警視廳音樂隊儀仗隊隊員雨野小夢（廣瀨愛麗絲），某天突然被命令調往“全領域異常解決室”，通稱“全決”。她前往外觀很奇怪的解決室本部，代理室長興玉雅（藤原龍也）等著她。

所謂的“全決”，是從大和朝廷時代延續至今的世界最古老的調查機關，是內閣官房直屬機關，負責調查超常現象般的“不可解事件”。小夢對存在這樣的機關感到驚訝，對為什麼自己會被分配到這裡感到不可思議。

興玉向小夢說明了目前正在調查的「神隱事件」。最初的事件發生在半年前。現場留下的只有衣服和物品，以及大量的血液。沒有找到屍體，看起來就像是人的身體突然消失了似的。之後，網路上出現了「這是『神隱』」「我是神的一柱，希爾科」的犯罪聲明。此後也接連發生同樣的事件，希爾科每次都會發表聲明。人們逐漸開始相信並恐懼希爾科的存在，其中甚至出現了崇拜者。

興玉和小夢依照「全決」局長宇喜之民生（小日向文世）的指示，為了參加聯合調查前往警視廳搜查一課。到達搜索一課後，那裡有著搜查一課的警部荒波健吾（中山祐介）、二宮乃乃子（成海璃子）、北野天馬（小宮璃央），他們正在查看調查資料。

荒波雖然對興玉他們露出詬異的表情，但還是說明了作為重要嫌疑人物正在被調查的松宮瑤偉（吉村界人）。松宮原本屬於地下偶像集團，解散後透過與女粉絲約會等方式賺錢。在至今發生的8起神隱事件中，他最近3起都成為了第一發現者，3人都是與松宮有過約會的狂熱粉絲。然而，松宮在犯罪時刻正在共享辦公室工作，而且他的身影也被防盜攝影機拍到，因此有不在場證明。在第一次事件之後，松宮開始說“我能看到希爾科”，在SNS上引起了巨大的話題。

此後松宮也在SNS和影片網站上呼籲網友注意希爾科，現在他成為了擁有超過800萬粉絲的人氣網紅。松宮說：「希爾科靠近時，空間會扭曲變形」。犯案現場附近的防盜攝影機拍到了像破碎的馬賽克一樣的人影移動的樣子。但是興玉卻說，這個犯人「也許不是希爾科，而是影之人（發光的人型UMA）」…

這真的是神隱，還是影之人所為呢？興玉他們引導出的答案究竟是──！？