1992年，哈爾濱731陳列館工作人員小金在整理史料時，發現這段歷史的記錄殘缺不全，為尋找真相，他踏上了一場跨越數十年的跨國取證之旅，逐漸還原出那段被塵封的黑暗歲月真相。

故事採取雙時間線敘事，鏡頭回到日軍侵華期間的哈爾濱，通過幾個當事人的視角，深刻揭露日軍731部隊殘酷的人體實驗和泯滅人性的暴行，鞭笞日本軍國主義的反人類本質，凸顯中國人民堅韌的抗爭精神。

1940年冬，哈爾濱松花江畔，日本關東軍防疫給水部攔住貨郎佟長富，無端說他的馬二條有病，不由分說就把馬給帶走，丟給他一張通知單便走了。佟長富一家四口人，住在貧困人口聚集的哈爾濱偏臉子，上有一個老母，下有一個妹妹玉蘭，還有妻子桂芬，一家人靠佟長富送貨賺錢生活。而人力送貨終歸心有餘而力不足，二條是他們一家四口賴以生存的送貨工具，也是佟長富的好夥伴。

晚些時候，佟長富以人力把一箱子蘋果重新拉回家，將路上發生的事告訴家人。妹妹佟玉蘭提議，不如把這件事告訴佟長富幫忙送貨的吉川貿易公司，反正吉川貿易老闆也是日本人。妻子桂芬把全部家當拿出來，提醒佟長富必要時用錢打點。

翌日，看到陸增友自掏腰包給被冰錐扎死的朝鮮人一百塊賠償，佟長富與他聊了起來，獲悉陸增友能跟大老闆吉川賀博說上話，便求他幫忙。後來陸增友帶他去見自己的大姑父陳副校長，起初大姑父不願意幫忙，當看到那張關東軍防疫給水部的條子後，陳校長答應幫忙。陸增友趕緊示意佟長富給錢。佟長富脫下褲子，好不容易從裡褲裡掏出錢硬塞給陳校長。警察突然闖入，帶走陳校長。

佟長富被警察用一槍敲暈，他做了一個噩夢，夢到那隻瘦弱的二條，被兩根鉤子無情地鉤到冰水中，他死抓著不放，也一併被拖入。很快，那冰水就變成了血水，佟長富就此驚醒，發現自己被關在警察局。他膽小怯懦一輩子，萬萬沒想到自己會進警察局，明明自己什麼都沒有做。陸增友也被關在這兒，但在他醒來後沒多久，陸增友就被警察帶了出去。漸漸地，小小的關押室里便只剩下他一個人。

陸增友還算仗義，出去後找關係把佟長富給撈出來。出來那晚，佟長富恰好看到搶走自己馬的那個兵，這次他還帶走了陸增友的大姑父。他們以為是往監獄送，便跟了上去。佟長富想起桂芬的話，心知這個家不能沒有二條，更何況他已把全部家當給了陳校長。沿著車軲轆印，兩人來到關東軍防疫給水部附近，陸增友認出這個地方，露出懼意，死活不肯進去。佟長富雖然恐懼，但還是硬著頭皮一個人悄悄靠近。

沒等他趴下看清裡邊的場景，就被兩個兵抓住，命懸一刻之際，兩個兵的長官出現，他要了佟長富的這箱蘋果，並表示他們以後還會定期採買。陰差陽錯之下，佟長富留了一條小命，還跑上了一條固定的短途送貨線路。消失好幾天的佟長富重新出現在桂芬面前，桂芬又氣又驚，在這個混亂的年代，桂芬以為他死外面了。一陣子後，佟長富忍不住繼續找陸增友打聽陳校長的事，陸增友實在沒法管。

轉眼到了1941年春，佟長富還是會時不時地想起二條，那隻陪他支撐起一家四口生活的瘦弱馬匹。他從未放棄過尋回二條，直至1941年夏，佟長富送貨時進入關東軍管轄區域，看見有輛車似乎載著血淋淋的肢體往外運。送完貨後，佟長富大著膽子循血跡一路跟上，在關東軍掩埋的何家溝樹林挖出一具馬頭。他用送貨的馬車將馬頭運到俄僑墓地，懷著悲痛將其掩埋。他走後，張青發幾人以為他在埋好東西，竟重新挖出來，把染了病菌的馬屍塊烤了吃，並因此染上了疫病。

玉蘭瞧見了整個過程。佟長富通過桂芬得知昨晚玉蘭又爬窗偷跑出去，次日他訓斥玉蘭，發病的張青發找上門來，一口血吐在玉蘭的手臂上。張青發的母親請人來給張青發作法，玉蘭把哥哥拉到一邊，說昨夜張青發把馬屍塊挖出來烤了吃，然後今天就發病了。那關東軍防疫給水部裡，究竟怎麼一回事？

1940年，具有繪畫特長且會說漢語的荒川良平在北海道參加拓殖委員會的面試。面試通過的他作為特招人員，被日本派遣到關東軍防疫給水部。白山丸號輪船載著一批特招人員經過對馬海峽，抵達大連港的大連馬頭，又乘坐亞細亞號走南滿鐵路，千里迢迢來到哈爾濱的關東軍防疫給水部。在亞細亞號火車上，被招入防疫給水部少年班的成田一男，跟荒川良平主動搭話。兩人就此結識，一同被送往防疫給水部。

荒川良平在本部正門被放下，其余少年班的成員則被送往教育部報到。雖然抵達了防疫給水部，但能否留下，全靠荒川良平的本事。長官給他下達的任務是在一周內畫出防疫給水部準確的全境地圖。荒川良平被安排和攝影班的高橋明彥一個宿舍，後來才知道此舉用意。利用高橋明彥拍的照片，可以幫助荒川良平繪製出地圖。可是高橋明彥卻告訴他，自從搬過來後，防疫給水部的很多地圖數據便是錯的。

荒川良平一個一個地方地測量，途中見過成田一男一次。可那時成田一男騎了一次馬就受到懲罰，事後荒川良平不解，高橋明彥告訴他，因為那些馬是病馬。這裡是防疫給水部，匯聚了很多醫學專家。可以把防疫給水部看成是一個醫學大學，專門用於研究生產改變戰爭的生化武器。荒川良平只差行政部沒有測量，但看門的人請示過後卻不允許他進去，他只好在外面大致測量行政部的外圍。

測量時，荒川良平無意發現一個井蓋，他順著井蓋爬入地下通道，從骯髒的下水道中撈出了一個人眼，他登時就嚇醒了，原來一切都是夢境。行政樓的神秘，催生出這個可怕的夢境。一周後，荒川良平順利繪製出防疫給水部的全境平面圖，並得以留在防疫給水部工作。外出採購回來，正碰上佟長富被壓在地上，頭上被頂著一把槍。荒川良平告訴吉田長官，牌子上寫著吉川貿易公司。

此舉無意中救了佟長富一命，吉田讓他轉告佟長富，以后防疫給水部會跟吉川貿易定期採購蘋果。正式入職後的荒川良平由高橋明彥帶到四方樓，見到吉村。荒川良平怎麼也沒想到，自己正式入職後的第一個任務，竟是給被凍傷的人畫腐爛手腳的畫像。畫完之後，荒川良平便吐了。多年同班同學柄澤十三夫也在這兒，面對荒川良平的疑惑，柄澤告訴他，這裡在做解救人類的偉大事項。

除了給人繪畫，偶爾荒川良平也會跟著長官外出，記錄稻田的生長情況。順道有一位軍人家屬跟著回去探親，回來後腿上被一隻小蚜蟲給咬了，她一把將蚜蟲給捻死。在防疫給水部工作的時間越長，荒川良平對這裡的工作內容漸漸有了一個大概的印象。細菌、麻風病在這裡屢見不鮮。他本能地懼怕這些東西，總是會被各種幻相嚇到。

有一天晚上，鬱悶的荒川良平出去抽煙，碰見想逃走的川口聰老婆。她並不是啞巴，被蚜蟲咬傷的地方出現感染，她想離開這裡，但川口聰不讓，不得已半夜偷偷想跑掉，不料碰上荒川良平，她哀求他讓她離開這兒。

哈爾濱大同影戲院內，看完小島幸夫為南滿鐵路公司製作的紀錄片《東方的藍色巨人》，警察廳廳長叫好，打算讓這個導演也為警察廳拍攝一組宣傳片。可是小島幸夫已經拍了幾個月的鋼鐵和凍土，他如今只想拍人，把鏡頭對準女子訓練隊，並為此起名為《滿洲新娘》。《東方的藍色巨人》只是序曲，小島幸夫要開始拍攝三部曲之第二部曲。

他在新京火車站見到一群朝氣蓬勃的女子，興沖沖地乘坐前往哈爾濱的亞細亞號火車。在捕捉拍攝這些女子臉上笑容時，被其中一名叫堀內千代子的女子發現，對方主動搭話，小島幸夫得知她們都是滿洲新娘，被送往防疫給水部。她們不用知道自己是嫁給哪個男人，總之是要去給開拓團的年輕男人們當新娘，為帝國開枝散葉。

小島幸夫用電影記錄下這些女子訓練隊的日常，佐之堀內千代子的解說。不過小島幸夫覺得堀內千代子說的話比較模糊籠統，他更傾向於堀內千代子展現出個人情感。千代子的確有一個願望，她希望自己要嫁的男人是一個善良的人。後來不會說話的宮崎舞子被挑選中，成為第一個滿洲新娘，剩下的女子則會被分配到彌生村、扶桑村和天理村。

1941年，小島幸夫提前到天理村踩點。當下開拓團的成員多為日本本土低收入國民，還有退役軍人之類，但是天理村不一樣，天理村的開拓團成員都是天理教的信徒。這一次，五個滿洲新娘被帶到天理村，其中就包括了堀內千代子，但天理村的男人眾多，五個女子根本不夠分，引發其他人的強烈不滿，當場就爆發衝突，小島幸夫把這一幕拍了下來。

小島幸夫在臨時剪輯房剪輯影片，嚴炳瑞回來，欲言又止。他們跟拍了千代子半年多，眼看著她就要被嫁給一個老頭，他多少都為她感到不平。後來千代子最終分配給岩崎，嚴炳瑞問小島幸夫，這是不是他讓魏浦安排的，小島幸夫專注於自己的頭腦風暴，並未理會。汽車一個趔趄把小島幸夫撞醒了，他決定改電影為《帝國的開拓團》。

和宮崎舞子短暫見面後不久，千代子便嫁給了岩崎，可是武藤勝以解決趙家屯的人為交換條件，拿到千代子的“初夜權”。岩崎作為千代子的新婚丈夫，竟默許武藤勝欺辱千代子。這與千代子想嫁給開拓團的善良年輕人初衷背道而馳，第二天她便上吊企圖自殺了。小島幸夫拿著錄音機和攝影機去質問魏浦，魏浦說小笠原在圈土地，就需要武藤勝這樣的人解決趙家屯帶頭拒修水渠的趙國福。趙國福的頭被掛在趙家屯上，小笠原也必須履行承諾，給武藤胜千代子的“初夜權”。

可緊接著，自衛營隊長武藤勝也被殺了，頭顱亦被釘在鳥居上。由於涉及到人命，魏浦禁止小島幸夫拍攝，轉移他的注意力讓他去看千代子，也就是在這過程，小島幸夫注意到岩崎的反應很奇怪，而且有被燒過的衣服，以及脅差（刀）上有水漬，證明被清洗過不久。小島幸夫懷疑是岩崎殺了武藤勝，然後嫁禍給趙家屯，引起兩邊的衝突。可過後小島幸夫又覺得可能不是岩崎掛的頭，掛頭的另有其人。

趙家屯無故背鍋，天理村憤怒的開拓團男人對趙家屯的男女老少舉起屠刀。嚴炳瑞香尋求真相，可是小島幸夫想起魏浦的話，決定不拍了。即便能拍，拓務省也不會允許播出。宮崎舞子躲在角落裡，被小島幸夫發現了。

負責飼養老鼠的田中班人員發現少了兩隻老鼠，嚇得不知所措。動物飼養班死掉了很多病馬，松本教官要求少年班的人把病馬分屍後的遺骸拉出去掩埋。與此同時，昨晚死了兩隻老鼠需要一併處理。老鼠攜帶鼠疫，玻璃罐絕對不能被打開。成田一男被松田教官命令拿著玻璃罐去掩埋。

少年班的成野晃對成田一男不滿，故意激怒他，兩人發生衝突。成野晃用玻璃罐子砸破成田一男的頭，隨著玻璃碎裂，老鼠屍體一併掉了出來。下一刻得知老鼠屍體攜帶鼠疫，所有人都落荒而逃。佟長富躲在樹叢中，看到那些人把馬屍體埋在何家溝，然後他悄悄挖出來埋在俄僑墓地，卻沒想到被張青發等人又挖了出來。他們不知道這些是病馬，滿眼都是對肉的渴望。

就這樣，張青發、毛子和佟齊順幾人把病馬肉烤了吃，染上了瘟疫。大傢伙還不知道他們是因為吃了病馬肉導致的瘟疫，桂芬已經從玉蘭那裡知曉事情經過，罵佟長富沒長腦子，日本人埋的能是好東西？但是佟長富當時沒想那麼多。即便張青發媳婦找上門來，他們也只能死不認賬。不過玉蘭說有個前提，就是把剩下的馬肉給燒了。看著熊熊烈火，玉蘭發覺自己手臂上長了皰疹。

張青發最終還是沒了，半夜出殯，佟長富躲在暗中看，被張青發的媳婦兒哭喊讓他出來把事情說清楚。張青發死前不喊疼，唯獨喊佟長富名字。日本人又帶來一批無知的人，他們不知道自己即將面臨什麼，其中還有一個母親抱著一名嬰兒。負責翻譯的人哀求，但日本人並不聽。隊員食堂內，成田一男總覺得這裡有老鼠，被長官打了一巴掌，隨後無數黢黑的老鼠從後廚跑了出來。

小島幸夫勸了嚴炳瑞半天，但嚴炳瑞不認同他的話，並提到了千代子想嫁給一個善良的人的願望。小島幸夫最終被說動，決定舉起攝像機重新拍攝，不管好的壞的都拍。與此同時，岩崎請來大夫，他看到宮崎舞子模樣，嚇跑了，隨後大夫也落荒而逃。小島幸夫和嚴炳瑞看到宮崎舞子與白天判若兩人，脖子上長了巨大腫塊，瞠目結舌。另一邊，舞子丈夫逼問荒川良平，得知舞子如今人在天理村。

張青發媳婦兒到佟長富家門口討要說法時，日本人來勢洶洶，要求所有人到水樓子路口集合。佟齊順病得嚴重，他死活不肯去，逃跑時被日本人一槍崩了。這時，桂芬和佟長富發現玉蘭也染病了，便把她藏了起來。天理村內，小笠原作法，像是要驅趕舞子身上的邪靈。隨著舞子狀態越來越糟，小島幸夫忍不住對小笠原說舞子需要送到醫院治療，千代子也哀求，但被小笠原打了一鞭子。

日本人發現只來了佟長富和玉蘭兩個人，而他們家登記是四口人。佟長富謊稱其餘兩人近期不在家，但日本人還是去搜家了，最終發現玉蘭並將她一起帶走。

日本人發現玉蘭手臂上有皰疹，正要將她帶走，佟長富的太奶巴圖瑪在高處一箭將那名戴防毒面罩的日本人射中。玉蘭趁機從車上跑下，躲進了暗巷。日本人發現巴圖瑪在水樓子上，朝那邊放槍，並將她抓了下來。桂芬趕緊哀求，荒川良平也在一旁說再殺一個人肯定會被追責。這人才放下槍，可巴圖瑪不願苟活，咬著牙用日語罵日本人孬種，還吐了一包口水，憤怒的小田衝上來用槍頂住她的頭，緊接著，槍聲響了。

小田最終沒殺巴圖瑪，但用槍打破了她的頭。這時上級告知他們，立刻抽調十人去天理村，佟長富一家才得以安全回到家，但外邊有日本人守著，不允許他們外出。川口聰找到天理村，發現被綁在柱子上的舞子，他用槍聲呵退包括小笠原在內的人。不久後，小田帶著十餘名穿著防護服的人來到此處，將川口聰和舞子帶走了。

經過檢查，日方明確偏臉子出現的是炭疽感染。至於天理村，則是鼠疫，情況比想像的要嚴重。目前沒法對天理村的眾人逐一匹配醫療，便暫時把沒病和有病的全部關在一起。嚴炳瑞很想弄清楚，那些患病的人究竟被帶到了哪兒，小島幸夫堅稱他們被送去治療，還洗腦嚴炳瑞說等度過了觀察期，就可以順利離開了。

偏臉子內，日本人把長根抓走，這是今天的第五個。玉蘭躲在俄僑墓地的黑色煙囪裡，患病的她又累又餓，試圖挖開張青發那晚烤肉的火堆，但又想起張青發患病的樣子，到底還是沒敢吃。好在身上還有些錢，她想買紅薯吃，卻被日本兵認出。玉蘭立刻跑回俄僑墓地躲著，日本兵追了過來，小伙伴幫她躲開了日本人。

玉蘭知道這病會傳染，讓小伙伴趕緊離開中東糧倉。小伙伴不相信這種病沒得治，跑去找辦法。另一邊，日本人將天理村的人分流。千代子意識到身旁這些人都是魔鬼，她跑到小島幸夫那邊，哀求她帶自己走。可是此時的小島幸夫還是堅信大東亞共榮，對千代子的哀求不為所動，還反過來勸千代子接受安排。

宮崎舞子懷了孕，已有一個月。川口聰得知這個消息，痛苦不可自抑，想過去看她，卻被其他人死死攔住。荒川良平看到有人把屍體丟進焚爐場，聽到他們的對話，正疑惑一個被稱作是“馬路大”的究竟是什麼。他的視線右移，看到了無數的屍體，包括那名懷抱著嬰兒的母親。他們都死了，面目可怖，長著可怕的皰疹。在被發現之前，荒川良平跌跌撞撞地跑了。

小島幸夫這些人被帶到中東糧倉，勒令脫掉全部衣服，進入水池進行消毒。躲在中東糧倉暗處的玉蘭目睹這一切，被一個人背上的皰疹嚇到弄出動靜，差點被日本兵發現。

1991年春，侵華日軍第731部隊罪證陳列館館長帶著工作人員成銘，從一名原老平房的居民手中收集到731部隊用於研究細菌的玻璃器皿和燒杯等物甚。日本宣布戰敗之前，石井四郎用火藥和迫擊砲摧毀了所有指向731研究細菌武器的罪證，但他萬萬沒想到，膽大的老百姓竟然會從廢墟里挖出這些玻璃器皿，拿回家使用，證據俱在，日本人的罪行昭然若揭。然這些東西無論過了多久，都要一一經過消毒才行，正如1941年夏的大消殺。

佟長富在外頭找了個遍，都沒有找到玉蘭。太奶又神誌不清，家裡現在這樣，桂芬忍不住抹眼淚。關東軍防疫給水部內的吉村班，宮崎舞子最終還是因敗血症鼠疫死掉了。死狀可怖，死不瞑目，身上有數不清的黑紫色創口。荒川良平的工作是把創口畫下來，他看到川口聰失魂落魄的樣子，心有不忍。特設監獄內的犯人不配合清場，且發起絕食抗議，荒川良平被安排去跟這些人溝通談判。荒川良平本人也很意外為何會派自己去談判。

七號樓和九號樓的人都只聽一個909號犯人的話，荒川良平不知道為何，也不知道何為馬路大。高橋明彥告訴他，909號從加茂部隊還在中馬城的時代就存在了。他之所以能才存活如此之久，高橋明彥推測說是因為909號有讀心術，還能隔空控制人的思想。高橋明彥提醒荒川良平，跟909號談判時要小心，千萬不要直視他的眼睛。不久後，荒川良平被帶進四方樓，來到四方樓見909號，通過他得知了很多馬路大的事情。

馬路大日語是“圓木”的意思，指代他們都是隨時會被消耗掉的實驗器材和材料，本就用於感染細菌。荒川良平第一次聽到馬路大的慘叫，然而909號已經習以為常，因為這裡的慘叫聲從早到晚都不會停。909號帶頭絕食抗議的原因，荒川良平不知曉，他只是一個被派來進行溝通交流的無知者。到最後，909號讓荒川良平告訴中留金藏，釋放被關在這裡的孩子，否則他們絕不配合消殺，不管什麼病，最後大家一起死。

小島幸夫和嚴炳瑞均被關在特設拘所，嚴炳瑞看穿一切，所謂的東亞共榮都是為了做樣子，好讓那些像小島幸夫一樣的人繼續做五族協和的春秋大夢。嚴炳瑞徹底與小島幸夫鬧掰，聲明這裡是中國，不是支那。有一支部隊繳獲日軍的一批軍用物資，裡邊全是藥品。小伙伴帶玉蘭去喜福會客棧，卻發現那裡被端了。後來他們由一女子帶到薈芳里德鳳下處，正要給玉蘭使用藥物，忽聽到軍靴聲，三人趕緊從窗子逃離。

荒川良平轉達了909號的訴求，中中留金藏答應放那三個孩子走。在與909號短暫的交流中，荒川良平得知他並沒有什麼特殊能力，只是對剛來的馬路大撒謊，讓他們到死都懷有希望，這總比一直恐懼地活在監獄要好。後來909號信守承諾，帶領所有人配合消殺。天理村的小笠原團長被叫出去，他反反复复把那一紙通知看了很多遍。

趙泰宁被軟禁在醫院，三敏要去弄輛車救人，但這事靠她一個人不行，而小伙伴的腿還沒好。玉蘭的創口已經好得差不多，她願意跟三敏一塊去救人。為避免被日本人認出，她把自己的頭髮剪了。魏浦來到特設拘所，將小島幸夫帶走。在離開前，小島幸夫問川口聰要不要宮崎舞子的照片，但是川口聰不為所動。小島幸夫忍不住說，宮崎舞子是英雄，千里迢迢來到這裡，即便感染鼠疫，也堅強勇敢面對。

回去的路上，小島幸夫看到一輛火車，想起之前宮崎舞子和千代子也是坐這麼一輛火車來到這裡，那時她們滿懷希望，怀揣著對未來的憧憬，可卻竟是這種結局。高橋明彥告訴荒川良平，川口聰跑去找佐賀木申領對宮崎舞子的賠償，佐賀木冷血無情，非但不同意，還將川口聰開除，甚至讓他背鍋，承擔起老鼠跑掉的責任。說著說著，高橋明彥的手被刀片割傷，跑去醫務室包紮，荒川良平因此看到了那些照片。

荒川良平看到那些孩子照片時，驚覺一切都是陰謀。那三個孩子並沒有被釋放，而是被帶到別的部隊毒殺了。佟長富被桂芬那一巴掌打醒了，他說服桂芬拿酒去給日本人，讓他得以從窗子溜走外出尋找玉蘭和吃的。嚴炳瑞敲響臨時剪輯房的門，把相機攝像機還給小島幸夫。相機沒有壞，但是最後一卷膠片被拿走了。這回過來，嚴炳瑞也是想向他請辭，嚴炳瑞指出，小島幸夫看不見真相，看不見被日本人殘害的中國人。

川口聰拜訪小島幸夫，從他手中拿到了宮崎舞子的最後一張照片。小島幸夫注意到他口袋裡的東西，察覺他想做傻事，急忙阻攔。川口聰把宮崎舞子的遭遇歸結為自己的責任，小島幸夫把影片放給他看，開導他。川口聰想通了。當初選擇舞子是出於善心，不想讓她被侮辱，他並不知道後來會發生什麼事。川口聰說自己不會做傻事，但也沒有把包裡的危險品給小島幸夫。

玉蘭找陸增友幫忙，好說歹說終於說服他明天去中東鐵路醫院接人。玉蘭前腳剛走，佟長富後腳就跑來求陸增友幫忙找妹妹。陸增友根本不知道剛才那短髮人就是玉蘭。小島幸夫從薛醫生口中得知，天理村和偏臉子感染的不是同一種病，天理村爆發的是無藥可救的鼠疫，而偏臉子的傳染病是炭疽。小島幸夫想起了千代子，她被關在天理村，求助無門，遲早會被感染。

荒川良平質問十三夫，為什麼那些孩子要被帶到別的部隊毒殺。十三夫卻告訴他，那些馬路大是實驗的材料，始終要被消耗吊，與他們是不同的。小島幸夫驅車來天理村，魏浦在門口攔住他，言明天理村內正在進行消殺工作。小島幸夫看到裡邊正在焚燒，苦苦哀求，魏浦仍不同意，小島幸夫就闖了進去。在不遠處看到千代子渾身被澆滿火油，被活活燒死了。

1992年夏，成銘在古玩市集找到一個石井部隊的歷史遺物，但老闆開價要六百，成銘砍價不成，只好去湊錢。館長剛吃藥睡下，成銘不忍打擾他，拿著不足六百的錢回來找老闆，卻發現老闆已經把東西賣給了老太太。老太太名叫山邊悠喜子，得知成銘是731罪證陳列館的工作人員，買這個回去想放在館裡陳列。山邊悠喜子便主動表明身份，然後把這個東西送給他。

警衛換班晚了，等三敏把趙泰宁救出來時，天都快亮了。陸增友開著車，趕緊準備出門，卻遇上川口聰。好在川口聰無意阻攔，只是跟陸增友打聽滿洲中央銀行的位置。天亮後，車出城行至松花江畔，與抗聯部隊自己人會合。玉蘭也想跟三敏和小六走，但三敏說抗聯缺的不是熱血，是能扛到最後的骨頭。三敏把自己從陝北抄回來的《持久戰》交給玉蘭，讓她刻進心裡。

1933年夏，石井中將在關東軍司令部各位大將面前，當眾把尿尿進一個鐵壺，然後扭開鐵壺下部的水龍頭，將已經被清潔趕緊的尿再度喝了下去。1941年夏，川口聰以配合衛生防疫為由，讓滿洲中央銀行封閉門口，所有工作人員喝下所謂的預防液。不一會兒，所有工作人員都死了。川口聰把櫃檯上的錢拿走，回頭看這些人，突然狂笑又狂吠，彷若發瘋了一般。

石井四郎回到關東軍防疫給水部，包括荒川良平在內的所有人都要迎接。荒川良平頭一回看見石井，想起他對無知幼兒和孩子所犯下的罪行，當晚就做了恐怖的噩夢。從噩夢中驚醒的他滿頭大汗，小田隊長敲響他宿舍的門，說石井要見他。石井很欣賞他的筆調和用色，讓他有空也畫一下中國的風景畫。可當聽完荒川良平對於909號的看法，石井什麼都沒說，便讓人帶荒川良平回去休息。

滿洲銀行十三人被毒殺的事上了新聞，但頭條卻是關東軍防疫給水部改名成731部隊的新聞。高橋明彥悄悄告訴荒川，聽說毒殺銀行工作人員這事是川口聰幹的。又運送來了新的馬路大，成田一男說現在是兩天送一批過來，以前是半個月。一般來新的馬路大，都會有909犯人在，但這回荒川沒見到。成田說，如果羊群換得夠快，那麼就不需要909號這樣的頭羊了。

偏臉子放開後，日本人從這裡撤兵，長根母親哀求日本人放了長根，但對方無視他。佟長富去到白虎堂，跟陸增友會合，從他口中得知白虎堂今天有押花會。正經買賣全部被日本人佔了，只能把主意打到這兒，說白了，這兒就是被默許的D博。佟長富拿出錢給黑八爺，想通過他找錢爺辦點事，但是黑八爺看不上佟長富那點錢。正好這時錢爺來了，陸增友大著膽子帶佟長富去喊錢爺。

錢爺沒有直接說幫找妹妹，但給佟長富一個機會，如果他在押花會上贏了，錢爺就幫他找妹妹。佟長富看不懂，只知道張久官是猴精，比其他妖精都厲害，便把所有的錢都押上了。陸增友一個頭兩個大，如果沒中，錢就全都回不來了。而佟長富以為沒中也還能拿回錢，故而才這這麼做。

四方樓內，柄澤十三夫熬了四十八個小時沒睡覺。荒川良平向他打聽909的下落，但柄澤十三夫也不清楚，因為他並不直接接觸馬路大。沒過多久，荒川良平和高橋明彥被帶到解剖室，這裡是專門做活體解剖的地方。次日，押花會的結果要出來了，桂芬並不知道佟長富把錢都押了上去，只知道既然錢爺答應了，自然會幫他們找玉蘭。

看到滿洲銀行十三人被毒殺的新聞，小島幸夫來找成田一男打聽，聽聞川口聰因放跑實驗用的老鼠而被開除。成田一男被蒙在鼓裡，認為川口聰違規，提醒小島幸夫應該離川口聰遠一點。佟長富照舊給731部隊送蘋果，但成田一男告訴他，以後蘋果只用送到門口，不用進去。石井四郎親自下達任務，高橋明彥把荒川良平叫醒，兩人趕去四方樓，被倉橋隊長帶進地下通道，進入了活體解剖室。

荒川良平在地下通道見到了下水道，是夢中的恐怖場景，而活體解剖室則是另一個更加可怖的地方。下水道裡流的不是水，而是血水。負責解剖的叫松本教授，對人體器官有瘋狂的執念，罔顧人命。小島幸夫去白虎堂找川口聰，特徵是拿著嶄新的錢買東西，老闆說確實有這麼一個人，但誰也不敢做他的生意。

押花會結果揭曉，還真是張久官。佟長富押中了，贏了兩千九百多塊滿幣。佟長富知道得了偏財丟正運，故而堅持要找妹妹佟玉蘭，然後全部錢都歸錢爺。錢爺問了他好幾遍，佟長富都是說要找妹妹。隨後錢爺給出兩個線索，一個是松花江上的畫舫煙館，另一個是中東鐵路留下的廢棄糧倉，即毛子墳。

看到其中一位馬路大手臂上的傷痕，荒川良平想起以前在廳立中學發生的一件事。那時他手臂受傷，流血不止，是柄澤十三夫及時為他止血清理傷口。後來兩人成為朋友，一起考到東京，柄澤學醫，荒川良平學藝術，本以為會有光明的未來，現如今荒川良平卻看到柄澤在這個四方樓裡透支生命、良知，甚至是靈魂。曾經的成田一男跟青年時候的柄澤很像，但現在卻變得陌生了。

荒川良平並不是想指責什麼，他只是感覺不安，生怕自己在731部隊這種環境待久了，也成為那種麻木沒有良知的人。佟長富跑到毛子墳，進入中東糧倉，這裡缺口無處，四通八達，隨便一個人藏起來都難以找到。妹妹玉蘭沒找到，卻發現了川口聰。川口聰認出他是送蘋果的人，問佟長富要吃的，還給他錢去買水。佟長富不知這嶄新的錢的由來，跑回家拿吃的和水，以為玉蘭在川口聰的手上。

吃的和喝的都拿來了，川口聰趕佟長富離開，兩人語言不通，爭執時川口聰突然開槍，只因缺口那裡有人。川口聰拿槍威脅裡邊的人出來，那人不是玉蘭，竟是小島幸夫，他一路追尋至此。

1992年夏，成銘帶山邊悠喜子去看731部隊的動力班遺址。山邊悠喜子感到慚愧，深知日本犯下了不可饒恕的罪行。成銘告訴他，二戰結束後，石井四郎把人體試驗的報告賣給了美國人，作為交易條件，他們得到庇護。這些是骯髒的、泯滅人性的骯髒交易，作為罪證陳列館，除了這些歷史遺跡和一些勞工的證詞，其他的便什麼也沒了。山邊悠喜子將一本冊子交給成銘，成銘即刻想跨國取證，但山邊悠喜子說這並非易事。

1941年夏，小島幸夫找到那兩名在白虎堂偷了他錢包的人，從他們口中打聽到川口聰有可能藏在中東糧倉，便找了過去。警惕的川口聰起初以為他來抓自己，小島幸夫讓他冷靜下來。佟長富趁機跑掉，引得川口聰朝他開槍卻打到牆上。小島幸夫見狀死死地箝制川口聰，可是槍卻走了火打中川口聰的腿。小島幸夫只好求助佟長富，佟長富把他們帶回家，請來劉獸醫，死馬當活馬醫，反正出了事有小島幸夫擔責。

荒川良平繪製地圖，看到高橋明彥似乎又有臨時任務外出。他隱約知道大概又有馬路大被殘害，加之看到909號對那些馬路大謊稱三天后被釋放，讓他們吃好喝好，荒川良平更加確定自己的猜測。等高橋明彥回宿舍睡下，荒川良平偷偷拿走沖洗室的門鎖鑰匙，沖洗出那些證據照片。很小的時候，他便由母親帶去日本嫁給了繼父，由“陳汝平”的中國名改成了日本名荒川良平。如今，他要做回中國人。

經過劉獸醫的醫治，川口聰晚上恢復意識，他告訴小島幸夫，四方樓有感染了鼠疫的老鼠，且在大量繁殖。這些老鼠又作為食物餵給了跳蚤，舞子不小心被跳蚤咬傷，故而感染了鼠疫。之所以培育跳蚤，是為了贏得戰爭，因為跳蚤不易被發覺，且極易大量繁殖。諾門罕退下來的士兵告訴川口聰，他們將霍亂菌投進了哈拉河。小島幸夫仍不敢相信，後又問佟長富，最後決定自己去尋找答案和真相。

小島幸夫對鹽澤龍一說，自己改變主意，願意為軍方拍攝宣傳片。鹽澤龍一幫他把中留部長殿帶到大同影劇院看小島幸夫最新拍攝的影片，小島幸夫把姿態擺到最低，表明不要報酬，自費準備拍攝器材。中留部長殿這才答應回去跟石井四郎說一說，讓他們等通知即可。荒川良平開始實施自己的計劃，第一件事就是說服高橋明彥分他一部相機，理由是學會拍攝後可以幫高橋明彥去天理村拍攝。

小島幸夫提前過來，借佟長富的板車把川口聰帶走。臨走前他告訴佟長富，川口聰說進中東糧倉的時候確實沒見一個女孩子，但裡邊有生過火的痕跡。作為感謝，川口聰把一些錢給佟長富，小島幸夫提醒他們去黑市把錢換成零錢。荒川良平來找佟長富幫忙拍一張居民合照，外邊太暗，荒川良平想進屋拍。由於屋裡有川口聰，佟長富沒敢讓他進屋。誰知小島幸夫忽然打開門，讓他們進去。

要論拍攝，小島幸夫是行家，在他的指導下，荒川良平為佟長富一家三口拍了一張全家福。最後，荒川良平感謝他們的配合，同時表達自己的羨慕，遠行的人，最終都是想回家陪伴家人。鹽澤龍一原以為要過佐賀木大佐那一關，沒想到由甘粕理事長親自溝通，讓他和小島幸夫與石井四郎面對面。

中留部長殿只把小島幸夫帶了進去，鹽澤龍一被留在外面。那瓶酒，石井四郎沒有喝，他說要留作慶功酒，希望小島幸夫拍攝的紀錄片能讓軍部的人明白他的良苦用心。荒川良平在沖洗室沖洗那些殘骸中國人的照片，險些被高橋明彥發現，最後是有驚無險。兩人一起去參加會議，由小島幸夫主講。

荒川良平偷偷離開會議現場，從窗口進入洗衣房，偷偷將刀片藏進衣服裡面。小島幸夫的演講得到大家的認可，行政樓高層默許小島幸夫把鏡頭對準實驗室，揭示731不對究竟是做什麼，以應對外面的流言蜚語。實則這是小島幸夫的一步棋，旨在揭秘731真正的罪行，只不過他把這個包裝成好的一面，以說服那些人同意他拍攝。

中留部長殿安排小田隊長和高橋明彥協助小島幸夫在四方樓的拍攝，但在關鍵的地方，小田卻不允許小島幸夫拍攝，而是將他帶到臨時的實驗室拍攝。敏銳的小島幸夫立刻發現這裡才剛裝修不久，牆上的油漆都還沒有乾。柄澤和小田的理由是為了他的安全，既如此，小島幸夫也沒再說什麼，他有的是辦法讓柄澤開口。

荒川良平注意到時間，故意在特殊的時間提出回宿舍取偏頭痛藥，其真正目的是進入四方樓。恰好小島幸夫的拍攝終止，他要求去廁所，拿著相機偷偷拍攝那些被泡在福爾馬林液裡的人體標本。兩人不期而遇，但很快發現對方都是同一陣線上的人，荒川良平悄悄提醒小島幸夫跟小田說去七號樓，但小田當做沒聽到，徑直帶他去了八號樓內庭。等那些犯人一出來，小島幸夫和荒川良平看見成田一男，便意識到是演戲。

小島幸夫故意讓荒川良平去幫自己取錄音器和三腳架，荒川良平意識到他的用意，當即照做，然後抓緊時間拿著鑰匙進入七號樓內庭。成田一男其實看到了荒川良平躲進來又出去，但他本就心裡愧疚，且與荒川交好，便當做什麼也沒看到。冒著危險，荒川進入七號樓的監獄，找了一圈終於發現909號，跟他說了一些重要的話。

小島幸夫負責拖延時間，利用小田也喜歡演電影盡力地幫荒川爭取時間，但小田的耐心到達極限，聽說攝影班的荒川良平久久未歸，他當即要去尋人，小島幸夫想再阻攔無果。好在這時，荒川良平氣喘吁籲地回來了，他解釋說自己不知道在哪裡取三腳架和錄音器，所以找了很久。小田也並未多想，讓小島幸夫趕緊拍攝。

1993年夏，成銘苦學日文，只為跨國取證。他去到東京品川體育館，參加由山邊悠喜子組織的針對731部隊罪行反省活動，但活動被警告製止了。指針撥回1941年，由小島幸夫主導拍攝的731部隊宣傳影片在中央禮堂放映，宣傳的都是積極的一面，觀看的軍部高層掌聲雷動，小島幸夫臉上絲毫沒有笑容，這不是他想要拍攝的內容。

小島幸夫出去抽煙，遇見荒川。荒川感謝他那天幫自己，然後聊到佟長富，提及小島幸夫是不是佟長富的朋友，小島幸夫說至少他把佟長富當成朋友。中留部長殿把小島幸夫和荒川一併叫進禮堂，聽石井四郎接下來要講的話。石井四郎詢問小島幸夫對這部影片的看法，小島幸夫老實說沒什麼感覺，然後石井四郎就把他請上舞台中央。

石井四郎送給小島幸夫一台嶄新的攝像機，卻讓他把攝像機鏡頭對準身後的幕布。隨著紅布緩緩掀開，川口聰被兩人押著，出現在小島幸夫面前。小島幸夫咬緊牙關，強裝鎮定。石井四郎把刀遞給第一排的人，那裡誰都沒有接，又遞給荒川良平，他也不敢接。後來是另一個人接刀，當著所有人的面砍了川口聰的頭，那顆川口聰的頭顱滾到了荒川腳邊，石井四郎還逼迫小島幸夫拍攝，從舞台上下來拍川口聰頭顱的特寫。

石井四郎把小島幸夫帶到鼠疫彈車間，那裡有數不清的鼠疫彈。石井四郎說，昭和四年，軍部建造一艘戰艦的預算，足夠他在中國建造三個731了，但他主導研製的鼠疫炸彈就不一樣了，他認為細小的細菌才是真正的終極武器。一鍋攜帶霍亂弧菌的米湯、一群攜帶鼠疫桿菌的跳蚤就可以輕易毀掉一整支軍隊的後勤線。

佟長富循著錢爺給的另一條線索，由陸增友帶到薈芳裡，但看到的女子皆不是佟玉蘭。龜公說最後三個都是清倌，看過就得交定金。陸增友不滿，結果他和佟長富都被打出來。該找的地方都找了，但根本沒找到玉蘭。陸增友說，會不會是被日本人抓走了？他這麼一講野有可能，佟長富把注意力放到了731部隊裡面。

自從目睹川口聰被處決的血腥一幕，荒川就做了噩夢，醒來直奔洗衣房，被結束任務歸來的高橋明彥叫住。高橋明彥告訴他，吉村教授那裡有個畫面需要荒川去記錄，天一亮荒川就要去找吉村。在畫畫記錄之時，荒川聽見了安達演習場五個字。不久後，石井四郎為了驗證鼠疫炸彈在極寒條件下的傳染效果，下令將一批馬路大送到安達演習場，裡邊就包括了909號。

可不幸的是，909號這批人穿的衣服袖子裡並沒有刀片，荒川很絕望，對909號露出懊悔的神情。車子開到南門入口，正好佟長富來送蘋果，想打聽妹妹下落卻被推搡，蘋果掉落一地，擋住車子出去。其他人都到前面的查看，荒川看見車尾門沒鎖，909號這批人就在他觸手可及的地方。

1993年夏，山邊悠喜子介紹金成銘給成田一男認識，成田一男已成垂暮老者，臉上溝壑縱橫。他們的跨國取證工作，就此開始。關於安達試驗場，成田一男也不太清楚，那裡不是他們少年班可以去的地方，只知道那裡距離部隊很遠。那年雪下得特別早，還聽說有犯人逃跑，至於更多細節，成田一男就不清楚了。

回到那天冬天，車尾門打開瞬間，荒川看見909號，想起他說過的話，心裡百感交集。車裡駛離後，荒川撿起地上的蘋果，遞給佟長富。佟長富卻把他的手推回來，說自己要找妹妹。荒川什麼都沒說，留下傷心無助的佟長富。載著馬路大的兩輛車駛到安達試驗場，總部發來電報，讓他們等雪停了再開始任務。

從白天到天黑，風雪一直沒停。及至第二天，風雪停了，小田下令開始。他們把馬路大運到安達試驗場，將他們一個個地綁在十字架上面。909號腦海裡回憶荒川給自己的地圖，等日本人一走，909號拿出手裡的刀片，這是在南門時，荒川趁人不注意時塞在他手裡。小島幸夫也在安達試驗場拍攝，他是第一個發現馬路大逃跑的人，然後是小田。小田立刻開車去阻止，小島幸夫硬是要跟上車，看到小田如瘋了一般撞死那些逃跑的人。

與此同時，成田和荒川在中央禮堂外見面，他們都認為彼此變了。荒川質問成田，他他真的認為731是美好的？他有沒有想過這裡的人為什麼讓他扮演馬路大？成田還在自欺欺人，荒川一句話揭穿所有假象，說這裡在用活人做實驗。他們讓七號樓八號樓裡那些活人感染病菌，然後觀察其反應，他們還對活人解剖，把內臟做成標本，他們還用毒氣殺人，連孕婦和嬰兒都不放過。荒川說的是事實，可是成田卻覺得那些馬路大是敵人，用敵人的血來製作對自己有利的武器沒有錯。

看到小田草菅人命的小島幸夫，對這個部隊和國家徹底絕望了。成田一男和小田一樣，愚昧地效忠天皇，反過來勸荒川。後來趕到安達試驗場的日本人，掃射殺了一些馬路大，但還有幾個有幸跑掉了。小島幸夫的膠帶錄下這一切，石井四郎毀了這些膠片。小田這些人被當眾鞭笞。荒川聽高橋明彥說，部隊還在背蔭河時有過一次馬路大逃跑的事件，那次相關責任人直接被砍頭。

中留部長殿把荒川叫過去，荒川有些忐忑，不知是不是因為自己做的事被發現了。一天早上，佟長富醒來，居然看見玉蘭在烤火。他以為是一場夢，但現實是玉蘭真的回來了，全須全尾的。中留部長殿對鹽澤龍一和小島幸夫說，為了保密，影片的剪輯需要在部隊內進行。小島幸夫沒有反對，讓鹽澤去找嚴炳瑞拿來自己的全套攝影、剪輯設備。兩人離開中留部長殿辦公室，而後進來的是荒川。

除了成田一男，其他兩位答應接受采訪的老兵都已相繼離世。山邊悠喜子告訴成銘，要翻動五十年的歷史沒那麼簡單。可成銘知道，即便艱難，他也要抓緊時間取證，因為接下來證據和人證會一點點消失掉。兩人正要離開之時，成田步履蹣跚地跑出來，叫住他們，將當初小島幸夫送給他的那把脅差送給成銘。

1941年秋，佟長富瞧見佟玉蘭出家門，偷偷跟上去，發現她要往野林子鑽，趕緊出聲叫住她。佟長富相信通緝令上寫的，認為貓在這野林子裡的都是土匪，說什麼也要把玉蘭帶回去。這時，長根在樹林裡叫了佟長富，然後佟長富把他們三人帶回家，長根母親喜極而泣。長根說，他們是從731部隊裡逃出來的。

荒川被中留部長殿安排繪畫那些跑掉的馬路大畫像，並提醒此事不能讓人知道。荒川聽到了佐賀木大佐與中留部長殿的對話，心下忐忑，生怕被發現是自己把刀片給了909號。小島幸夫去炊事班看成田，成田順便問他，是否知道荒川在協助拍攝時去了七號樓？聽說逃跑的馬路大都是七號樓的，所以成田認為這件事與荒川有關。

小島幸夫提醒他，這些都是沒有實證的謠言。成田一男顯然沒有被說服，他被激進變態的帝國主義所影響。荒川把畫像全部畫好，聽到佐賀木大佐吩咐人說，除了徹查安達附近的村子以外，還要根據逃犯登記的住址進行調查，不要忽略了人逃生後想回家的本能。後來，荒川還從高橋明彥口中得知，有兩個馬路大被抓了回來。

嚴炳瑞如約幫小島幸夫送來一尾箱的攝影、剪輯設備，小島幸夫藉此跟他說，天理村的病菌就是從731部隊傳出來的，且他已經拍下了畫面，但由於已被控制，無法將膠片往外面帶。嚴炳瑞接下來的話，讓小島幸夫知道他願意幫忙了。長根三人把在731部隊的經歷告訴佟長富一行人，大傢伙正商量著該如何安置這些人，日本兵就來了。

被搶抵住腦門，誰都嚇得不輕，日本兵一番威脅後，強行進入家裡翻找，沒有找到人。等日本兵一走，幾人全部出來。巴圖瑪太奶被那麼一推就倒了，叮囑長富解決。佟長富跟大家道歉，水樓子發生炭疽，與他當初運回二條有莫大關係。今天這個事，得拿出個法子。看日本人的架勢，水樓子是待不住了，但斷然也不能讓他們餓死、凍死，所以得跑。大夥如果信得過他，就交給他來辦。

成田一男到底還是跟石井四郎舉報了荒川，荒川不承認，也不能承認，畢竟成田只是看到他久久地站在七號樓門口，卻沒有親眼看到他進去。而被撞死的909在死前吞下了刀片，相關人員也沒有一一解剖屍體，故而石井四郎沒有找到那個屬於荒川的風菱牌刀片。冥冥之中，909號也救了荒川一回。

小島被關在資材部閣樓，他利用硝酸膠片遇熱會分層的原理，將膠片複製出另一份。之後石井四郎觀看了最後的成片，對小島仍不信任，命中留部長殿去搜小島的身，竟讓他把褲子也脫下來。非但如此，所有攝影設備，小島都不能帶出去，中留部長殿說會給他提供一套新的攝影剪輯設備。

1996年夏，進行跨國取證工作的金成銘來到京都大學——石井四郎曾經就讀的學校，見到了傳說中的石井四郎相片。時間來到秋天，他在體育館演講，但仍被激進分子驅趕。當初川口聰逃跑時，遺留下兩瓶毒藥，桂芬沒敢亂丟。提及如何幫那三人離開，玉蘭說她知道一個靠譜的人，佟長富這才知道那人竟是陸增友，幫玉蘭運過一個抗聯人趙泰宁。

小島幸夫得以全須全尾離開731部隊，早在此之前，他已猜到收泔水的老頭會往外運東西，也猜到攝影班的高橋明彥會把他那些東西賣給收泔水的老頭。故而小島幸夫把膠片藏在裝廢液的瓶子裡，再由嚴炳瑞從老頭手中買回。回到臨時剪輯室，兩人立刻從廢液中取出膠片沖洗。小島幸夫說，這個片子由他導演、剪輯，一旦公佈，他就被認為是賣國賊，日本他是回不去了。嚴炳瑞讓他別一個人扛，有事隨時找他。

月華口琴社內，日本人不請自來，將老闆周子盈抓走，對外宣稱周子盈偷電，成為經濟罪犯。玉蘭要替人給口琴社送信，提前到那兒踩點，被日本人抓了正著，幸虧她沒有帶信，否則將會被抓。小島幸夫帶著膠片準備離開哈爾濱，可就在要檢票上車時，被中留部長殿攔住。石井四郎吩咐中留部長殿把石井四郎帶回731部隊。

小島幸夫全程都很緊張，因為膠片就放在他的行李中，一旦行李被開啟或者被搜查，那些膠片就會被看見。石井四郎擅長用言語蠱惑人心，他的話給小島幸夫造成了巨大的內心壓力，以至於小島幸夫當場嚇得涕淚橫流。雖然最後他的行李沒有被搜查，但小島幸夫的心理防線已經被擊潰。石井四郎用家國大義鞭笞小島幸夫，披著為國發展的假象，掩蓋其反人類暴行的罪惡行徑。小島幸夫不是軍人，難以承受如此大的心理壓力。回到住處後，他懷著痛苦而絕望的心情，親手把唯一的膠片燒毀了。

佟長富對陸增友軟磨硬泡，終於說服他幫忙運人。那天晚上下著大雪，長根母親千叮嚀萬囑咐，哭著目送兒子離開。陸增友看到要拉三個人，說什麼也不干。佟長富好說歹說，其中一人還拿出娘給他的戒指，見狀，陸增友也不好再拒絕拉他們。然而佟長富萬萬沒想到，這一趟危險重重，竟會致陸增友命喪大雪地裡。

他們有驚無險過了起點，但在終點被攔住，日本兵上車搜查，就在快要查到車上車的時候，另一個日本兵從座椅下搜出違禁藥品，當場把陸增友殺了，堂而皇之地劫貨返回。一波三折之下，幾人商量著跳車，可後邊還跟有一輛車。他們一不做二不休，正想著搏一把，佟長富忽然聽到鳥叫聲，緊接著一陣槍聲響起。不一會兒，槍聲停止，佟長富拿著斧子出去，發現是抗聯的人。

1997年春，成銘下榻在淺草旅館。有人在外面叫他的名字，待成銘打開窗一看，被人丟進來一袋垃圾。這些人的行為越來越極端，山邊悠喜子擔心出事，提議把神奈川的集會取消。成銘不同意，反而覺得必須要去，因為他們越瘋就代表他們越害怕。集會如期舉行，結束後，一個自稱叫土屋公獻的人，問成銘是否想過讓罪魁禍首直面其罪行？他這話的意思是讓成銘起訴日本政府。成銘聽完他的話，眼含熱淚，與土屋公獻握手。

1941年秋，抗聯同胞將佟長富等四人安置在松花江畔的一處木屋裡。松花江邊到處都是巡邏的日本兵，哪裡都在戒嚴，所以暫時不能把他們送出哈爾濱。可是佟長富知道這裡不像他們說的那麼安全，因為雪會越下越大，就算不被日本人抓到，他們也會被凍死。佟長富既然答應了要將他們送出哈爾濱，就一定會履行諾言。其中一人的話提醒了佟長富，眼下只有日本人能離開哈爾濱，而正好他認識一個欠自己人情的日本人。

警察廳廳長單作善不請自來，就嚴炳瑞凌晨來找小島幸夫所為何事對他進行盤問。玉蘭得知，月華口琴社是哈爾濱最穩定的地下交通站，通過口琴傳遞情報。眼下玉蘭已經被日本兵揪過一次，萬不能再接觸月華口琴社，便把詹輝寫的那封信交給小六，想讓他通過三敏把信傳遞出去。不過小六說最近他新接觸了一個情報傳遞員，不如把所有情報都傳遞給那人。玉蘭也不懂這種，便說讓小六自己來判定就行。

因嚴炳瑞是赤化分子一事，小島幸夫被警察廳盤查，就連鹽澤龍一和魏浦也都被警察廳盤問。魏浦提醒他，如今只有想辦法聯繫嚴炳瑞，協助警察廳把嚴炳瑞抓了，才能解決這個根本問題。小島幸夫自顧不暇之時，佟長富找上門來，希望小島幸夫能幫他。得知從731逃出來的人在佟長富那裡，小島幸夫很震驚。現在正在清剿，這個忙不是那麼好幫的，更何況小島現在是泥菩薩過河自身難保。

小島最後沒有拒絕，讓佟長富每天買一份報紙。如果看見報紙上有訃告說一個叫佟蘋果的人死了，就根據上面的時間地點找過來。玉蘭接觸到一個新的情報傳遞員——嚴炳瑞，她從他口中得知731部隊正在進行人體的活體細菌實驗，警察廳的“特別移送”名單能成為證明731罪行的鐵證。1941年冬，膨脹的小日本偷襲美國珍珠港，造成美軍傷亡慘重，731內部少年班為此歡呼雀躍。

苦等數日，佟長富終於在報紙上看到小島登報發的訃告，時間和地點都已明確。玉蘭想起成高子火車站旁邊有個關東軍糧秣廠，她提醒佟長富這次不能再上車了。詹輝略有猶豫，不知小島是否可信，但現下除了信任佟長富和小島，也沒有別的辦法。這時候，七號監獄內人反抗，控制了日本兵，解脫鎖鏈逃出監獄。佟長富帶三人前往成高子火車站，小島已在那裡等候。高橋明彥從荒川的抽屜裡翻出最高機密照片，他拿著照片去質問荒川，荒川想奪過照片銷毀，遭到高橋明彥的反抗。

高橋明彥發現了荒川的秘密，跑去慰靈室讓荒川解釋清楚。情急之下，荒川與高橋明彥扭打，抓起燒香瓷砸破高橋明彥的頭。荒川顧不上高橋明彥是死是活，慌忙逃離。與此同時七號監獄內被勒暈的日本兵醒來，發現七號監獄的犯人全部逃跑，他試圖阻攔卻無果，被打了個半死。逃竄的荒川正好碰上七號樓監獄犯人，險些被槍打中。高橋明彥醒來，無暇跟荒川算賬，跟縮頭烏龜一樣躲著。

警報聲響起，高橋明彥見來了支援，氣血湧上頭莽撞讓日本兵開槍，結果露頭，被一槍打中倒地不起。另一邊，佟長富帶長根三人來到成高子火車站附近，被守在關東軍糧秣廠的日本兵堵住，他們冒險躲到一處斜坡下，就看到抗聯的同志們炸了糧秣廠，雙方展開激烈槍戰。同一時間，槍聲在關東軍糧秣廠和731內部響起。佟長富看見一個抗聯的同志死在自己眼前，倏忽想起了二條和太奶。

佟長富不再懦弱，他拿起弓箭，射死了兩個日本兵，沒了機槍壓制，抗聯的同志立刻發起攻勢。就在他們收拾中戰局時，又來一波日本人。此時玉蘭也來了，讓他們走鐵路。終於來到月台附近，卻發現小島朝他們示意，佟長富立即明白，讓身後的人跑。門後露出了日本兵的樣子，開槍殺死了其中一人。731八號監獄內，奮起反抗的中國人挾持高橋明彥為人質，把痛苦發洩在他身上，將喪盡天良的日本人一通臭罵。

荒川會說漢語，他哭著用漢語控訴731部隊每一個穿軍裝的、拿槍的都是魔鬼，這裡是地獄，天皇是最大的魔鬼。話說完，石井四郎來了，下令對下面的人用“茶”，槍聲不絕於耳，他們被逼進八號樓裡面。玉蘭兩人跑回糧秣長，看到三敏這些抗聯的同志都已犧牲，小六尚存一口氣，玉蘭下意識想去救他，小六喊著讓她別過來。為了給玉蘭拖延時間，小六拼死抱住日本人，然後被日本人一槍打死。

八號樓裡，不知是誰先起的頭，歌聲響起。日本兵全部戴上防毒面罩，然後給八號樓內釋放管道毒氣，把八號樓裡的女人孩子，全部中國人都毒死了。荒川目睹這一殘暴行為，彷彿失語。玉蘭僥倖逃過一劫，她告訴嚴炳瑞，支援糧秣廠的日本兵是從火車站調過去的防疫給水部人員，名叫小島幸夫的日本人不可靠。拼死逃離的還有佟長富和長根，他們來到的不是松花江，就在力竭之際，他們看到了柳暗花明又一村——有人騎馬出現，看到他們是中國人，便收起了槍。

彼時，731內部的暴亂被血腥暴力壓制，死了無數的中國人。雪地全部被血染紅，八號樓裡屍橫遍野，日本兵像抬牲口一樣將他們抬出去。直至死亡的最後一刻，赤潮掀起者用血在背後的牆壁上寫下兩句血字，深刻詮釋了何為寧死不屈。

一場跨越半個世紀的訴訟，即將在東京地方法院開庭。中國細菌戰受害者代表將以原告身份踏入日本法庭，直面這個國家至今未清算的戰爭責任，要求日本政府謝罪並賠償。被告方以證據不足以證明日本政府在華犯下細菌戰罪行為由辯護，訴訟一時陷入焦灼。

時間回到1941年冬，玉蘭本不想讓嫂子擔心，但是既然桂芬問了，她便老實說見到佟長富和長根跑了。她已經叫人去打聽，相信過兩天就會有消息。抗聯的人將佟長富和長根救回，帶到老酸缸窩著。佟長富看到這些抗聯的同志，要么缺胳膊，要么少腿，但還堅持打游擊戰反抗日本人，心裡佩服得很，同時又對出賣自己的小島幸夫恨得咬牙切齒。

嚴炳瑞發現再沒有往返在警察廳和731部隊之間的運輸隊，想必他們換了個地方審訊和關押犯人，當務之急是查出這個地方。玉蘭去薈芳裡找德鳳打聽，德鳳聽一個當兵的提起過731部隊，她去嘗試看能不能問出點什麼。抗聯石碾子和老煙鍋救了佟長富幾人兩回了，他們回答佟長富和長根的問題，只要敢開槍殺鬼子就能參加抗聯。

抗聯的弟兄們都有血性，不怕死，哪怕是拼上性命，也絕不會讓鬼子睡上一個安穩覺。距離家僅有一個崗哨的距離，長根做出選擇，他要留下來抗聯殺鬼子。佟長富勸不動他，只得自己回去。德鳳問出，那個日本兵的確是731部隊的。玉蘭便偷偷上了那車，來到中東醫院外頭，在另一輛車上發現一本特別通行證。

佟長富回來，將長根的事告訴了他的母親。老太太最終接受，但拒絕跟佟長富一家離開這裡。年關將至，荒川被安排給石井四郎畫畫像。經過強烈的思想鬥爭，荒川打國際電話回家，跟父親提出想回家，理由是適應不了滿洲部隊的生活。嚴炳瑞懷疑，警察廳那份特別移送名單應該就在9號房，但最快也只能明晚才行動，現在他們擔不起絲毫的風險。

佟長富去找錢爺搞出國證，錢爺沒要他的錢，而是以送貨作為交換條件。只要佟長富把貨送到了，錢爺就幫他。表面上是將牛糞送到江邊，實則牛糞底下是抗聯用的物資。一聽說是給抗聯的東西，佟長富立刻答應。一路到現在，佟長富已經不再是當初那個怕事的窩囊廢，見識過抗聯同志的奮勇，他更覺得自己要出一份力。

荒川失魂落魄地回到部隊，看到窗外的煙囪冒著黑煙，循著臭味來到一處深坑。當他看到裡面的東西時，胃裡翻江倒海，登時就吐​​了出來。父親的話迴盪在耳邊，母親早在一個月前就已經去世。直至去世，母親都堅信荒川在滿洲過上了幸福的生活。鎮上已不同往日，父親決定把昆布店賣掉，他不贊成荒川離開滿洲回鎮上。

小島幸夫登門​​道歉，順便給佟長富一家送全家福。佟長富狠狠罵了他，玉蘭也恨不得把小島幸夫殺了。小島幸夫心有愧，解釋說自己被日本人拿槍跟著，他什麼也做不了。現在他只想贖罪，通過佟長富找到那個從731逃出來的倖存者，對他進行採訪，用攝像機記錄下731的罪行。小島幸夫說得誠懇，佟長富選擇再次信任，藉著送貨將小島幸夫也帶到江邊，用鳥叫聲叫出抗聯的同志。小島幸夫轉身，沒想到竟看見了嚴炳瑞。嚴炳瑞一見是他，衝上來就打。

嚴炳瑞認為小島幸夫是叛徒，恨不得把他千刀萬剮。佟長富拼命拉著嚴炳瑞，但嚴炳瑞還是往小島幸夫臉上劃了一刀。小島幸夫不停地逃，逃到結冰的松花江上。嚴炳瑞不停地追，最後兩人在冰面上搏鬥。嚴炳瑞拿個鏟子死死地壓住小島幸夫，質問他為什麼。小島幸夫反抗，推開鏟子，眼睛處被剷子劃了一道傷口。曾經一起工作的伙伴，如今卻因各自的國家而反目成仇。

嚴炳瑞最後停手了，不打算殺小島幸夫，可是小島幸夫卻對嚴炳瑞下了死手。他用石井四郎送給他的攝像機殘忍地將嚴炳瑞砸死，隨著冰面碎裂，兩人一起掉進了冰窟窿。後來佟長富把這件事告訴玉蘭，玉蘭才知道嚴炳瑞竟然死了。佟長富冒險將錢爺給抗聯的救命糧送到地方，順利從錢爺那兒拿到出國證。佟長富隨即拿錢去買票，剩下的錢太少，他去找藤井結賬卻無果。

哈爾濱最不缺的就是可憐人，陸增友死後，他的妻兒來問藤井賠錢。佟長富看到後，十分同情。他把自己身上餘下的錢全部給了陸增友的妻兒，謊稱這是陸增友的賠款。玉蘭要在離開之前拿到名單，而且不能讓哥嫂知道。如今嚴炳瑞死了，只剩下她一個人。她部署好計劃，在一個深夜偷偷爬進俄僑酒廠，試圖從過俄僑酒廠的下水道進入要窯門街11號，緊接著進入中東鐵路醫院。

黑黢黢的俄僑酒廠到處都是老鼠，把玉蘭一個小姑娘嚇得不輕。每當想打退堂鼓之際，玉蘭就會想起嚴炳瑞，鼓起勇氣再度前進。終於，她通過下水道順利進入中東鐵路醫院，一路躲過日本人，終於抵達嚴炳瑞說的九號房。就在她翻找特別名錄之時，有日本人進來了，她趕緊躲到桌子底下，有驚無險地拿到特別名錄。佟長富去給731送蘋果，發現石碾子和老煙鍋都被抓了。

玉蘭瘸著退回來了，佟長富沒有追問。雖然他不知道她在做什麼，但他佩服玉蘭，為她驕傲。玉蘭哭著告訴佟長富，她在九號房看到了佟長根，被打得不成ren樣，死的時候都不瞑目。玉蘭把名冊交給哥哥，佟長富問這個名錄是拿來幹什麼的。玉蘭解釋說這個特別名錄是731的罪證，然而現在抗聯沒人了，她不知道該給誰。佟長富告訴她，她就是那個人，她要拿上這份名單，離開哈爾濱，離開滿洲。那些惡魔犯下的罪行，總有一天會被揭露。

佟長富知道731部隊裡要過新年，興許每個人都會吃蘋果，他做了一個決定，去給731送最後一次貨，送能要那些畜生命的貨。佟長富叮囑玉蘭，到時候不管他到沒到，玉蘭都要準時準點地把太奶和桂芬送上車。既然要走，就不能窩窩囊囊地走。樓下的桂芬和太奶聽得眼眶含淚，桂芬看向那袋子裡的毒藥，心下已經猜到佟長富要幹什麼了。

2000年春，在731毒氣地堡遺址，有施工隊在此挖掘，被金成銘叫停。對方負責人拿出三年前的政府批文，金成銘不認，以己身阻止，鬧劇在山邊悠喜子抵達後結束。山邊悠喜子帶來一篇論文資料，論文附有當時的編號和軍章，能夠證明就是關東軍的文件。證據與證人證言形成閉環，但這些證據只能證明他們使用了細菌武器，但無法證明他們在中國進行了人體試驗，證據拼圖還差一塊。

1942年元旦，佟長富去吉川貿易拿貨，悄悄在蘋果裡摻入毒藥。太奶和玉蘭帶著桂芬準備去坐車，桂芬卻逐漸變得滿頭大汗，不知是不是要生了，但桂芬說還差著日子。這車票是佟長富用命換來的，不能耽誤。玉蘭沒辦法，只好繼續趕路。經過俄僑墓地，碰見了日本兵。其中一個日本兵認得玉蘭，強行讓她們停下。扭打推搡之中，玉蘭背包掉落在地，露出裡面的特別名錄冊。

關鍵還是太奶給力，用一把箭刺死日本兵，又奪其手槍，殺了另一個日本兵，隨即她們立即繞道離開。這邊，送貨的佟長富沒想到，成田一男會忽然讓所有人都進731部隊領取獎品，佟長富想離開卻被後邊的日本兵用槍指著，只能踏入這個惡魔群集的地方。日本人給他們喝一碗肉湯，佟長富食之無味，問成田一男什麼時候能離開，但成田一男恍若未聞，不予回答。

太奶驅車返回偏臉子，桂芬卻要在路上準備生了，無奈之下，只好當街生孩子。荒川被安排第一個上場演講緋句的節目，而就在這一刻，他豁了出去，演講了控訴731罪行的幾句詩。石井四郎讓人把荒川良平控制住，繼續用言語鼓吹那些將士。緊接著，所有喝了肉湯的人都口吐白沫昏迷，包括佟長富在內。黃創在舞台上，對佟長富怒喊跑，可佟長富已經毒發，倒在地上死不瞑目。

在佟長富走了又跑回來，告訴妻子說孩子的名字叫佟復來，他說等到了春天，燕子和大雁都會飛回來，等孩子長大了，他們也能回來，把丟掉的東西都找回來。佟長富生命結束的瞬間，他和桂芬的另一個生命誕生了，是某種意義上的延續。荒川對日本和731部隊失望透頂，他看到成田一男把所有被殘害的中國人屍體丟到一個坑中。他吃下毒蘋果，躺在佟長富的屍體邊毒發死了。

待到日本投降，玉蘭把手中的特別名錄寄出去，這份特別名錄輾轉放到了黑龍江檔案館，被2000年後的金成銘從成堆的檔案裡翻出來。後來，這成為731部隊進行人體活體實驗的重要證據。2002年，訴訟再次開庭，原告證據確鑿，被告日本政府辯無可辯，可是當庭法官卻以離譜的理由駁回原告的全部訴求。山邊悠喜子說，要想讓一個國家承認其有錯，十分困難。然歷史的這項是不可能輕易被掩埋的，日本政府總有遭到報應的一天。

時間來到2024年夏天，一個日本人來到731遺址謝罪，金成銘帶他轉了一圈。佟長富的女兒佟長富已經成了耄耋老人，她的父親被731殘害，而她等到了日本謝罪的一天，為父等來了光明與真相。