徐理事在校園內推行了一系列嚴苛措施,不僅廢除了獎學金制度,還將學費上調了50%,導致眾多學生面臨輟學危機。秀雅挺身而出,前往炳文集團揭露徐理事的惡行,理事團為此決定依據財團規定,以四分之三學生及教師的同意為條件,解僱徐理事。

與此同時,警方對海成發出了全國通緝令。為了保護身邊的人不受徐理事的傷害,海成決定親自出馬,將徐理事繩之以法。而關鍵證據——金院長指控徐理事殺人的錄音,就藏在金院長的家中。於是,眾人決定冒險一試,潛入金家尋找證據。
秀雅回到炳文高中,張貼大字報強烈譴責徐理事的所作所為,並要求他撤回不合理政策。徐理事為了平息事態,提出撤銷政策,但條件是秀雅必須離職。這段對話被宥貞無意間聽到。為了安撫師生情緒,徐理事召開了臨時大會,承諾將杜絕成績造假等醜聞,並取消新政策。然而,宥貞卻在此時揭露了秀雅為保護學生而被迫離職的真相,引發了學生們的強烈不滿,他們高呼“徐明珠下台”。
經過一番波折,海成終於拿到了徐理事犯罪的USB證據,前往警局洗清了自己的嫌疑。警方也隨即對徐明珠和校長展開了拘捕行動。得知消息後,徐明珠讓校長先帶藝娜離開,並啟動了火災警報器,企圖用汽油和打火機放火燒毀學校。海成及時趕到,交出手槍並勸說徐明珠釋放無辜的學生。藝娜在離開後也返回學校,與海成一同懇求徐明珠停止傷害他人。面對大勢已去,徐明珠試圖自殺,但被秀雅及時搶下手槍。海成接住了掉落的打火機,化解了危機。師生們為此鼓掌歡呼。
在法院公開審理徐明珠的案件中,校長全盤揭露了他的罪行,徐明珠最終被判處無期徒刑。藝娜前來探望他,表達了自己對徐明珠行為的不解和依然存在的愛。海成回到炳文高中看望大家,雖然大家一開始故意冷淡,但在他離開時,同學們紛紛從窗邊扔出寫滿感謝話語的紙飛機。整個校園的天空充滿了飛翔的紙飛機,場面溫馨而感人。
海成在整理家中閣樓時,意外發現了一塊貼著星星貼紙的空心地板。撬開木板後,他發現了大批黃金。他立即聯繫安錫浩報告任務完成。五年後,李東民發表了小說《臥底高中》,秀雅成為了正式教師,安宥貞加入了國情院,藝娜則專注於自己的興趣,安錫浩升任國情院院長,第4組組員英勳與美貞墜入愛河,而海成與秀雅也終成眷屬。