故事講述忍者 Kamui為了逃避自己的血腥過往,脫離忍者組織,隱姓埋名地生活著。然而由於他背叛了忍者古老的信條,一天夜晚,他的家人被前組織的暗殺者殘忍殺害。為了給親人復仇,Kamui重新化身為從前的自己。然而,二十一世紀的忍者卻是個時代錯誤,因為他們要以殘酷而古老的技巧對抗高科技武器。Kamui要面對訓練有素的刺客、戰鬥機器人以及其它強大的忍者,來推翻他的前組織。
喬洛根的家人遭到一群蒙面襲擊者的殘酷襲擊後,聯邦調查局探員麥克和艾瑪找到喬洛根,幫助調查他妻子和兒子的謀殺案。
彼岸得知,最近發生的一系列謀殺案受害者都是身份被揭穿的前忍者。彼岸追捕忍者老大,並發誓要摧毀忍者組織,為死去的妻子和兒子報仇。
山二回答了他的一位副官關於彼岸生還的問題。同時,麥克與Higan和Emma 聯手,對 AUZA 展開獨立調查。
一位神秘的恩人警告彼岸,他不可能在沒有任何幫助的情況下潛入AUZA市。與此同時,麥克和艾瑪受了輕傷,離開了事故現場,並重新開始對 AUZA 和忍者的調查
麥克利用艾瑪提供的資訊找到了 AUZA 前員工傑森。在其他地方,在第一次嘗試滲透 AUZA 市被宰阻止後,彼岸從神秘的捐助者那裡得知了另一條路線。
阿斯卡將彼岸從厄運中拯救出來,她的真實身分也被揭開。與此同時,麥克得知他現在被自己的機構聯邦調查局通緝。喬洛根的家人遭到一群蒙面襲擊者的殘酷襲擊後,聯邦調查局探員麥克和艾瑪找到喬洛根,幫助調查他妻子和兒子的謀殺案。
當彼岸和莉爾進行戰鬥時,彼岸與他的「神威」裝備實現了完全同步。後來,山二終於命令財除掉彼岸。彼岸得知,最近發生的一系列謀殺案受害者都是身份被揭穿的前忍者。彼岸追捕忍者老大,並發誓要摧毀忍者組織,為死去的妻子和兒子報仇。
AUZA 的執行長夢想利用山二的忍者組織完全控制國家的能源基礎設施。艾瑪的個人目標是在彼岸的幫助下阻止他們。與此同時,傑森和麥克仍在逃。山二回答了他的一位副官關於彼岸生還的問題。同時,麥克與Higan和Emma 聯手,對 AUZA 展開獨立調查。
艾瑪和傑森聯手對 AUZA 發動駭客攻擊,從而獲得了絕密資訊。與此同時,麥克和比根擊退了 AUZA 派來阻止他們的傭兵中隊。一位神秘的恩人警告彼岸,他不可能在沒有任何幫助的情況下潛入AUZA市。與此同時,麥克和艾瑪受了輕傷,離開了事故現場,並重新開始對 AUZA 和忍者的調查
艾瑪和傑森聯手對 AUZA 發動駭客攻擊,從而獲得了絕密資訊。與此同時,麥克和比根擊退了 AUZA 派來阻止他們的傭兵中隊。麥克利用艾瑪提供的資訊找到了 AUZA 前員工傑森。在其他地方,在第一次嘗試滲透 AUZA 市被宰阻止後,彼岸從神秘的捐助者那裡得知了另一條路線。