在第二季中，那須田步（岡田 飾）和九鬼靜（中井 飾）這對搭檔，在“工作方式改革”的浪潮席捲下，降臨到了越來越混亂的日本醫療界。除了醫生的短缺，醫生和護士的加班時間也受到很大的限制，在不斷縮小的生命現場，挑戰新的戰鬥。

步和靜這次受僱於長期擔任地區醫療核心的主幹醫院「西東京綜合醫院」。該院前院長的腐敗被發現後，標榜“正確的醫療，正確的工作方式”的“乾淨年輕的有領袖魅力的新院長”，著手以工作方式改革為中心的組織變革，不斷推進任務共享、勤務管理的徹底、醫療的可視化。但這位新院長就是「本季最大的敵人」。不久，步&靜與新院長對立起來。                         

2022年，在紐約的一家醫院裡，身患絕症的超級護士九鬼靜（中井貴一）成功做了手術，之後便與那須田步（岡田將生）留在當地工作。自那時起過了兩年，回到日本的那須田步前往他新的工作地點，西東京綜合醫院。在途中發生了一件事。

那須田步在路過一家飯糰店時，突然有一位態度蠻橫的客人，大田黑勝一（內藤剛志）吐出了血痰並倒下。那須田步立刻進行了緊急處理，將大田黑送往西東京綜合醫院。然而，恢復意識的大田黑依然態度蠻橫的要求道“把我送到特別病房！”，這讓神山直彥（風間俊介）等外科醫生們感到為難。

因為實際上大田黑直到上個月為止還是該醫院的院長。由於瀆職和賄賂行為接連曝光，他被迫辭職。根據醫院的合規管理原則，無法對這樣的人進行特殊對待——致力於推行乾淨的組織改革的年輕有魅力的新院長藥師丸卓（山崎育三郎），將大田黑安排到了離島的分院。大田黑雖然憤怒並明確表示了抵抗，但最終還是被趕出了醫院。

另一方面，那須田步偶然與九鬼靜實現了兩年來的再次重逢。然而，就在此時，前往分院的大田黑再次倒下……！

收到勞動基準監督署的整改通知後，致力於工作方式改革的新任院長藥師丸卓（山崎育三郎）指出，外科部門的加班現象尤其嚴重。主要針對外科主任神保輝之（要潤），藥師丸認為，在以神保為主導的外科部門，本應減輕個人工作負擔的「團隊主治醫師制」並未奏效。對此，神保輝之反駁：「哪有醫生能在正常工作時間下班？為了研究為了醫院，我願意付出一切。「旅行護士那須田步（岡田將生）也十分讚賞神保輝之，認為他是一位優秀的醫生。

就在這時，精英商社職員二宮正男（井上祐貴）因可切除癌症住院。主刀醫生神保輝之推薦的手術方案被他斷然拒絕，他希望接受更長時間的抗癌藥物治療。那須田步對二宮正男的做法感到疑惑。同時，細心觀察病人的超級護士九鬼靜（中井貴一）發現，二宮正男其實是公司裡的「尼特族」。

不久後，九鬼靜擔任手術觀摩助理，參與了神保輝之主刀的手術。面對年輕外科醫生小山衛（渡邊大知）的笨拙操作，神保輝之獨自熟練地完成了手術。但術後，九鬼靜卻察覺到「某種異常」。同時，那須田步也逐漸對年輕外科醫師的行為感到不對勁——。

在西東京綜合醫院工作的護士森口福美（野呂佳代）本應與在交友軟體上配對到的男性進行初次約會，卻因為對方遲遲未出現而感到沮喪……在同一天，西東京綜合醫院接收了一位名為三原裕樹（馬場徹）的闌尾炎患者。隔天早上，他的病情突然惡化，但經過消化外科醫生大滿貫太（槙田雄司）的緊急切除手術後，三原裕樹顯示出恢復的跡象。

另一方面，仔細觀察三原面孔的福美驚得屏住了呼吸。這難道是……命運？！原來他就是前天與她有約會約定的對象！福美透過「護士與病人」的關係，與三原的交流逐漸加深。她在專業盡責地照顧他的同時，日漸對他心生愛慕…

在此期間，原本計畫隔天出院的三原突然抱怨腹痛。然而，儘管外科進行了檢查，卻並未發現任何異常。旅行護士那須田步（岡田將生）為慎重起見，向其他科室提出了檢查請求。然而，由於某些醫生拒絕與其他科室共享訊息，三原在被各個科室推諉的過程中，關鍵的腹痛原因始終未能查明…

緊接著，三原開始抱怨右手臂疼痛！面對接連出現的謎之症狀，殲和九鬼靜（中井貴一）考慮到先前的經歷，懷疑有「某種可能性」…？！

有一天，西東京綜合醫院的一間大病房裡住進了兩名患者，齊藤四織（仙道敦子）和四宮櫻花（白本彩奈）。其實，同一間病房裡還住著一位以挑剔聞名的「怪物病人」四谷純子（西尾麻里），她在住院大樓也是出了名的難纏。這一天，純子又用激烈的語氣開始單方面責罵在抽血時手忙腳亂的新人護士中村柚子（森田望智）。不僅如此……儘管同事護士樸伊俊（金亨宇）試圖安撫純子，但旅行護士那須田步（岡田將生）看到純子過分的態度後，還是直言不諱地提出了批評，結果火上澆油！幸好超級護士九鬼靜（中井貴一）及時介入，才暫時平息了事態，但純子對步的憤怒似乎並沒有平息的意思。

在此期間，醫院點評網站上出現了一則指名道姓詆毀步的匿名評論。評論內容稱步“曾經欺騙患者致死”，這連步本人都毫不知情！。

就在此時，醫院裡發生了一場不該發生的醫療事故。令人驚訝的是，步竟然犯了配餐錯誤！從步手中接過餐點的四織因食物過敏發作而痛苦不堪！步明明在配送前仔細確認過－－面對這突如其來的狀況，步驚慌失措…

深知超級護士九鬼靜（中井貴一）少年時代的同級生五味武久（段田安則），因患癌症而住院，巧合的是他住進了靜所在的西東京綜合醫院。然而，從住院的第一天開始，五味就對旅行護士那須田步（岡田將生）大肆施壓，甚至對特意前來送私人物品的部下茶谷啟介（中島廣稀）破口大罵。試著給他測量體溫的資深護士金谷吉子（安達佑實）和新人護士中村柚子（森田望智）也遭遇了他無禮的對待。

另一方面，吉子對半吊子卻滿腹牢騷的柚子進行了嚴厲的指導。步等人則費心盡力地試圖調和連續幾天都氣氛緊張的兩人。然而，最終忍無可忍的柚子爆發了不滿，向護士長愛川塔子（寺島忍）直接投訴稱吉子「完全是權力騷擾」！塔子雖然表示理解吉子的職業意識，但也提醒她要注意自己的行為。

緊接著，由於病情突然惡化，五味被判定為不適合手術，情緒變得更加不穩定。柚子對他粗暴的行為感到極度憤怒。令人震驚的是，明明不是醫生的柚子卻擅自對五味宣布了余命，為此吉子狠狠地給了她一記耳光！而且，得知此事的院長藥師丸卓（山崎育三郎）竟向塔子暗示應該解僱吉子！另一方面，靜則拼命地試圖撫慰即將走向生命盡頭的五味的心。