《交鋒》講述閔中國安幹警追查洩密案件，與境外情報人員周旋二十年的故事。1994年，兩岸局勢緊張，一份牽涉飛彈技術的情報讓雙方情報部門接連行動。國安二處處長魏廣進帶馬憩、尹寶山在香港執行任務時，收到局長吳聲來的緊急提醒：與他們有聯繫的蔣在珍已處在危險之中。

蔣在珍身處台方軍情部門，長期掌握重要消息。她察覺遭到監控，臨時改變出行路線，試圖避開追蹤。魏廣進設法接近並保護她，得到有關飛彈情報、潛伏人員和國安內部洩密管道的三條警訊。此後蔣在珍撤離過程中遇害，剛剛浮現的線索被迫中斷，魏廣進還必須重新審視自己身邊的人。

朱應甲升任第四副處長，繼續佈置潛伏網絡。他把有經商背景的林看山培養成代號「北風」的情報人員，讓他以台商身分進入大陸。林看山表面上參加招商、尋訪親屬、投資工廠，實際借商會、飯局和計畫合作接觸各類人員，從對方的慾望、債務與生活困境中尋找下手的機會。

與林看山進入閔中幾乎同時，年輕的何春曉也進入國安系統。他與錦蘭、李華東一起接受訓練，學習保密、破解、追蹤和調查。三人性格不同，做事方式也各有短長。何春曉跟著馬憩辦案，起初習慣照著知識和程序生搬硬套，常在現場暴露身分、驚動目標。馬憩要他記得沿路遇到的人和事，一次次帶他複盤，讓他學著把書上的本領用到複雜的人情往來之中。

楊世文提供的一條線索，把調查引向一位慣用左手的攝影師。馬憩等人追查報社、影樓和郵政宿舍，抓住潛伏人員範宸，又從交接地點發現，761研究所掌握的飛彈技術可能正在外洩。同時，有些年輕人被所謂徵稿、拍照報酬吸引，替不明身分的人拍攝軍港、部隊大院，原以為能賺快錢，卻在不知不覺中進入情報交易鏈。

研究所專家曹了平在歐洲參展時，被朱應甲盯上。對方利用同事的把柄、金錢和職位失意逐步施壓，曹了平先是猶豫、隱瞞，後來把對單位的不滿變成出賣機密的藉口。朱應甲也另外發展了賈春霖，兩條線彼此不知情，使調查人員很難只憑一人的表現看清整個洩密網絡。

林看山則藉一隻手錶把女學生金麗娜捲到自己身邊。金麗娜與男友路志非生活拮据，債務越來越重，她接受秘書工作，想靠薪水擺脫困境。路志非卻從拍照賺錢走到賭博、偷文件，金麗娜也在親屬關係、感情與外界威脅中陷得越來越深。林看山既利用他們，也被這段關係牽動，很多看似普通的往來都成了國安需要辨認的線索。

「春雷行動」展開後，國安集中查處潛伏人員。錦蘭以旅行社導遊身分住到林看山隔壁，與何春曉配合監聽，兩人必須把假情侶的生活細節演得自然，既不能驚動鄰居，也不能讓林看山看出破綻。長時間的守候並不總有結果，突然出現的一次交接、一通電話或一個生活習慣，都可能改變案子的方向。

曹了平企圖經香港離開，馬憩帶何春曉、錦蘭緊急追捕，終於把人截住。但一條線被查斷，新的聯絡方式又會出現；內部假情報仍流向對岸，也讓二處的同事互相承受懷疑。隨著調查延續到新世紀，昔日的師徒、搭檔和對手都換了處境，何春曉甚至還得重新調查最信任的師父。

到了2013年，調查又涉及軍民合用機場附近的土地和「環宇十號」助燃器技術。林看山受命收購地塊，何春曉則從文貿論壇傳回的名單與技術洩密線索繼續追查。相關人員陸續落網後，馬憩多年前受命執行秘密任務的經驗也逐漸明朗。何春曉終於理解師父承受的誤會，後來到海外執行任務時，再次在人群中認出了他。