
《南部檔案》第2集延續前一集的南洋邪神線索,張海樓和張海俠裝成屍體混入胥城。兩人原本以為城中會有疫病傳聞,進城後卻發現街上橫陳著不少屍體,氣氛比想像中更詭異。張海俠檢查屍體後判斷,很多人並非被外力殺害,而像是在同一時間選擇自盡。如此密集的死亡讓兄弟二人意識到,胥城背後絕不是普通民亂。
張海俠聞到焚燒屍體的味道,兩人追到火場附近。張海樓裝作家人遇難的可憐人,向當地村民打聽狀況。村民說,赫曼總督供奉峇來古神後,便不許百姓再拜其他神像,違者會被處死。還有人進入神洞後精神失常,被當成禍患處理。為了接近總督府,張海樓發揮自己製作人皮面具的本事,把張海俠喬裝成華人美女,正好迎合總督最近的喜好。
兄弟倆順利進入總督府後分頭行動。張海俠被送到總督房間,趁機控制住赫曼,逼問峇來古神的來歷。總督只知道神像是華人軍官送來的,卻說不清更深的秘密。張海俠繼續追問那些被送入府中的女孩下落,當他得知她們大多被折磨至死,憤怒之下殺了赫曼。另一邊,張海樓找到了供奉邪神的房間,直接放火燒毀,準備和師兄會合。
火勢很快失控,整座府邸陷入混亂。張海俠還救出一個小女孩,帶著她和張海樓一起逃離。但張海樓這次又闖了禍,張海琪趕到後沒有縱容他們。張海樓醒來時發現自己被綁在海裡,這是師父給他的懲罰。張海琪並不是不認可他們的能力,只是擔心張海樓行事太莽撞。經過胥城一案,她允許兩人正式轉正進入南部檔案館,同時立下規矩,以後遇到分歧,要聽更穩重的張海俠。
入職後的兄弟二人聯手破獲了不少怪案,直到盤花海礁案出現。兩名船員違規出海,聲稱在礁石附近遇見水鬼,其中一人死亡,另一人帶著屍體來報案。張海樓看到屍體被鹽醃過,立刻被勾起興趣。張海俠想起張四野臨終前的提醒,關於礁石的案件不要碰,可張海樓裝作不記得,軟磨硬泡地說服師兄一起去查。
他們跟著倖存船員來到出事海域,霧氣很快瀰漫,眼前出現許多漂浮般的屍體。倖存者嚇得躲進船艙,張海樓和張海俠卻靠近查看。張海樓甚至看見了倖存船員自己的屍體,同樣被鹽醃過,這讓他也有些發怵。張海俠站到他身邊,讓他冷靜判斷。隨後兩人在礁石邊發現血跡,確認水鬼並非鬼怪,而是有人故意佈置。
張海俠聞到異常氣味,兄弟倆順著味道遊過去,發現一艘早已被報道沉沒的船。船上藏著軍閥,他們抓來船員,讓人在洞裡挖東西。那些被吊起的屍體上連著細線,軍閥利用升帆機關製造水鬼假象,用來恐嚇過往船隻。副官陳西風出現後,張海樓失手用刀片殺了他,只能臨時模仿陳西風的聲音,套出更多訊息。
張海俠在船上找到檔案,得知軍閥正在尋找沉船裡的進貢寶藏,更重要的是,這裡出現了黃昏草。黃昏草毒性極強,吸入都可能中毒。張海樓命令軍閥手下去炸洞,洞被炸開後,下去的人卻紛紛中毒。第2集結尾,兄弟倆明白自己已經被捲進更危險的局面,張海俠說到了他們收拾殘局的時候,這也意味著黃昏草案正式浮出水面。