新元文明，二百五十三年，犯罪率升高是否與“零度共情者”相關，正成為這個社會越來越讓人矚目的話題。一起送貨員被謀殺案牽扯出了一個犯罪團伙，而真兇被確定為最能引起社會討論的“零度共情者”，案子雖然順利結束了，但負責該起案件的特調組探員駱為昭（付辛博飾）卻意識到一切並沒有表面看起來這麼簡單。之後人口失踪案、富豪車禍案、走失大學生遇害案，一個個“零度共情者”被推到公眾面前，駱為昭意識到除了這些被推出來的兇手外，實習探員裴溯（張新成飾）似乎也牽扯其中，幾起案件背後還另有其人在穿針引線。最後這些犯罪勢力被一網打盡，公眾也意識到基因決定不了一個人的優劣、善惡，人可以戰勝基因，人可以自由選擇，只要心存希望之光，哪怕身處黑暗，也終有一天會回到陽光之下。

新元文明紀元二百五十三年，社會上掀起了一場熱議——犯罪率的攀升是否與零度共情者群體有關。零度共情者，一個因基因特性而無法與他人產生情感共鳴的群體，被視為犯罪的高風險人群，也成為了專家研究的焦點。與此同時，支持者們紛紛走上街頭，呼籲盡快通過基因檢測法案。該法案由新洲政府於兩年前提出，旨在通過基因檢測識別出基因序列異常者，以期遏制持續走高的犯罪率。然而，基因檢測法案能否真正抑制犯罪，尚待觀察。新洲，作為新南洲的首席自由港，其自治體制與寬鬆的移民政策，為零度共情者犯罪提供了溫床。裴氏集團的繼承人裴溯，對這一群體抱有濃厚興趣，正與專家白老師進行深入探討。

白老師對裴溯的處境頗為憂慮，在他離開時試圖寬慰，但裴溯只是留下一個迷人的微笑，自稱只是個平凡的富翁，便翩然離去。夜幕降臨，新洲下西區的城鄉結合部，一名快遞員慘遭。勒斃次日，此事引發民眾恐慌，因為至此已發生四起兇案。特別調查組迅速部署警力趕赴現場。第六支隊隊長駱為昭，與副支隊長陶澤及警員小嵐一同抵達。此時，下西區執行署的崔署長已命人展開勘查，他對駱為昭的到來頗為抵觸。駱為昭看出他的設防，便極力拉近關係，最終從崔署長口中得知一些關鍵信息。談及零度共情者犯罪的可能性，崔署長嗤之以鼻。他指著周圍環境說，這里地形錯綜複雜，若非熟人作案，進來容易出去難。駱為昭順勢附和，並趁機詢問與崔署長交談之人的身份。崔署長隨口說是自己的老鄉，鴻福地產的老闆金宰鴻。駱為昭欲了解死者情況，崔署長便叫來巡查隊員小眼鏡，向他介紹了情況。但當提及此處可能非第一現場時，崔署長勃然大怒，連聲質問。說完，他便命令巡防隊員抬走屍體收隊。裴溯乘車前往公司開會，助理看到下西區兇殺案的新聞，便拿給他看。

裴溯想起蘇總曾提及在此地開發，現在看來此地龍蛇混雜，毫無商業價值。看到新聞中駱為昭的身影，裴溯改變了路線，命司機開往下西區。駱為昭見裴溯下車，面露不耐，但裴溯不予理會，徑直與陶澤打招呼，說自己已為他們訂好西餐廳。駱為昭拒絕了他的安排，帶著同事離開，但裴溯緊追不捨。回到組裡，他們立即調查死者何宗一的情況，並詢問其合租室友苗小偉。大家將情況梳理後，駱為昭佈置了下一步工作。得知裴溯仍不肯離開，駱為昭心生怒氣，陶澤急忙表示自己前去處理。陶澤上了裴溯的車，答應一起去吃飯，途中勸他別再與駱為昭硬碰硬。看到陶澤手中的案件卷宗，裴溯又開始分析兇手與死者，越說越往零度共情者身上靠。陶澤急忙打斷他，下車時送給他一把糖，勸他放下執念，向前看。七年了，裴溯仍不肯原諒他。陶澤說，當年裴溯母親的案子，各方證據都指向自殺，駱為昭已盡力。裴溯打斷了他的話，讓他回家休息。自己則吃了一顆糖，坐在車裡聽音樂。

裴溯在夢中經歷了一場驚悚的場景，他手握一隻小鳥正欣賞之際，父親突然現身詢問他，是否知曉誰能掌控生死。緊接著，父親緊握裴溯的手，小鳥在痛苦中逝去。裴溯從夢中驚醒，喘息未定地走下床，凝視著手中的照片，思緒飄回那個神秘人向他打聽承光公館的情景。那人行為古怪，讓裴溯誤以為承光公館在招聘快遞員。

另一邊，陶澤向駱隊透露了一個關鍵線索：苗小偉發現何宗一手中多了一個昂貴的手機。何宗一解釋稱，這是他在送快遞時與人衝突後獲得的賠償。但駱隊對此表示懷疑，認為事情並不簡單。駱隊的分析與陶澤不謀而合，駱隊還猜測這是裴溯的見解。

苗小偉又提供了一個信息：何宗一穿著西服聲稱要去承光公館見人。承光公館是張東瀾的居所，駱隊隨即召來張東瀾詢問。此時，裴溯主動找上了駱隊。駱隊質疑裴溯去承光公館的動機，裴溯則以戲謔的口吻回應，若他要殺人，定會讓對方在勒殺中慢慢感受死亡。裴溯的話語讓駱隊欲言又止，裴溯卻提醒駱隊，案件或許並不簡單
。
女警察嵐大眼好奇地詢問陶澤七年前的真相，陶澤向她講述了那段往事。裴溯堅信母親是被父親所殺，但因缺乏證據，案件未得到立案。駱隊收到舉報材料，其中一張合影引發了關注。

裴溯陪同張瑩來到警局，為哥哥辯護。駱隊詢問當時還有誰在場，張瑩提及了她的男友周洪川。駱隊讓張瑩去另一房間做筆錄，裴溯突然說出駱隊曾告訴他的名言：“所有的犯罪都會留下痕跡。”駱隊停下腳步，向裴溯解釋了七年前的案件，希望他能放下心結。

裴溯再次陷入夢境，他發現自己身處一個房間，看到了小時候的自己手中拿著幾張紙。當他想要閱讀時，紙張竟自行燃燒起來。此時，他耳邊響起了母親的呼喚，請求他拯救，而父親則質問他是否還在同情那些動物，並開始掐住他的脖子。裴溯從夢中驚醒，發現自己正在接受醫生的催眠治療。醫生困惑地詢問他為何還要尋求治療，裴溯只是回答說他已找到解決方法，並表示不會再來了。

駱隊根據舉報線索找到了陳震，陳震將姐姐的遺物交給了駱隊，並透露姐姐生前非常恐懼，但不願透露詳情。駱隊隨後讓陶澤調查崔影。面對駱隊的詢問，裴溯為何與張東瀾在一起，張東瀾恰好出現打斷了對話。張東瀾獲釋後，他的朋友們歡呼雀躍，而何宗一的母親卻痛哭著指責他殺害了自己的孩子。在駱隊的安慰下，裴溯試圖帶何母去招待所休息，但她堅持要去警察局看壞人被抓。駱隊詢問何母是否認識馮念國，但何母搖頭否認。在眾人的勸說下，何母才去了招待所。

陶澤請假去相親，駱隊和裴溯爭相借車給他。在共進晚餐時，裴溯食慾不振，儘管喜歡吃蝦，卻不願自己動手剝殼。駱隊見狀，像餵寵物一樣為他剝了幾隻蝦。裴溯因此想起了陶澤的話，告訴駱隊他已經接受了生死離別的現實。駱隊詢問他是否還在做那個夢，此時電話響起，駱隊匆匆離去。

電話是陳震打來的求救信號，但剛說了兩句話就斷了，再撥已關機。陶澤通過定位找到了陳震最後出現的鴻福大觀KTV，並得知他與一個叫胡雪春的人關係密切。駱隊來到KTV，點名讓胡雪春陪他，但服務員告訴她胡雪春在歌廳的名字叫琳達，因身體不適無法接客。裴溯堅持要琳達來陪，駱隊便與琳達在包間內用寫字交流。通過交談，駱隊發現陳震果然在KTV裡。

然而，鴻福大觀金宰洪的手下發現琳達擋住了監控鏡頭，急忙叫來金宰洪。金宰洪認出駱隊後，決定放走陳震以避免特調組的注意。但不久後，手下報告說陳震已經死了。金宰洪大怒並決定採取更極端的行動。駱隊從琳達口中得知陳震在倉庫里後，準備前往救援時遭遇了一群人手持利刃的圍攻。駱隊讓琳達跳窗逃走，自己則拿起酒瓶迎戰。他打倒兩人後推著蛋糕車殺出一條血路衝進倉庫，但發現陳震已經死亡。此時，裴溯也被敵人追趕並受傷跳窗逃走，與琳達匯合後正準備離開時又遭遇摩托車手的襲擊。關鍵時刻裴溯開車趕到並救走了他們。

裴溯猛地將摩托車撞開，催促駱隊趕緊上車。駱隊與胡春雪迅速上車後，駕車疾裴溯馳，一群殺手騎著摩托車緊隨其後。裴溯通過後視鏡瞥見追兵，突感一陣眩暈，車輛險些失控撞上路人，幸好駱隊大聲呼喚他的名字將他喚醒。

當他們逃至一座大橋上時，被殺手前後夾擊。裴溯詢問駱隊，若他開車撞死這些殺手，是否算正當防衛。駱隊回答，他的生命遠比那些殺手寶貴。話音未落，遠處警笛聲響起，殺手們見勢不妙，掉頭逃竄，但很快被警車攔截。

殺手們被帶走後，駱隊與裴溯下車透氣。此時，杜組長致電駱隊，嚴厲批評他不該擅自行動。杜組長還透露，鴻福大觀內的人員已被全部帶至警局。裴溯察覺前台人員可疑，但得知眾人已被捕，決定先回警局。他沒想到這起兇殺案背後還隱藏著另一個案件，甚至牽扯出一個販毒團伙。杜組長下令，務必查清此事。

歸途中，駱隊好奇裴溯為何會出現在那裡，裴溯含糊其辭，轉而提及他與何母一同探訪了何宗一的住處，那里居住著眾多新移民，環境複雜。兩人步入警局，裴溯遇見何母，簡短交談了幾句。

張東瀾的司機向警方提供線索，稱在車內發現一條帶血蹟的領帶。陶澤檢驗後確認，這正是殺害何宗一的凶器。苗小偉投案自首，供認不諱，但駱隊發現真兇另有其人。兇手在屍體旁留下紙條，敢於挑釁警方，表明其自戀型性格，與苗小偉不符。金宰洪欲掌控下西區，此時發生命案引來特調組，對他不利，因此他亦非兇手。

陶澤調查發現，何宗一被殺當日前往張東瀾住處會見富商，若此人為凶手，則兇手屬於張東瀾的社交圈。駱隊苦思冥想之際，陶澤的提醒讓他恍然大悟。此時，裴溯帶著一張名片走進警局，駱隊發現這正是他尋找的關鍵線索。

駱隊懷疑何母認識兇手，眾人前往何母住處，卻發現她已離開。監控錄像顯示，何母半夜三點來到樓下，駱隊放大畫面，從何母的眼神中察覺到有人在對面等待。他推測，何母要見的人正是兇手。

駱隊、陶澤等人出發尋找何母，裴溯回想起何母曾對他說過的話，意識到何母可能自殺。通過監控追踪，警方發現何母上了一輛假牌照黑出租。他們在黑出租消失的區域展開搜索。裴溯分析何母心理，認為她會將自己的自殺作為一場表演。於是，裴溯在室外大屏幕上分享自己的經歷，最終讓何母放棄了輕生念頭。然而，和睦樓頂的柵欄被人破壞，幸得駱隊及時趕到，救下了險些墜樓的何母。

在成功營救何母后，駱隊決定去探望裴溯。裴溯之前對何母所說的話，其實是在揭開自己的傷疤。駱隊原本打算安慰他幾句，但看到裴溯並未表現出他想像中的痛苦模樣，這才鬆了一口氣。這時，陶澤前來告知，他們在那棟樓裡抓到了周洪川。駱隊聽後非常高興，決定立即審訊他，並讓陶澤去調查一個叫崔影的人。

審訊前，駱隊先了解了周洪川的基本情況。周洪川來自一個偏遠且貧窮的農村，小時候家中還遭遇了一場火災，父母在那場大火中不幸喪生。走進審訊室，駱隊看到周洪川滿不在乎地坐在那裡。駱隊便先提及了周洪川的身世，當聽到自己的原名周豐年被駱隊說出時，周洪川的臉上明顯露出了驚慌的神色，但很快就恢復了鎮定。駱隊故意激怒他，稱他作為一個從貧困地區走出來的學生，考上了香港頂尖的大學，成為知名律師，前途光明，為何要殺害何宗一併嫁禍給毒販，自毀前程。周洪川聽後，嘲諷駱隊的審訊手法老套，並質疑他作為特調組成員的專業性，竟然在沒有證據的情況下信口開河。他看了看手錶，告訴駱隊他的留置時間只剩一個小時，如果駱隊有問題就盡快問。

駱隊拿出了手中的證據，但周洪川運用法律知識輕鬆擺脫了嫌疑。陶澤那邊，他從崔影那裡得知，周洪川曾說過如果不小心殺了人，就把屍體拋到下西區，因為那裡是毒販交易的地方，容易擺脫嫌疑。領帶上的血跡化驗結果也出來了，是周洪川的。駱隊堅信兇手就是他。

眼看詢問時間就要到了，駱隊想起了裴溯的一句話，這種自戀型性格的人在作案後都會有一個癖好，即將犯罪物品收藏起來。在抓捕周洪川的現場，陶澤發現了一截被鋸掉的欄杆，何母差點從樓上掉下去就是因為那個欄杆被破壞。駱隊知道僅憑欄杆周洪川不會認賬，於是讓嵐大眼帶人到周洪川的住處晨光公館13號公寓搜查。駱隊猜得沒錯，周洪川看到欄杆無動於衷，但當駱隊提到承光公館13號公寓時，他開始緊張。

嵐大眼在公寓裡發現了何宗一的物品和裝錢的檔案袋。周洪川交代了自己的犯罪過程，堅稱殺何宗一是自衛，因為何宗一認出了他並要敲詐他10萬元。駱隊拿出何母的病例和何宗一的賬單給他看，他才意識到是自己的疑心病太重，殺了何宗一併嫁禍給裴溯的哥哥，又因為擔心被何母認出所以又殺了何母。

雖然案子破了，但駱隊感覺還有幾個疑點沒有解決，比如一個空號曾在案發時間段給何宗一發過信息，陳震為何要去鴻福大觀，還有那個吧台員為何憑空消失。駱隊正在思索這些問題時，陶澤突然打電話來說清理者又出現了。

裴溯一直在關注那個神秘的清理者。聽完清理者的朗讀後，他前往醫院探望父親。看著躺在病床上、依靠呼吸機維持生命的父親，裴溯詢問父親是否還記得他親手創辦的播音節目“啟明閱讀”。這個節目中，每隔一段時間，就會有一個代號為“清理者”的人朗讀一篇文章。現在，這個清理者再次現身，裴溯好奇地詢問父親是否知道清理者的真實身份以及零度共情者的情況。然而，父親毫無反應。為了喚起父親的注意，裴溯故意調小了呼吸機的氧氣流量，直到父親發出急促的呼吸聲，他才重新調整氧氣量。醫生在門外目睹了這一切，見裴溯並未真正傷害父親，才鬆了一口氣。

裴溯回到公司時，電視上正在播放警方成功打掉金宰洪販毒集團及其保護傘崔洪亮的新聞。身邊的大狗對此表示讚賞，並慶幸裴溯沒有投資下西區的開發項目。然而，裴溯突然宣布將啟動擱置已久的十三區項目。大狗雖感驚訝，但隨即恢復常態。裴溯解釋說，這個項目是他父親早先擬定的，因父親遭遇車禍而擱置。大狗欲提出異議，卻被裴溯提醒公司現在由誰做主。

陶澤向駱隊展示了那個播音節目的音頻，波段為調頻88.6，播講者為清理者。駱隊反复聆聽後，注意到清理者講完故事後的幾句提醒聽眾的話，其中提到了“要記住和你同桌吃飯的人”，而裴溯就曾被清理者貼上這樣的標籤。

裴溯祝賀駱隊再次破獲大案，並詢問他是如何發現周洪川與何宗一的老鄉關係，並據此分析出周洪川是兇手的。駱隊笑著回憶說，有一次周洪川遞煙給他時，讓他換了一支說是祈禱用的煙，而監控錄像中何宗一也夾著檔案袋、拿著煙在祈禱，這讓他對周洪川產生了懷疑。

苗小偉因吸毒被拘留15天后重獲自由。他乘坐出租車時，司機竟是一個年輕女人。她帶著苗小偉去見了一個老人，老人正在看電視上的新聞，對崔洪亮等人的落網表示滿意。女人為犧牲的陳震感到傷感，但老人認為犧牲在所難免，並期待新成員的加入，同時看向了苗小偉。

裴溯在母親的墓前意外遇到了駱隊，得知這七年來母親墓前的花都是駱隊送的。駱隊邀請裴溯參加週末的聚餐，裴溯欣然答應。聚餐當天，駱隊下樓接裴溯時，發現他正和唐凝及她的女兒晨晨聊天。得知唐凝是陶澤的相親對像後，他們邀請唐凝也參加了聚餐，並在餐桌上當眾誇讚陶澤。當裴溯提到陶澤不僅照顧他還送他遊戲機時，陶澤連忙澄清遊戲機是駱隊買的。裴溯這才意識到，多年來那個他討厭的人一直在默默關心他。餐桌上，他們還談到了駱隊的師傅老楊因抓通緝犯而犧牲的未了心願——郭菲玲失踪案。這個案子其實是一個連環失踪案，失踪的女孩都穿著碎花裙子，而晨晨今天恰好穿著這樣的裙子。裴溯還透露，他發現有人在跟踪唐凝和她們。

裴溯再次陷入夢境，與上次相同，他看到了小時候的自己以及燃燒的紙片。不同的是，這次他還看到了母親的屍體，小裴溯呆立在旁，淚水滑落。一雙大手遮住了他的眼睛，那是駱隊的手。裴溯從夢中驚醒，發現原來是聽著清理者的錄音睡著了。此時，駱隊也正聽著這段錄音，深思其中的話語。突然，陶澤的電話打斷了他的思緒，北州盤龍山上的平韶中學學生在旅遊時遭遇搶劫，事後一名叫曲潼的女學生失踪。

駱隊迅速趕往現場，發現裴溯和周洪川也在。周洪川解釋稱，他組織的賽車俱樂部當天恰好在盤龍山活動，得知有人失踪後，他組織大家一同尋找。很快，曲潼的腳印在一條小道上被發現，由於當時下著小雨，腳印異常清晰。駱隊看著腳印，腦海中浮現出一個場景：有人在追踪曲潼，她摔倒後被人扶起。

曲潼的父親老曲送來了一段神秘錄音，錄音中出現了鈴鐺聲，這讓駱隊想起了16年前的蓮花山舊案。當時，第6個受害者的父親老郭也曾接到一個只有鈴鐺聲的電話。曲潼失踪時穿著碎花裙子，與當年失踪案中的女孩相似，駱隊決定併案調查。

當年那起案件的兇手吳廣昌雖已落網，但駱隊懷疑真正的兇手可能是未被捕獲的零度共情者。杜組長同意了他的請求。與此同時，一個穿著碎花裙子的女孩晨晨在等公交時，遇到一個奇怪老人，嚇得逃跑。在逃跑過程中，她撞到了一個漂亮姐姐，回頭時老人已消失。

駱隊再次找到老郭，告訴他最近的失踪案，並提及錄音中的鈴鐺聲。駱隊詢問老郭，除了警方外，還有誰知道這個細節，以及他是如何發現吳廣昌的。老郭透露，他曾跟踪嫌疑車輛到垃圾處理站，而關於鈴鐺的事，他曾告訴女兒的班主任，當時幾個環衛工人也在場。他發現吳廣昌是因為在調查時遇到了一個小男孩，小男孩說他同學丟了，後來接到小男孩的電話說看到吳廣昌拖女孩進屋，他趕到吳家並看到了指認吳廣昌的女孩，情急之下捅傷了吳廣昌。

經過調查，那個男孩叫徐東嶼，現在是一名攝影師。最後一個倖存者囌靈奈已不在人世。駱隊找到徐東嶼詢問當年情況，但徐東嶼稱自己因病失去很多記憶。駱隊發現徐東嶼似乎早已知道囌靈奈的死訊，於是決定派人跟踪他。

駱隊為裴溯慶祝生日，剛唱完生日歌，陶澤的電話便急促地響起，告知晨晨被綁架的消息。駱隊立刻趕往現場，陶澤向他詳細匯報了情況：晨晨參加了一個課後補習班，因其父親老張晚到一小時接他而失踪。現場佈滿攝像頭，但陶澤查看監控後並未發現異常。為了盡快找到晨晨，駱隊與老師交談，並讓陶澤聯繫與晨晨一同補習的孩子，同時讓特調組人員分頭尋找。據老師回憶，晨晨在臨近下課時心不在焉，駱隊懷疑她只是將窗戶當作鏡子。

此時，特調組新成員小伍加入，他試圖與嵐喬拉近距離，卻被嵐喬制止。在調查過程中，他們從小偷手中找到了晨晨的手機，但老張試圖用手機軟件打開時卻發現失敗，駱隊分析晨晨在失踪時手機已被他人拿走並摳掉電池。駱隊發現補習班監控存在一個死角，位於廁所附近，旁邊就是公園，有人在那裡挖了一個洞可以進入公園。晨晨的同學都已被聯繫上，據他們回憶，補習班下課後，他們與晨晨一同去公園拍照，之後各自離開。駱隊猜測有人在拍照時拿走晨晨的手機，待她發現手機丟失後，此人陪晨晨回去找手機，並在公園裡將她帶走。此人應是晨晨熟悉的人，很可能是她的同學。駱隊詢問陶澤在聯繫補習班學生時，哪個不是家長接的電話，陶澤找出了一個叫蘇若婉的女孩。

駱隊調查後發現，蘇若婉的母親竟是囌靈奈。他們來到蘇若婉家，發現了與案件相關的線索。駱隊等人根據線索追查，最終找到了蘇若婉的藏身之處，並成功救出了晨晨。在救援過程中，裴溯也發揮了關鍵作用，他通過與蘇若婉交流，讓她放下了戒備心，最終配合警方成功獲救。而徐東嶼被抓後，卻試圖推卸責任。與此同時，裴溯在夢中再次回到了那個房間，看到了小時候的自己和媽媽，以及那個讓他痛苦的記憶。他決定放下過去，勇敢面對未來。駱隊等人繼續深入調查，根據舉報線索找到了陳震，但陳震卻突然死亡。在追查陳震死因的過程中，駱隊等人遭遇了金宰洪等人的襲擊，經過一番激戰，他們成功逃脫，但陳震的死因卻成為了新的謎團。