六年前，當風魔面具忍者漆黑刺穿岳的胸膛時，沒有人預料到這個事件會掀起如此巨大的波瀾。而那個選擇者，第19代風魔小太郎──山田孝之，更不會想到，他的行動會引發一連串的連鎖反應，將多個人的命運緊密地連結在一起。

可憐，一個在三歲時經歷了家族悲劇的女孩，火災奪走了她父母和其他旅客的生命。她堅信這是一起謀殺案，並發誓要揭開真相。成年後，她成為了一名記者，深入挖掘日本深藏的秘密。在追尋真相的過程中，她發現六年前的政治人物向井的綁架案與岳的死有著千絲萬縷的關係。這個發現讓她決定深入調查，不顧一切追尋事實的真相。

同時，岳的弟弟晴的生活也因為可憐的調查而發生了巨大的變化。當晴得知可憐每天去牛丼店的真實目的時，他感到震驚。然而，更令人震驚的是，在他與忍者管理局（BNM）的久世合作，將房間內的證據文件全部燒毀後，他們發現了一個新的線索——松浦。

松浦，一個在遊覽船大量中毒事件中扮演重要角色的兇手，他的名字在碎紙機上的乘船名單中被發現。陽子，一個聰明機智的女孩，抓住了松浦的手，試圖接近他，但松浦卻匆匆離開了。陽子不放棄，尾隨著他來到了一個荒廢的工廠。

而另一邊，凪帶著從祖母那裡偷來的掛軸來到了指定的工廠。她期待的是與岳的見面，但出現的卻是風魔的第二號人物－綾芽。凪與綾芽的戰鬥以凪的失敗告終。就在這時，陽子追趕松浦到達，變身成風魔的松浦看著陽子說：「本不希望以這種方式再次相見」。陽子與風魔的忍者展開了激戰，但敵人數量眾多，情況危急。

就在此時，壯一收到了BNM的信鴿傳遞的訊息，他迅速趕到現場。他一邊擊敗風魔的忍者，一邊與陽子合作，最終擊倒了所有的敵人。面對松浦，壯一本想下殺手，但被陽子製止。他們希望從松浦口中得到更多的情報。

另一方面，尾身為了追捕偷竊藝術品的凪也來到了工廠。他目睹了忍者們的戰鬥，但最終被BNM的久世等人抓住，被指控為藝術品偷竊犯。然而，他並不孤單，因為他知道，這個謎團背後還隱藏著更多的秘密和真相。