1997年，介山福利院收養的少女陳佑希，因好友小秀在李家當保姆後離奇失踪，而逃離福利院來到潭嶺，並假裝李家失踪多年的女兒李文文潛入李家尋找線索。在小秀的「準男友」程威的幫助下，透過與其「媽媽」廖穗芳、「爸爸」李承天、廖穗芳的情人王重江等人的多重角力與周旋中，逐漸發現李家諸人的秘密與罪惡。

陳佑希告訴廖穗芳，小秀不是李文卓殺的。李文卓雖然也掐了小秀，但是只掐了十秒，並且事後小秀還給了她一個擁抱。

廖穗芳答應給程威做證，兩人相約在警局門口見面。但是廖穗芳卻倒在了離警局不遠處，臨走前，她喝了李承天遞過來的一碗湯。

最終，廖穗芳還是去世了。

王重江的小弟鄭勇約了李承天在化肥廠見面，讓李承天說出了自己殺了王重江，並且錄下錄音。鄭勇將錄音機給了陳佑希。

不過不得不說，千萬別惹老實人，看起來能打的張勇被李承天推下樓。

幸好關鍵時刻警察來了，不然陳佑希也一樣遇害了。

李承天只承認錄音機中說的殺王重江，小秀的事情並不承認。他問警察，他這個能不能判無期，死緩。他要好好表現，等自己的女兒回來。

可是警察告訴他，他女兒文文早就死了。屍體在廖家祖墳附近挖出。當年有人去李家偷東西，洗衣機裡的李文發現了他大喊大叫。小偷放水溺死了李文。

看到女兒髮夾的照片，李承天彷彿精氣神也抽沒了。最後警察在樹林中找到小秀的屍體。

當天是李承天的生日，但是廖穗芳在和王重江廝混。小秀掏出手帕安慰李承天，李承天手碰到小秀的手，感受到小秀的閃躲。

一直被戴綠帽的李承天終於忍不住了，他覺得小秀也是在看不起他。所以他殺了小秀。

但是因為李文卓和小秀一直玩的遊戲，所以李文卓說自己掐了小秀，廖穗芳以為是李文卓殺了小秀。

當年廖穗芳回家發現過世的女兒，她質疑李文卓對妹妹做了什麼。李文卓說是和妹妹玩捉迷藏，妹妹才成這樣的。廖穗芳以為是兒子害死了文文，所以她悄悄埋了文文。

以至於放任殺害女兒的真兇逍遙法外多年，直到兇手過世。

李文卓小時候發燒，李承天騎三輪車送李文卓去醫院，中途車鍊子掉了。李承天停下來抽了支煙，將李文卓送到了醫院。

送進醫院時已經遲了，發燒導致的腦膜炎，卓卓從此智力受損。

一切塵埃落定後，文文和廖穗芳葬在了一起。陳佑希帶著李文卓一起開了個理髮店。

程威出獄後，一頭板寸來到李文的理髮店求收留求理髮。

《回來的女兒》設定在1997年，三位80後編劇表示這個年份選擇含有主觀因素，因為90年代的氛圍與他們想像的故事最為契合。李家作為故事核心，其每個成員都站在變化的十字路口，這是選擇90年代作為故事背景的客觀原因。

該劇在鋪設「小秀去哪了」這一懸疑主線的同時，也著重描繪李家一家的親情。編劇強調家庭是故事發生的背景，需要佔一定比例，並確保每集劇情中謎團持續推進，保持觀眾好奇心，同時不失共情感。