1966年，在清華大學內，學生們正狂熱地參與整黨建黨活動，高喊口號，試圖打破舊世界，建立新世界。在這個風起雲湧的時代，葉哲泰，一位知名的物理學家，因為在課堂上講授相對論的內容，被視為反動黨的一員。在當時的中國，愛因斯坦的新理論被視為禁忌。葉哲泰因此被公開處決，他的妻子，因為與他劃清界限，反而被政府認為是真正的物理學家。在台上，她公然質疑丈夫的物理知識，強調宇宙大爆炸的起點，以及上帝的存在。這一言論在當時的社會是不被接受的，葉哲泰最終遭受毆打致死。

時光荏苒，現代社會中，宇宙學語理論物理學博士薩迪穆罕默德突然離世。在他死亡的地方，牆上留下了大量的倒數計時數字和一句「我還是會看見」。博士的死法與過去幾位物理科學家如出一轍。而在英國的牛津大學粒子加速器實驗室，索爾一直在探索他的理論，卻毫無進展。他開始懷疑科學的可靠性，而他的老闆葉薇拉在自殺前，竟然向他表達了對「上帝存在」的看法。這是因為各大粒子加速器的理論和研究都產生了無法解釋的結果，讓所有人都感到困惑。

奧姬突然開始看到“倒數計時時間”，這讓她感到震驚和無法解釋。她向索爾透露了這個情況，但索爾也束手無策。葉薇拉的自殺讓牛津五人組感到震驚和不解，即使研究被迫關閉，以葉薇拉的個性也不足以讓她選擇自殺。奧姬遇到了一個名叫塔提亞娜的女生，她告訴奧姬關閉實驗室就能停止倒數計時器。如果不相信，可以明天觀察宇宙閃爍，否則倒數歸零將會有不好的事情發生。

1967年，在蒙古，葉文潔遇見了白沐霖，一個同樣有獨立思考能力的人。他從白沐霖那裡得知山上的電波塔充滿了神秘，離它越近，奇怪的事情就越多。白沐霖給了她一本禁書《寂靜的春天》，書中講述了人類對環境破壞的後果，這與建設兵團的行為不謀而合。兩人逐漸靠近，彼此相愛。然而，當《寂靜的春天》被發現時，白沐霖將責任全部推給了葉文潔。葉文潔被抓到師部，不是為了受罰，而是為了揭發與父親聯繫的反動黨成員。她拒絕簽署作證。

最終，葉文潔被送往紅岸基地。她的「太陽輻射」論文受到紅岸基地的重視，因此她得到了一個立功贖罪的機會。在紅岸基地，她決定度過餘生。警方發現伊文思出現在葉薇拉的葬禮上，這是一個不尋常的人物。自1984年以來，他就消失，接手父親的石油公司後42年幾乎沒有報道。程慬從葉文潔那裡得知葉薇拉生前的詭異行為－玩電子遊戲。他不知道的是，葉文潔曾經是紅岸基地的研究人員。回家後，程慬戴上頭盔進入遊戲，裡面的惡劣環境和生物脫水的景象讓他感到驚恐。

奧姬向索爾講述了“宇宙閃爍”的事情，並收到了早餐脆烤麵包的小禮物。然而，這個小禮物是1963年就停產的東西。她希望索爾能客觀地告訴她是否真的有看到眼前的東西。事實上，全世界的人都看到了。索爾用手上的小禮物解開了“密碼”，而這個密碼與奧姬眼裡看到的數字完全吻合。