距離2021年播出的《鹿角男孩》第一季有近兩年的時間，在第二季的劇情第1集，大概用了近半集的時長，主要講述了混種人孩子們為何會置身牢籠，他們之前經歷了什麼，是什麼力量把他們囚禁，以此喚起觀眾對於第一季劇集內容的記憶，並慢慢進入接下來的故事發展。

而第二季的劇情主線並不複雜，主要是被囚禁的孩子們想盡一切辦法想要重獲自由，而他們在牢籠之外的家人、夥伴、朋友們，則試圖闖進牢籠解救他們，而劇中的反面角色繼續試圖利用孩子們研發疫病解藥，並防止他們出逃。在主線故事敘述中，劇集鋪設了關於混種人孩子更多的身世秘密和特殊之處，為第三季的故事推進設置伏筆。

隨著新一輪致命的疾疫逼近，蓋斯和混種人同伴們被艾伯特將軍和最後的男子囚禁。為了透過找到治癒方法來鞏固自己的權力，艾伯特將孩子們用作俘虜阿迪亞·辛格博士的實驗誘餌，而阿迪亞·辛格博士正在努力拯救他被感染的妻子拉妮。為了保護朋友，蓋斯同意幫助辛格博士，踏上了一段未知的旅程，探索他的出身以及他的母親波蒂在「大崩潰」事件中所扮演的角色。