在秋山的寂靜公寓中，晴和記者伊藤可憐地探索死亡的秘密。秋山，這個情報的提供者，似乎牽扯進了一個更複雜的謎團。當他的女友意外返回時，兩人被迫躲進衣櫃，見證了一場謀殺案被偽裝成自殺的戲碼。一個刺客奪走了秋山藏匿的黃色花朵，留下了更多的疑問。

隨著調查的深入，晴和可憐踏入了元天會的領域。在這裡，他們試圖尋找秋山留下的線索，卻意外地捲入了一場忍者的紛爭。陸，秋山的弟弟，在學校的城堡表演中對風魔小太郎產生了濃厚的興趣，而他的母親陽子卻因此心事重重。

陽子被忍者管理局的浜島牽扯進了一樁遊覽船乘客毒死案中。為了獲取情報，她決定潛入遊覽船公司，但意外發現了員工柏木正在處理一份可疑的乘客名單。在解讀柏木的唇語後，她得知了柏木與松浦的關聯。然而，就在她試圖深入調查時，柏木卻遭到了暗殺。陽子與兇手搏鬥，但最終讓對方逃脫。

這一切似乎都與神祕的忍者有關，而凪的遭遇更是讓整個事件撲朔迷離。在歸還文物時，她被神秘的忍者攔截，文物被盜，只留下一把忍者刀作為線索。雖然她成功逃脫了警察的追捕，但弟弟陸卻發現了她的異常。

隨著調查的深入，晴、可憐、陽子和陸都被捲入了一個巨大的陰謀。他們必須聯手破解這一連串的謎團，找出真相，同時化解忍者的威脅。在這個過程中，他們不僅要面對兇手的追殺，還要面對自己內心的恐懼和疑惑。

最終，在眾人的努力下，真相逐漸浮現。原來，這一切背後隱藏著一個龐大的忍者組織，他們試圖透過操控元天會和遊覽船公司來達到自己的目的。而秋山正是這個組織的關鍵人物，他留下的黃色花朵成為了揭露真相的關鍵。

在一場驚心動魄的決戰中，晴、可憐、陽子和陸成功擊敗了忍者組織的首領，解救了被劫持的人質。警方也及時趕到，將剩餘的罪犯繩之以法。在事件結束後，陽子向丈夫壯一坦白了自己的經歷，並得到了他的理解和支持。而陸也透過這次事件成長了許多，對忍者的世界有了更深刻的體會。