《蘭香如故》改編自禾晏山的小說《蘭香緣》，故事從沈家的一場變故說起。沈嘉蘭是大學士府的嫡長孫女，自幼讀書習字，原與吏部尚書林家的長孫女錦岐訂有婚約。她以為自己會依長輩安排出嫁，卻在及笄之年先等到林家退婚。新帝追究舊臣，沈大學士不肯順從，沈家被判謀逆，滿門遭難。女眷送進教坊司，嘉蘭的母親臨終前，仍設法為女兒留下一條生路。

許萬全與薛桂花曾在走投無路時，受到沈家母女接濟。他們的女兒許蘭香最終病逝，夫妻倆為報恩，冒險用亡女的遺體換出嘉蘭，把她帶離京城。嘉蘭失去至親，一度不想獨活，母親留下的黃錶紙上卻只有一個血寫的「活」字。她頂著許蘭香的名字，與許家夫婦回到金陵，從深宅裡的小姐變成奴籍人家的女兒，學著燒火、煮飯、洗衣，也在窮日子裡重新有了父母的疼愛。

許萬全在榮寶閣做工，蘭香憑祖父教過的學問，看出一幅假畫下藏著真跡，替父親化解賠錢的困境。一家人省吃儉用，只盼湊夠銀子一同贖身。不料林府要選家生女當女僕，蘭香仍被帶了進去。她不願暴露身世，只想謹慎做事、保住父母，在知春館從燒水的三等丫鬟做起。呂蕺兒一心往上攀，小蓮只盼將來能正式嫁人，玉蟬曾被髮配嫁給癡傻男子，甘棠又面臨被家裡拿去換哥哥彩禮的處境，蘭香身邊每個姑娘都有難言之苦。

錦岐婚後去了軍營，多年在外抗倭，與趙星棠的婚姻只剩下家族利益。回鄉後，他追查妻子放款、做假帳和私情，兩人的爭鬥也將女僕捲進去。蘭香既要避開主人的秘密，又不肯丟下無辜姊妹，幾次在危局裡設法救人。後來翠雀花勝引起誤會，蘭香查書識破，又藉四少爺傳信化解；錦岐軍中棉衣摻假，她從貧戶針線、邊角料追到線索，冒險進宅，引出隱匿的盧大郎。

軍需案牽出勾結倭寇之事，杜正與杜翠雀兄妹也逐步露出真面目。府中多人中毒，看似突發疫病，蘭香卻從洗澡水和鈴鐺的行蹤發現蹊蹺，救回玉蟬、小蓮等人。風波過後，她終於替一家爭得脫籍，搬進陸家書畫行，靠本領謀生。鄰居韓粱與她談得來，兩家長輩有意結親。蘭香開始寫戲，也以為自己離開林府，便能自己決定未來的日子。

錦岐卻已對她動情。國府的鄭蔓宜為聯姻除去障礙，設局擄走蘭香，將她賣進揚州輕煙樓。曾受蘭香搭救的呂葺兒在那裡認出她，冒險放她離開。蘭香回家後籌錢救人，又藉侯府婚宴揭穿鄭家的惡行。朝中同時暗流湧動，錦岐與永昌侯護送太子回京，立下大功。新帝賜婚，蘭香來不及與韓粱訂親，便被迫再入林府，成了錦岐的妻子。

身份變成主母，不等於蘭香願意接受這段婚姻。她怨錦岐借皇命安排自己的人生，也堅持繼續寫戲賺錢、搭救蕺兒和阿枳。她以「沈如故」為名寫出受到女子們喜愛的戲文，幫助受丈夫虐待的大姑姐爭取和離，又支持姐妹靠手藝、買賣和讀書尋找各自的出路。錦岐一次次爭執和並肩歷險後，才逐漸懂得她所要的尊重，不只是衣食和體面，更是自己作選擇的權利。

兵變、追殺和家務接連而來，蘭香以膽識護住家人，錦岐也逐漸發現她隱藏的來歷。他們從互有怨懟走到禍福相擔，蘭香接過林家的掌家令，既照顧許家父母，也庇護一同長大的姊妹和後輩。到了晚年，她仍不停筆，把沈家的舊事和許多女子的生活留下，寫成《沈家記》，等待那段冤屈能有被世人重新看見的一天。