父親被斬殺的深草丘十郎（奧智哉 飾演）為了磨練劍術報仇加入了新選組。在入伍考試中認識了冷酷的少年—鐮切大作（前田拳太郎 飾演）。出身不明，劍術一流的大作作為期待的大型新人被引入新選組。二人雖然培養了火熱的友情，卻不知不覺被時代的波浪捉弄，進入了必須互相殘殺的悲壯的命運。

1863年，京都—。在老好人父親七也經營的小茶館工作的深草丘十郎謹小慎微地過著每一天。然而，一天夜裡，這種平靜的日常生活發生了翻天覆地的變化。

七也藏住了逃進店裡的佐幕派藩士，被長州藩士莊內玄悟砍死。氣得渾身發抖的丘十郎為了追趕莊內等人衝出了店鋪，這時出現了一個男人，他似乎領會了丘十郎的意思，將一名藩士斬殺了。他自稱壬生浪士組局長近藤勇，對丘十郎說了一句「感謝父親的勇氣」就離開了。

丘十郎發誓要向逃跑的莊內復仇，決定加入壬生浪士組。根據隊士招募的告示進入了入隊考試的會場，不過，聚集了以澀皮喜平為首，全都是對技術有印象的實力者，連拿刀都不穩定的丘十郎面對比賽也完全不服氣。

儘管如此丘十郎還是不願放棄入伍，在沖田總司的指示下，與應徵者中出類拔萃的劍之達人鐮切大作對戰。

經過考試，獲準加入壬生浪士組的鐮切大作和深草丘十郎——。隔天早上，除了局長近藤勇、副長土方歲三、沖田總司、原田左之助、齋藤一等主要成員之外，連很少露面的行長芹澤鴨也被拉了出來。在集合中，發表了新隊員們的分組。

兩人被分配到山南敬助擔任隊長，聚集著問題兒童的“山南隊”，比兩人更早加入壬生浪士組的新人隊士南無之介也在其中。

但入伍以來，做的事情除了跑步等基礎訓練之外，就是準備晚餐、在街上巡視、撿垃圾等雜務。在壬生浪士組磨練出劍術，想盡快為父親七也報仇的丘十郎感到十分焦急。

有一天，丘十郎在街上看到了斬殺父親的長州藩士·莊內玄悟…!?

鐮切大作、深草丘十郎南無之介幫助了鎮上被流氓包圍的年輕人。這個年輕人正是南無之介曾經侍奉過的武家次子鬆永新之丞。

新之丞的家因為安政大獄的餘波而遭到破壞，新之丞不得已被過繼到有交情的人家做了養子，卻被人嫌麻煩，輾轉尋找學徒。最後到達的是會津藩的御用富商野義正的家，不過，好像從邪眼看到新之丞的野身邊逃走了，被手下們追趕著。

在山南敬助的關懷下，新之丞被允許在壬生浪士組的屯所暫時養病。再次相見，南無之介高興地為新之丞付出一切，但新之丞卻隱藏著對誰都不能說的糾葛…

壬生浪士組入伍考試前夕，松永新之丞從屯所消失。在無處可去的徬徨中，被早就盯上了新之丞的會津藩禦用富商野義正的手下發現。

得知此事的南無之介，坐立難安地去找新之丞。決意助太刀的深草丘十郎急忙追了上去，只有鐮切大作拒絕同行…。

另一方面，近藤勇、土方歲三、沖田總司等幹部聽聞新人隊士們陷入困境，也準備前去營救。但是，拜託你為會津藩做中間人的總裁芹澤鴨阻止了他。。

無奈之下，丘十郎和南無之介只有兩個人，來到了有一大幫流氓在等待的鵺野家中，到底能不能救下新之丞呢??

壬生浪士組如願以償地謔見了會津謄。根據行長芹澤鴨的提議，鐮切大作、深草丘十郎、松永新之丞、南無之介等隊士們在諫見時，在會津藩主面前表演了「劍舞」。大家在芹澤的指揮下努力練習，但丘十郎卻無法按照自己的想法行動，總是失敗，他覺得只有自己一個人在拖他的後腿。

「怎麼做才能像你這樣?」丘十郎直勾勾地向大作求教，大作只回了一句玩笑…!?

在會津薩謔見的場合，深草丘十郎和鐮切大作搭檔表演劍舞的技巧，但卻無法決定。即使在沖田總司的指導下練習，也無法達到沖田所說的「自然體」的境界。

這時，行長·芹澤鴨說出了一句意想不到的話，以此為契機，丘十郎得到了到達那個境界的提示。在我心中復甦的，是與大作相遇的那一天…!?

這時，莊內玄悟等長州藩士們得到了壬生浪士組要諒見會津藩的情報，並策劃了襲擊會津藩邸的計劃…。

然後－－謁見的日子終於到來了…!?

鐮切大作、深草丘十郎、松永新之丞、南無之介受總裁芹澤鴨的命令，前往執行遠行任務。他被派去幫忙修繕京都郊外的水戶藩別邸。

與以長州藩為首的討幕派氣勢高漲、充滿緊張氣氛的町中不同，4人在平靜的鄉下，度過短暫休息般的快樂時光。但那天晚上，丘十郎目擊到的，是大作的「眼淚」…!?

而就在此時，對於芹澤這種不理不睬的策略，土方歲三強烈反對…。

在京都的街道上，發生了長州藩士莊內玄悟砍殺會津藩官員的事件。雖然原田左之助和齋藤一等人趕來阻止，但會津藩主鬆平容保懷疑討幕派掌握了自己的動向，壬生浪士組中並沒有間諜洩露情報。我很奇怪。

為了洗脫容保的嫌疑，隊士們接到了「未經許可禁止外出」的命令，鐮切大作和深草丘十郎等人除了固定的巡視外，其餘時間都呆在屯所苦練劍…。

在這樣的情況下，丘十郎受總裁芹澤鴨之託，要向富商·鵺野義正的家送信，獨自一人來到街頭。這時，壬生浪士組的一名男子急忙地走在後面的小路上，壬生感到很奇怪。!?就在這時，丘十郎陷入了絕境…!

涉皮喜平在暗戀的妓女的秘密會面中被控制，被懷疑是長州的奸細，從那天晚上開始，從隊士們的面前消失了踪影。

深草丘十郎從前輩隊士那裡聽說“澀皮被送回了老家”，察覺到澀皮被肅清的鐮切大作被罪惡感折磨，嘔吐不止…。澀皮這件事給隊士們的心中帶來了不小的騷動，大作和丘十郎都開始迷惑“什麼是正確的”，以及“自己應該如何前進”…。

那時候，幹部們更加吵鬧了。從以前開始就舉止狼狽，最近終日與尊王攘夷派宴會的芹澤鴨，在譫見會津薩主鬆平容保的時候沒有出現，容保公對他的信賴開始動搖。看不見的近藤勇拜託他參加諭見，不知芹澤芹澤想到了什麼，告訴近藤自己和土方歲三可以選一個……!?被點名的土方在那個時候，下定了某個決心…!?

然後，芹澤下台的瞬間終於到來了－－!

壬生浪士組肅清了行長芹澤鴨，由局長近藤勇、副長土方歲三統領，同時從會津藩主鬆平容保處拜命新隊名「新選組」。

但是，芹澤的臨終令深草丘十郎大受打擊，他一握住劍，手就會顫抖，使不上勁。越是意識到「自然體」的境界，就越能體會到已故的父親七也臨死前留下的阻止自己的遺言:「丘十郎…不能去那裡…」腦海中浮現出這句話。鐮切大作懷著複雜的心情看著苦惱的丘十郎…。

這時，大作、丘十郎、松永新之丞、南無之介被山南敬助帶到寺子屋。!?

另一方面，長州方面在桂小五郎的帶領下，醞釀著可怕的陰謀。那個與那個「歷史事件」相連的事—!?

鐮切大作交給新選組局長近藤勇的討幕派密信中，說要趁著祇園祭的熱鬧，在京都市內放火，趁亂執行顛覆幕府的計劃，為此在「池田屋」旅館舉行聚會。上面寫著可以打開。近藤做出了相信「這樣下去會有很多人死」的大作的決定，隊士們慌慌張張地進行出征準備。

出擊前，深草丘十郎對他說“不要死”，大作是——!?

晚上，近藤隊闖進了池田屋。發現了潛伏的討幕派志士們，激戰開始。然而就在這時，沖田總司卻感到心中有異變…!?然後丘十郎在混亂中，看到了為父報仇的長州藩士莊內玄悟的身影…!?

「池田屋事件」的夜晚，為了保護鐮切大作，深草丘十郎斬殺了殺父仇人莊內玄悟。第一次砍人的感覺揮之不去，回到屯所，手也止不住顫抖。最後成為「仇敵」的兩人，在無法回頭的壯烈命運中掙扎痛苦……。

由於將討幕派的計謀防患於未然，新選組獲得了會津藩主鬆平容保的獎賞。但是，另一方面，容保指出，現在的新選組在世人看來不過是單純的「劊子集團」。他對局長近藤勇說，如果想往上爬，就應該加入新選組不足的要素。新選組應該吸收的“變化”，到底是…!?

這時，丘十郎想起莊內死前喃喃自語的「叛徒」一詞。然後那時候，大作的身體危險逼近了…!?

局長近藤勇喚來的伊東甲子太郎和他的弟弟鈴木三樹三郎加入了新選組。甲子太郎在水戶進修學問，又擅長談判術，因此被招為“參謀”，但近藤完全沒有和他商量過，副長土方歲三強烈反對。無法相信兄弟倆，命令齋藤一暗中尋找他們。

在這樣的情況下，深草丘十郎意識到了身為隊士的使命，鐮切大作感到自己有責任，於是在甲子太郎拜託自己買東西時，順便買了“某樣東西”送給丘十郎，但遭到了丘十郎的拒絕。

就在這時，甲子太郎提議隊士們一起參加考試。據說甲子太郎會根據比賽結果重新分配小組…

反抗伊東甲子太郎、鈴木三樹三郎兄弟的鐮切大作，回到了深草丘十郎等落後生聚集的小組。大作希望丘十郎能恢復到殺人前本來的樣子，但堅信自己作為隊士正走在「正確的道路」的丘十郎拒絕了大作的請求。兩人依然擦肩而過。

在這樣的情況下，甲子太郎等人前往住在京都郊外的水戶學老師那裡問候。身為同行者，除了大作、丘十郎之外，還有鬆永新之丞、南無之介、原田左之助、齋藤一、山南敬助。副長土方歲三懷疑他是想拉近新選組和水戶藩之間的距離，對甲子太郎的舉動十分警戒。

然後出發當天——。山南以「有事要做」為由謝絕同行。其實，山南覺察到新選組有人隱藏著「秘密」…

新選組局長近藤勇不在的時候──發生了山南敬助抓住副長土方歲三的事件。山南發現沖田總司得了肺病，建議馬上讓他休息，但從重視組織臉面的土方口中說出這樣的決定實在是太無情了…。對沖田像弟弟一樣疼愛的山南，無法原諒這一切…

山南立刻被處以禁閉，鐮切大作和深草丘十郎等人對一向溫和的山南的暴行感到震驚…

在伊東甲子太郎、鈴木三樹三郎兄弟的斡旋下，山南的禁閉很快就消除了，但是之後，隊士們被衝擊和悲傷包圍，又發生了更大的事件——

山南敬助的謀反和切腹為新選組隊士帶來了前所未有的打擊和悲傷。被山南冒著生命危險留下的遺言所動搖的深草丘十郎強忍著淚水，鐮切大作擔心著因感情而痛苦的他。另一方面，受到打擊的松永新之丞發燒臥床不起，南無之介雖然自己也受傷了，但還是拼命照顧他。將山南逼入絕境的副長土方歲三，也為了填補山南缺口而拼命掙扎。

山南四散之際，丘十郎意識到自己所傳達的“刀劍相向、自相殘殺的愚蠢和空虛”，陷入混亂的丘十郎獨自前往一個地方…!?然後，大作為了保護丘十郎，墮入了深深的黑暗…