故事發生在一個被致命病毒肆虐的世界中，玩家扮演的角色喬爾和艾莉是一對倖存者。他們在逃亡的過程中逐漸建立了深厚的感情，共同面對種種困難和挑戰。遊戲的最終目標是尋找一個可能治癒病毒的實驗室，並在這個過程中揭示了病毒的起源和背後的陰謀。

在遊戲的最後關頭，玩家需要面臨一個重要的選擇：是否將艾莉交給實驗室的研究人員，以便研究治癒病毒的方法。這個選擇導致了遊戲的雙結局。

選擇將艾莉交給實驗室，玩家將進入遊戲的「善良結局」。在這個結局中，艾莉被研究人員成功治愈，病毒得到了控制，世界開始逐漸恢復正常。喬爾和艾莉在短暫的相聚後，為了艾莉的安全和未來，喬爾選擇了離開。這個結局充滿了希望和犧牲，讓玩家對喬爾的無私和善良感到敬佩。

選擇不將艾莉交給實驗室，玩家將進入遊戲的「自私結局」。在這個結局中，喬爾為了保護艾莉而拒絕了研究人員的請求。他認為實驗室無法保證艾莉的安全，而且病毒的研究可能會導致更多的災難。喬爾帶著艾莉逃離了實驗室，開始了新的逃亡生涯。這個結局充滿了對未知的恐懼和對自由的渴望，讓玩家對喬爾的堅定和勇敢感到欽佩。

雙結局的設計為《最後生還者》增添了更多的深度和複雜性。它讓玩家在遊戲中不僅要面對生存的挑戰，也要面對道德的抉擇。這種設計使得每個玩家都能在遊戲中找到自己的立場和信仰，從而增強了遊戲的可玩性和吸引力。