故事的發生地是在一座名為星元市的小城市。

在市內的獅子尾山上，聳立著一個閃耀著彩色光芒的巨大物體，這個被命名為“摩諾之角”的物體，實際上是16年前“怪獸之日”事件發生之後就矗立在那裡的「怪獸的角」。

在世界各地同時出現怪獸的「怪獸之日」事件發生之後，怪獸災害開始變得日常。日本的地球防衛隊開始以武力對付怪獸的同時，怪獸防災科學調查所（統稱SKIP Scientific Kaiju Investigation and Prevention center）也為了防止怪獸災害的發生和受災狀況擴大，不斷對各地區進行科學調查和避難引導。這個組織時至今日，仍在不停地調查「怪獸之日」出現的原因和城市中的「摩諾之角」。

年僅7歲的「優馬」在獅子尾山與父母露營時，遭遇了怪獸攻擊，他奇蹟般地生還並毫髮無傷。以此為契機，「優馬」踏上了研究怪獸生物學的道路。雖然有著痛苦的過去，但優馬沒有失去夢想，他依靠“想像的力量”成長起來，作為新手調查員加入了“SKIP”，被分配到了星元市分所。

就在這時，星元市發生了大規模的怪獸災害。「想要保護眼前這些窮途末路的人們!」這個強烈而直接的想法從心底湧出的瞬間，「優馬」的腦海中出現了兒時見過的光之使者「盧提昂」在和他說話：“我就是你，你就是我... ... 釋放你的想像！”

出現在手中的神秘之光包裹住優馬的身體，釋放出的想像之力將光與人結合在一起，守護未來的光之巨人「亞刻奧特曼」變身! 優馬以及亞刻奧特曼與重要的夥伴一起，追逐著永不停歇的夢想，從現在開始奔跑!