，要在船上調查事情。董小姐似乎早就看穿他的目的，沒有直接拆穿，只給他兩天。兩天內找不到目標，她就會以擾亂船上治安為由逮捕他，送去廈城坐牢；如果張海樓拒捕，甚至會被當場擊斃。張海樓權衡後答應下來，換得一定行動權限。

董小姐還把隨行隊醫史蒂文安排給張海樓。史蒂文槍法不錯，也能在船上替他疏通關係。這個安排表面像限制，實際上也給張海樓的調查打開一條縫。他一邊適應船上的規矩，一邊尋找南安號和黃昏草之間的連結。張海樓越急，越能看出他和張海俠之間的牽絆：查案不只是任務，更是救師兄的唯一機會。

同時，張海俠遭遇真正的危險。原本跟在他身邊的張海嬌早已被人替換，現在的「張海嬌」其實是殺手。她先在​​路上出手殺了張瑞樸，張海俠確認插入張瑞樸身體的飛鏢帶有黃昏草毒。殺手隨即對張海俠下手，雙腿殘障的張海俠行動受限，只能靠輪椅和判斷力周旋。

張海俠利用改造過的輪椅逃到橋上。他每天都能聽見附近船隻經過，早已記住時間和路線，於是算準機會，從橋上落下，正好掉到經過的船上。這一段把他的冷靜和求生能力表現得很清楚，即便身體不便，他仍能憑經驗和嗅覺找到生路。第4集最後，張海樓在南安號開始調查，張海俠則獨自擺脫追殺，兩條線同時推進，也讓黃昏草背後的勢力顯得更加危險。

《南部檔案》第5集把故事重心放到南安號內部。張海樓拿到臨時行動權限後，必須盡快查出結果，因為張海俠還被危險籠罩。為了從船員口中套話，他沒有一上來就擺出調查姿態，而是坐下來和幾個船員打牌。張海樓故意一直輸錢，史蒂文看得十分無語，只好把自己的錢借給他，隨後到外面等候。張海樓趁著史蒂文不在，把錢分給船員，藉著這份「好處」打開對方話匣。

船員果然說起前段時間船上發生的怪事。有一名叫宋猜的船員離奇失踪，沒人知道他去了哪裡。更奇怪的是，大家後來在宋猜床位下面發現許多瓶子，裡面裝的都是活蒼蠅。張海樓對這個細節產生興趣，他不相信一個正常船員會無緣無故收集蒼蠅，宋猜失踪和這些瓶子之間，很可能藏著南安號的秘密。

張海樓和史蒂文在船員帶領下來到宋猜宿舍，可惜那些蒼蠅已經被處理掉。張海樓沒有放棄，他躺到宋猜床鋪上觀察，發現床板上留下「ND」字樣。他開始在本子上重複寫相關單詞，最後想到那可能是豬籠草的縮寫。蒼蠅、豬籠草、失蹤船員，這幾樣東西還無法直接拼成答案，卻已經把線索指向某種捕食或誘捕機制。

為了驗證猜測，張海樓讓史蒂文找人幫忙，在船上不同區域捕捉活蒼蠅，並按地點分裝進瓶子。這個辦法看似古怪，卻符合張海樓查案的風格：他不急著下結論，而是讓蟲子幫自己標記氣味和異常區域。隨後，張海樓在醫療間的瓶子裡發現血跡，直覺那裡會有關鍵線索，於是循著血跡一路查下去。

血跡把他帶到船底。張海樓越走越覺得環境眼熟，直到看清底倉深處的佈置，才意識到這裡竟然藏著峇來邪神的祖庭。曾經在南洋地下見過的東西，如今出現在南安號上，這讓他很驚訝。史蒂文追過來後，把這一切理解成東方人走私古董的手法，但張海樓知道事情絕不只是走私。邪神祖庭被搬到船上，說明有人在延續甚至複製當年的危險。

張海樓熟門熟路地拿起峇來小雕像，將它放到祖庭空缺的位置。機關果然被觸發，熟悉的門打開。史蒂文嚇得不輕，張海樓卻拉著他一起進去查看。他們遇到一個小型邪神活物，張海樓很快想起控制它的方法。趁對方撲過來時，他直接糊住它的眼睛，讓它失去行動目標。和當年不同的是，這次他們暫時沒有看到巨大的邪神活體。

可底倉深處並不安全。兩人繼續尋找時，忽然像進入幻境。他們看見另一個自己站在面前，眼睛流血，動作卻和他們完全一致，彷彿一面恐怖的鏡子。史蒂文被嚇得轉身逃跑，張海樓則強迫自己冷靜下來。他想到解決辦法，用火燒小雕像的眼睛。隨著火光吞掉雕像的眼部，幻境一點點消散。

史蒂文逃跑時掉進洞裡，幸好旁邊有繩子，張海樓把他拉了上來。兩人繼續往前，張海樓在一個深洞裡終於發現那個更大的邪神活物。第5集結尾把南安號的秘密再次和峇來古神連接起來，宋猜失蹤、蒼蠅瓶、豬籠草縮寫、底倉祖庭都不再是孤立線索。張海樓距離真相更近，也意味著他離危險更近。

《南部檔案》第6集繼續圍繞南安號和黃昏草案推進。張海鹽在祖庭裡冒險救人，本以為只要把被困者帶出去就能續上線索，沒想到大邪神被激怒後反撲得更猛烈。他一邊護住男子，一邊同怪物周旋，幾次都差點被拖回死地。等他終於救出對方，才從證件上確認此人正是失蹤的宋猜。宋猜傷勢太重，臨死前只透露黃昏草一案與軍閥有關，話還沒說完就斷了氣。張海鹽毀掉祖庭逃出，但線索再次斷裂，他知道真正的幕後之人還藏在南安號的層層人群之後。

另一邊，昏迷的張海蝦被汽艇船老大救醒。他從殺手的追擊判斷，張海鹽也一定陷在危險之中，顧不上傷勢便趕往南安號。碼頭上，張海蝦靠著敏銳嗅覺聞到盤花海礁的味道，又看見三年前本該死去的陳西風登上南安號，立刻意識到這艘船不是普通客輪。同時，張海琪在房間裡整理南部檔案館叛徒名單，懷疑檔案館的秘密已經被內部人洩露，名單中甚至出現張海鹽的名字。

張海鹽為了把背後的人逼出來，重新設計了一個試探。他故意在甲板上偽裝中黃昏草毒，引發旅客騷亂，再讓史蒂文假扮醫師救治自己。旁人看來這是一場荒唐表演，其實是他布下的第一步棋。剛登船的張海蝦也因此捕捉到他的蹤跡。但張海蝦傷口不斷滲血，身體越來越虛弱，他在尋找張海鹽的同時，還被船上的舊人、怪味和疑似死而復生的陳西風牽住視線。第6集把師兄弟重新拉回同一艘船，卻沒有讓他們順利相見，反而讓南安號的獵殺局更加緊繃。

這一集的重點不在單一打鬥，而在三方資訊差同時擴大。張海鹽握住了「軍閥」和黃昏草的方向，卻不知道張海蝦已經帶傷上船；張海蝦看見張海鹽故意製造的騷亂，卻還沒弄清這場戲背後的用意；張海琪則從檔案館內部叛徒的角度審視所有人，連張海鹽也沒有完全排除嫌疑。南安號表面仍是人聲吵雜的客輪，其實每一層艙室都藏著舊案、追殺和偽裝身分。宋猜的死亡讓調查失去直接證人，陳西風的出現又把三年前盤花海礁的舊事拉回眼前，張海蝦的嗅覺成為他判斷危險的唯一依靠。師兄弟即將重逢，卻都已經被各自的局困住，後續追查也因此更難脫身。

《南部檔案》第7集先交代張海蝦的反擊。他並沒有真的被幻覺逼到自殺，而是在毒性侵襲下強行保持清醒，意識到眼前所謂心魔是有人藉黃昏草製造出來的陷阱。張海蝦順勢反設機關，伏擊殺手白生，並從對手身上搶到幕後計畫的線索。白生暴露的資訊有限，卻足以說明這次追殺並不是臨時起意，而是有組織、有目標地清理南部檔案館相關人員。新的殺手很快就靠近，張海蝦只能繼續逃命。

張海鹽這邊也在推進自己的局。他半夜在部分船客手臂上用藥水畫出假紅疹，等到第二天這些人來找斯蒂文求醫時，便躲在旁邊觀察誰最緊張。他判斷散播黃昏草的人一定會盯著症狀變化，可等到南安號即將啟航，仍沒有抓住明確目標。緊急關頭，張海鹽想到船醫始終沒有露面反而最可疑，正準備去查，斯蒂文已經忍無可忍，帶火槍隊來抓他。火力壓得太近，張海鹽只能跳海逃生，游向附近的包恩號。

在包恩號上，張海鹽遇到何剪西。何剪西因露了錢財被水手二耳龍盯上，張海鹽為了避免衝突擴大，先把錢交出去穩住局面，卻讓何剪西誤會他膽小怕事。兩人回到船艙後，張海鹽一邊處理傷口，一邊籌劃如何返回南安號，因為張海蝦很可能還困在那艘船上。船警搜查逼近，包恩號也不安全。另一頭，張海蝦躲避殺手逃入三等艙。師兄弟都在為靠近彼此努力，卻被船上的追殺、誤會和時間差一再錯開。

張海鹽跳海並不是單純逃跑，而是被逼著從南安號的明局暫時抽身。他在包恩號上看似狼狽，實際上仍在盤算如何回到真正的獵場。何剪西的出現改變了他的處境：這個普通帳房先生既不懂南部檔案館，也不懂黃昏草案，卻因為錢財和張海鹽攪在一起，​​成了後續行動裡意外的同伴。張海蝦那邊則更像在毒霧和追殺中獨自摸索，他用清醒意志抵住幻覺，又從白生身上搶到情報，說明殺手陣營並非鐵板一塊。第7集把兩個逃亡空間並置起來，一個在包恩號上處理現實麻煩，一個在南安號三等艙裡繼續躲避暗殺，兩人越想靠近真相，就越被船上的秩序、槍口和兇手牽引。張海鹽沒有放棄返航計劃，張海蝦也沒有停止尋找師弟，這種雙線推進讓下一集重返南安號顯得順理成章。

《南部檔案》第8集裡，張海鹽無法繼續躲在包恩號上。他擔心何剪西留在船上會被欺負，也擔心張海蝦在南安號上遭遇不測，於是帶著何剪西登上救生艇，冒險返回南安號。回船後，張海鹽把何剪西暫時安置好，獨自潛入醫務室尋找船醫。但他看到的不是船醫，而是已經遇害的醫護人員。這個結果讓他意識到船醫線索被人提前清理，下一刻機關觸發，房門封死，毒氣瀰漫。

殺手趁他中毒時現身，想把他困死在醫務室。幸好何剪西帶著船警趕到，張海鹽才趁亂脫身，並在混戰中殺死一名殺手。但毒氣影響了他的行動，另外兩名殺手還是逃走。張海鹽檢查現場，發現醫務室裡藏有大量軍用毒氣瓶，判斷兇手的目標不只是自己，而是所有追查黃昏草的人。他重新理解宋猜留下的「NP」線索，意識到那指向豬籠草：南安號本身就是一株巨大的捕蟲植物，專門引誘檔案館探員上船，再把他們逐個吞掉。

張海鹽查到船上曾潛伏多名檔案館探員，如今大多失踪，心裡更加擔心張海蝦。他懷疑張瑞樸早知道南安號是個陷阱，卻仍讓自己上船替死。為了逼船掉頭，他決定利用董小姐。張海鹽讓何剪西背著殺手屍體進入三等艙，自己在暗處觀察旅客反應，終於鎖定白珠和一個女孩的異常身分。殺手們隨即集體圍攻，張海鹽和何剪西陷入混戰，張海鹽傷勢加重。第8集把南安號的真面目揭開：它不是單純的交通工具，而是清除檔案館探員的狩獵場。

這集裡何剪西的作用也開始改變。他原本只是被張海鹽順手帶上的人，卻因為嗅覺、膽量和誤打誤撞的行動，成為張海鹽尋找殺手的關鍵掩護。張海鹽讓他背屍體穿過三等艙，既是試探殺手，也是賭對方會對同夥屍體產生反應。白珠和女孩被鎖定後，南安號暗處的殺手不再隱藏，圍攻來得突然又密集。張海鹽一邊要護住何剪西，一邊還要判斷張海蝦是否也在船上受困，壓力比前幾集更重。醫務室的軍用毒氣瓶則把黃昏草案和軍閥勢力進一步連在一起，說明幕後之人不只是想殺幾個探員，而是有能力把整艘船改造成一個精密陷阱，也讓返航救人的願望變得更迫切。

《南部檔案》第9集從張海鹽和何剪西被追殺開始。兩人一路躲避，最後潛入斯蒂文房間暫時藏身。張海鹽製住史蒂文後先處理傷口，隨後發現史蒂文手上有董小姐舞會邀請函。他立刻意識到，這是接近董小姐的機會。南安號要不要掉頭、船上殺手如何處理、檔案館探員為何失踪，這些問題都可能和董小姐有關。張海鹽決定假扮史蒂文參加舞會，用自己畫下的殺手畫像同董小姐交換條件。

華納也在準備借舞會試探董小姐。他帶著珍藏翡翠，想換通關文牒，言語之間既有合作也有威脅。張海鹽戴上面具混入舞會，看似鎮定，其實隨時尋找開口機會。包廂裡，華爾納拿翡翠談判，董小姐態度冷淡，不急著接受。張海鹽還沒照計畫交出畫像​​，董小姐已經識破他是假史蒂文，突然出手試探。兩人從包廂打到舞廳，張海鹽發現她的身手和判斷都遠超普通商人之女，只能趁亂逃脫。

董小姐沒有直接說破全部真相，反而順勢誣陷張海鹽偷走華納的翡翠，下令全船禁足搜查。南安號因此大亂，但這場混亂也被她利用起來，火槍隊在搜船時揪出多名殺手。張海鹽回到史蒂文房間想帶何剪西離開，卻發現何剪西已經被華爾納和史蒂文控制。他不得不再次出手救人。第9集裡，假扮、談判、搜索和救援不斷交叉，張海鹽沒能立刻讓船返航，卻把董小姐、華納和殺手陣營都捲進同一場明面衝突中。

董小姐在這集的處理很耐人尋味。她明明識破張海鹽，卻沒有簡單把他交給華納或史蒂文，而是藉「翡翠失竊」製造全船搜查的理由。這個決定既保護了她自己的身份，也讓她可以名正言順清理潛伏殺手。張海鹽則在交手中意識到，董小姐掌握的遠不止商路和文牒，她對人皮面具、殺手畫像以及船上局勢的反應都太快。何剪西被抓後，張海鹽只好放棄繼續談判，先救眼前人。第9集沒有給出張海琪身分的明牌，卻透過她的身手和調度，讓觀眾看到她與南部檔案館的深層關係，也讓張海鹽第一次真正接觸到比自己更高一層的棋手。舞會從交際場變成清查場，南安號上的偽裝也被迫一層層剝開，危機進一步外露。

《南部檔案》第10集進入南安號段落最沉重的一集。張海鹽與殺手陷入車輪戰，雖然接連擊殺多人，體力和傷勢也被消耗到極限。就在幾乎撐不住時，董小姐出現救下他，並把他易容成史蒂文，讓他暫時避開追殺。張海鹽在史蒂文房間醒來，何剪西一直守在旁邊照料，可張海蝦的死讓他情緒墜到谷底。他不是沒有疑問，而是暫時失去了繼續追下去的力量。

數日後，張海鹽終於決定去找真相。他審問被囚禁的殺手白生，逼問張海蝦被殺害。白生供出張海蝦確實遭到追殺，也讓張海鹽得知張海嬌早就被白珠替換，真正的海嬌已經遇害。這個消息等於把南安號上的陰謀又往前推了一層：兇手不僅要除掉檔案館探員，還早早安插假身份，切斷他們彼此之間的信任。繼續審訊後，張海鹽確認幕後與軍閥有關，黃昏草、殺手和船上陷阱都不是孤立事件。

董小姐也露出真實情緒，整理徒弟張海蝦的遺體，哀痛並不比張海鹽少。她沒有馬上解釋身份，卻已經用自己的方式收拾殘局。南安號終於抵達廈城，張海鹽想找董小姐問清楚，卻只在房間裡看到裝著張海蝦遺體的棺材，以及一張她留下的字條。張海鹽背著張海蝦踏上故土，復仇的念頭沒有消失，但更沉重的是他必須帶著張海蝦的死回到曾經屬於他們的地方，去面對南部檔案館可能已經被徹底抹去的現實。

這集的情緒轉折很清楚：前半段是張海鹽在殺手包圍中的求生，後半段則變成他面對張海蝦死亡後的崩塌。白生交代張海嬌被替換，讓張海鹽意識到敵人早已滲透到他們身邊；軍閥指使的真相，又說明張海蝦不是死於偶然衝突，而是死在一場持續多年、專門針對檔案館的清剿裡。董小姐替張海蝦整理遺體，等於把師門情感從黑暗中露出一角。當張海鹽背屍下船時，南安號上的追殺告一段落，但他真正要面對的痛苦才開始：張海蝦的死需要一個交代，南部檔案館的消失也需要一個答案。何剪西的照顧讓張海鹽暫時活下來，卻無法替他消化失去同伴的事實；審問白生則讓悲痛重新變成行動動力。他不再只是為了逃出南安號而戰，而是要把幕後軍閥和被替換的身份線全部查清。

《南部檔案》第11集裡，張海鹽背著張海蝦回到廈城。碼頭上，他與何剪西分別，何剪西這才認出張海鹽背上的人正是昔日恩人張海蝦，想把那疊錢交還給張海鹽，卻沒能追上。何剪西在碼頭繼續尋找，反而遇見一個神秘男子，對方開口就說想藉用他的臉，讓這條支線從普通船客的遭遇轉向更危險的偽裝和身份交換。

董小姐這邊也回到廈城。董時昌到碼頭迎接她，面對華納的挑釁態度強硬。車上，董小姐詢問莫雲高的資料，判斷他就是屠殺南部檔案館的幕後真兇。她雖然還沒有在張海鹽面前完全攤開身份，但她對軍閥勢力的判斷、對檔案館舊事的熟悉，都說明她就是這場風暴裡真正掌握關鍵的人。

張海鹽背著張海蝦穿過熟悉街巷，來到張家舊宅，卻發現那裡已變成海產乾貨店，師父和過去的生活都像被人抹去。他再去南部檔案館舊址，看到的卻是海利銀行；到海事督辦府詢問，對方也說從未聽過南部檔案館。張海鹽震驚又絕望，無法接受自己和張海蝦拼命守護的一切就這樣不存在了。直到他發現董小姐字條背面有檔案標誌，才前往董公館追問。董小姐沒有立刻表露張海琪身份，卻告訴他殘酷真相：除他們二人外，探員幾乎全部遇害，而滅館災難的源頭，是張海鹽當年在盤花海礁對陳西風暴露了南部檔案館。張海鹽這一集不只背回同伴，也背回了自己無法逃避的責任。

廈城段落的壓迫感來自於「熟悉之地變得陌生」。張海鹽以為只要回到舊宅、回到檔案館，就能找到師父或組織接住自己，可舊宅成了乾貨店，檔案館舊址成了銀行，連上級部門都否認它存在。這種被抹除的感覺比追殺更讓他崩潰，因為它意味著張海蝦的犧牲甚至沒有地方被承認。董公館裡的對話把真相推到他面前：當年盤花海礁一案中揭露檔案館的舊錯，最後引來滅館災難。第11集沒有安排激烈打鬥，卻透過一處處「不存在」的回答，把張海鹽從倖存者推成責任承擔者，也為他之後拼命救張海蝦埋下動機。何剪西遇到借臉男子，說明偽裝和替身的危險還在延續；張海琪追查莫雲高，也讓滅館案從舊日陰影轉成眼前敵人。

《南部檔案》第12集承接張海鹽得知滅館真相後的崩潰。他從董府出來，在大雨裡失魂落魄，既無法原諒自己，也不知道該把張海蝦帶到何處。另一邊，白珠被漁民從海邊救起後，向副官陸俊祥報告南安號暗殺失敗，並說出董小姐其實是張海琪。陸俊祥得到情報後沒有留下活口，直接殺死白珠，說明他已經準備把目標從南安號轉向廈城和張海琪。

張海鹽流落街頭，用手錶換來兩口棺材，幾乎想在海邊和張海蝦一起結束一切。董小姐此時再度出現，終於暴露真實身分：她是張海鹽和張海蝦的師父張海琪。她沒有溫言安慰，而是狠狠打醒張海鹽，告訴他張海蝦並未真正死亡，而是服下假死藥後處在生死邊緣。這個消息把張海鹽從絕望裡拉回來，也讓他第一次知道檔案館內部還有許多他從未接觸過的秘密。

張海琪解釋，假死藥和復活藥源自特殊水母及寄生蟲，可以讓人進入類似死亡的狀態，再透過藥材復甦。現在要救張海蝦，還缺三味稀有藥材，只有深入南部檔案館核心才能取到。問題是檔案館正門已經關閉，內部機關危險重重，張海鹽必須另找入口。他開始打聽廈城異聞，聽說洪頭媽宮有「牆縫兒吃人」的怪事，老陳還看過一本畫著縫隙、寫有南部檔案館字樣的古書。張海鹽認定這就是入口線索，第12集也從喪友後的自毀，轉入為救張海蝦而闖檔案館的行動。

張海琪的出現改變了張海鹽的狀態。她沒有讓他沉浸在懺悔裡，而是直接給出一個更艱難的選擇：要么繼續拖著棺材等張海蝦真正死去，要么進入已經關閉的檔案館核心，把三味藥材取出來。假死藥和復活藥的設定，也解釋了南方檔案館為何能執行許多常人無法完成的任務。張海鹽過去只知道自己是探員，卻不知道檔案館掌握著接近生死邊界的秘密。洪頭媽宮「牆縫兒吃人」的傳聞把民間怪談與檔案館機關連在一起，說明入口很可能藏在城市最不起眼的傳說裡。第12集因此不只是起死回生的希望出現，也是張海鹽被迫進入檔案館真正核心的起點。白珠被滅口也證明陸俊祥不會允​​許失敗者活著，他和張海琪的衝突很快就會從黑暗中轉向正面。

《南部檔案》第13集把董公館危機和張海鹽尋找入口兩條線同時推緊。張海琪回到董公館後，要董時昌帶著家人撤離，可董時昌不願獨自離開，堅持留下和她一起應對。陸俊祥很快就帶著軍隊包圍董公館，張海琪只好拿出秘密寶庫中的財寶與華爾納重新交易，換取他和火槍隊協助防守。董時昌也致電各領事館求援，公館裡所有人都知道，這場戰爭已經避不開。

陸俊祥率軍攻入董公館，火槍隊借地勢抵抗，一度壓住攻勢。可陸俊祥很快使用毒氣彈，公館內毒霧瀰漫，張海琪只能指揮倖存者轉移。混亂中，白玉偽裝混入公館，試圖刺殺張海琪，董時昌為保護她而死。張海琪打開暗道，帶著火槍隊進入更深處，準備反過來設局對付陸俊祥。董公館線的損失讓張海琪被迫面對舊敵，也讓救張海蝦的時間變得更緊。

另一邊，何剪西帶著張海蝦留下的錢尋找張海鹽，途中被混混打劫，海利銀行女行長韋斯利幫他追回財物，並發現錢上有特殊標記。張海鹽在洪頭媽宮查入口未果，何剪西在韋斯利幫助下找到他，把那筆錢交到他手裡。張海鹽破解錢上的密碼，終於確認南部檔案館入口的提示就在海利銀行。張海蝦即使處在生死邊緣，仍像過去一樣替他留好了後手。張海鹽和何剪西前往銀行，救人的希望第一次變得具體。

張海蝦留下的錢在這一集成為關鍵道具。它不再只是臨終前託付何剪西的遺物，而是被張海蝦提前設計成密碼載體，指向海利銀行和檔案館入口。何剪西能把錢交到張海鹽手裡，看似偶然，其實延續了張海蝦對師弟的保護。董公館那邊，董時昌的犧牲讓張海琪失去重要支撐，也讓陸俊祥的追殺更顯殘酷。兩條線一明一暗地互相催促：張海琪必須拖住軍閥，張海鹽必須盡快找到藥材。第13集結尾，海利銀行從普通地點變成南部檔案館入口，城市表面的金融機構和地下檔案系統重疊，故事也從外部追查正式轉入內部闖關。韋斯利夫人識出錢上的特殊標記，讓何剪西這條支線真正接上主線；張海鹽也終於從傳聞裡找到可以落腳的入口，救人的倒數計時由此進入實處，也讓張海蝦留下的安排真正生效了。

《南部檔案》第14集裡，張海鹽和何剪西進入南部檔案館內部。他們依照張海蝦留下的線索，在書架檔案袋中找到第一味解藥藥材，又在名冊裡發現檔案館探員多姓張且壽命異常，張海琪一直是南部檔案館館長的事實也浮出水面。檔案館不只是辦案機構，它與張家人的秘密、長壽體質和歷代任務緊密相連，張海鹽過去不知道的部分正在被迫打開。

兩人循暗道進入地下室後突遇絕境。張海鹽舊傷莫名裂開，流出的血竟被天花板吸走，入口也隨之封閉。張海蝦留在錢上的密碼成了破局關鍵，但張海鹽一時無法解開。危急時刻，他想起少年時和張海蝦第一次執行任務，兩人合力設陷阱擊敗海盜的經歷。張海蝦當年教他的默契和思路，終於讓他明白密碼真正意義，成功脫困並找到第二味藥材。

另一邊，陸俊祥找到張海琪進入暗道的入口，也想起自己當年作惡後被張海琪丟進檔案館機關縫隙受罰，雖僥倖活下來，卻斷手失能，從此對張海琪恨入骨髓。張海鹽繼續深入，發現與古書記載一致的牆縫，並來到名為「斷龍」的縫隙前，推測最後一味藥材就在石門之後。正當他準備開門，「何剪西」突然從背後刺傷他。張海鹽其實早已識破對方是假扮，經過一番搏鬥將其製服，獨自進門。石門開啟後觸發檔案館防禦，海水開始倒灌，救張海蝦的時間被壓到最後。

第14集最重要的是「張海蝦仍在幫助張海鹽」。他本人躺在生死邊緣，留下的密碼卻一次次在關鍵時刻救張海鹽。第一味藥材、第二味藥材、斷龍縫隙的方向，都依賴過去共同訓練出的默契。假何剪西的出現則提醒張海鹽，檔案館內部也不安全，敵人已經能利用身邊人的臉接近他。張海鹽識破偽裝，說明他並沒有被救人心切完全沖昏頭腦，但打開石門後防禦機關啟動，個人判斷再準也擋不住檔案館本身的危險。陸俊祥的舊恨、張海琪的追殺線和海水倒灌同時逼近，第14集把救人任務壓到幾乎沒有退路的程度。檔案館名冊和機關一起揭開張家秘密，也讓張海鹽明白，取藥不是簡單闖關，而是在走進師父和張海蝦一直隱瞞的世界更深處。

《南部檔案》第15集把檔案館深處和張海琪追殺線匯合。陸俊祥帶兵闖入張海琪藏身暗道，卻撞上她和火槍隊預設的馬克沁機槍陷阱，士兵傷亡慘重。陸俊祥不甘失敗，動用黃昏草種子反擊，火槍隊被毒性壓倒，張海琪只能艱難脫身。她知道陸俊祥不會停手，也知道檔案館防禦啟動後海水倒灌，所有人都可能被困死在地下。

同時，張海鹽在檔案館最深處發現一個空腔，裡面的標記與張海蝦留下的符號一致。他想起張海蝦早年講過危險符號的來歷，又看到巨型鎖鏈通往深海，旁邊筆記記錄著探員曾在海底採集解藥原料。最後一味藥材就在水下，可下潛意味著幾乎沒有退路。張海鹽已經不願再失去張海蝦，明知危險仍躍入海中，拼命向下尋找。缺氧、傷勢和水壓很快就把他推到極限，他在瀕死前被趕來的張海琪救回。

張海琪先前也曾與陸俊祥正面交鋒，以絕對實力重創對方，隨後地道坍塌，陸俊祥被埋。她把重傷的張海鹽帶回後，向他揭示南部檔案館的真相，以及張家人強大長壽的原因。張海琪用特殊草藥為張海鹽療傷，張海鹽醒來後身體發生蛻變，力量和耐受力都明顯增強。為了取回最後一味藥材，他再次潛入深海，這次終於成功。藥材交到張海琪手中後，她開始配藥救治張海蝦，張海鹽也因脫力昏迷。等他醒來，師徒三人在張家老宅重新團聚，張海鹽也真正踏入張家與檔案館的核心秘密。

這集既是取藥關的完成，也是張海鹽身分變化的節點。前幾集裡他一直以虧欠張海蝦的人自居，行動幾乎完全被「救回來」三個字驅動；到了第15集，他被張海琪帶入張家人的秘密，身體經過草藥改造後發生蛻變，才有能力再次潛入深海。陸俊祥被重創、最後一味藥材到手、張海蝦被救醒，多個危機暫時收束，但南部檔案館揭開的秘密反而更多。張海鹽不再只是誤入舊案的探員，他已經親身經歷假死藥、檔案館防禦和張家體質的核心機制。師徒三人的重聚帶著劫後餘生的溫度，也意味著新的身分和更深的責任正式落到他身上。張海蝦醒來讓前幾集的犧牲有了回應，也讓張海鹽真正完成從自責到承擔的轉變。