該劇根據耳東兔子的同名小說改編，講述了優越不羈的校園男神週斯越（陳哲遠飾）與倔強可愛的灰姑娘丁羨慕（徐夢潔飾），二人最初是互相排斥的同桌，在日復一日的相處生活中逐漸發現對方的優點，陪伴彼此度過青春路上的低潮與迷茫，最終彼此成就蛻變的美好青春故事。

週斯越在校園匯中光芒四射，英俊的外貌加上優秀的成績，在校園中不突出也很難，這樣優秀的男生在觀眾的印像中通常都是高冷酷酷的，他與其他同學相處的時候的確是酷酷的，可是在丁羨慕面前反而變得十分的可愛。

例如當收到了情書時，以為是自己暗戀的丁羨慕寫給自己的，這時候內心的喜悅已經洋溢到臉上了，可事實卻是情書是尤可可寫給週斯越的。

丁羨慕默默的喜歡著週斯越，她努力讓自己變得更好，希望能站到他身邊。在丁羨慕小心翼翼暗戀著週斯越的同時，週斯越也在偷偷喜歡她。從學校到社會，從校服到婚紗，從懵懂到成熟，從愛你到更愛你…

最有爭議的應該是男配蘇柏從，在原著中是個充滿銅臭味的黑心商人，但在劇中變成了丁羨慕的學長。

在原小說中丁羨慕的學長其實另有其人，名字叫許軒，是大人交口稱讚的孩子，是別人家的孩子，丁羨慕之前的鄰居，丁羨慕遇到某些問題時會諮詢他，同樣是小地方來的，有著差不多的經歷，許軒能體會丁羨慕要融入學校不容易，這個角色有點類似於《你好，舊時光》裡的陳桉，而影視化之後蘇柏從和許軒這兩個角色“合而為一”，不過這樣的改編可以理解，畢竟在原小說中蘇柏大丁羨慕至少十歲，喜歡上丁羨慕的時機很微妙，當時丁羨慕高三復讀……

其實《暗格裏的秘密》對比小說原著改編的地方不少，例如原來小說中丁羨慕的父親是隱形角色，一直在外市工作很少回家。而在《暗格裏的秘密》電視劇中，丁羨慕的父親是一位高三的老師，一位會體貼人的父親，在日常生活中會關注女兒的成長，調節母女之間產生的矛盾。這樣的改編讓《暗格裏的秘密》電視劇看著更舒服一些，不會像小說描寫的那樣，把社會的黑暗一面表達的太突出。