土門誠(藤木直人)和尾藤宏香(松雪泰子)被科學鑑定研究所所長加賀正之(佐戶井健太)叫到一起,委託他們鑑定在神奈川山中發現的白骨殘骸。與土門、尾藤相識已久的加賀退休在即,想再一次看到兩人攜手合作的模樣。土門對被敬稱為“鑑定之神”的加賀十分敬重,無法拒絕他的請求,尾藤負責白骨遺體的鑑定,土門負責對發現遺體的現場進行檢驗。

尾藤立即斷定了死者的年齡、性別,以及死後經過的年數和凶器的形狀。另一方面,土門表示要親自前往遺體發現現場,便與尾藤一起前往山中,都丸勇人(中澤元紀)等候在那裡。然而,檢驗現場的土門被遺體的狀況和棄屍地點的不自然之處感到困惑……就在此時,遲到的三浦耕太郎(阿部亮平)透露遺體身份仍未查明,尾藤便提出要進行面容復原。
隨後,警方根據尾藤的複原將受害者鎖定為下山徵介(井上像策)。都丸隨即前往詢問下山的妻子佳世子(森脇英理子),但並未能確定遺體就是下山,調查陷入僵局。於是土門提出要陪同前往下山家中,並嘗試從遺留物品中進行DNA鑑定……