本劇改編自作者橫山光輝同名漫畫，故事講述當織田信長的天下統一大業近在眼前時，琵琶湖畔以南蔓延著一個名為《金目教》的詭異宗教。據說不信此教者會遭受可怕的詛咒——。

為暗中調查《金目教》的真相，信長決定委託《假麵忍者》出馬……一名以忍者身份隱於暗處的青年（佐藤大樹），最終化身為“假面忍者·赤影”。

織田信長即將統一天下之時，琵琶湖南有一種叫“金目教”的奇怪宗教盛行。不相信它的人會遭到可怕的報應——。信長的家臣瀧川一益（忍成修吾飾）向信長進言，派忍者秘密打探“金目教”的實際情況。討厭忍的信長命令羽柴秀吉（柄本時生）派遣松永久秀（出合正幸），但“金目教”的目賀法師（本山力）、傀儡甚內（細田龍之介）等人的魔爪已經逼近……。

另一方面，飛騨忍者赤影（佐藤大樹飾）遇到了被山賊追捕的青影（木村慧人飾），但不久兩人陷入一觸即發的事態。被赤影的實力嚇了一跳的青影，一瞬間就消失了……

之後，一益指示赤影參加織田家忍者選拔考試。赤影與信長初次見面，但信長拔出刀──！?

赤影（佐藤大樹）擊退了為了阻止織田信長（EXILE TAKAHIRO）統一天下而暗中活動的“金目教”的目賀法師（本山力）所操縱的怪獸·千年目賀。信長認可了他的實力赤影也接觸到了信長不為人知的一面。

此時，織田家忍者選拔考試開始，以赤影為首的眾多年輕人集結一堂。其中也有過去因偷竊而被山賊追捕的青影（木村慧人飾）的身影。在殘酷的考試中不斷有人掉隊，赤影和青影順利地通過了考驗。認可彼此的實力，加深關係。

但是在考試終盤時，赤影、青影等應試者們被設置了某個陷阱……?對被捕的他們，一益說出了意想不到的一句話！

在決定侍奉織田信長（EXILE TAKAHIRO）的忍者考試中，赤影（佐藤大樹）自報姓名說自己是不檢點的人。本打算包庇真正的壞蛋青影（木村慧人飾），但他察覺到參加考試的佐治新太郎（大八木凱鬥飾）就是偷臉的“金目教”傀儡甚內（細田龍之介飾）。

對峙的赤影與傀儡甚內。就在這時，青影和瀧川一益（忍成修吾）身上纏繞著長長的黑髮……。眾人被暗姬（山本千尋）的忍法逼入絕境，但赤影與之勢均力敵。但是卻無法將刀揮向暗姬──！?就在赤影陷入困境的時候，騎著大風箏的白影（加藤諒飾）前來助陣。

在白影的幫助下脫離危機的赤影和青影，配合默契地斬斷黑髮，向暗姬發起挑戰——！

在織田信長（TAKAHIRO）的命令之下，三人開始以“赤影”（佐藤大樹）、“青影”（木村慧人）、“白影”（加藤諒）為代號，前往幻妖齋統領的金目教總部霞谷，計劃潛入其內部。就在此時，石田三成（中尾暢樹）、福島正則（水石亞飛夢）、加藤清正（志波景介）捉住了聲稱願投靠織田家的“暗姬”（山本千尋）。白影對白髮暗姬心存疑慮，將監視任務交給了赤影。

赤影試圖與這位暗姬建立某種心意相通的聯繫，卻沒想到——!?

另一方面，由蟇法師（本山力）操控的“千年蛤蟆”再次巨大化，襲來！青影與白影迎擊，卻在面對變得更加兇暴的千年蛤蟆時陷入了危急……