《九部的檢察官》是一部懸疑犯罪題材電視劇，講述的是檢察官追蹤青少年反霸凌的故事，在黑暗的現實下，眾人如何透過自己的努力，讓受到傷害的人獲得應有的教訓。

雷旭在省會十餘年，戰績累累，不想在辦理宗有亮受賄案時，嫌疑人宗有亮墜樓身亡。事故查清後，雷旭被省會副檢察長劉立明通知吉平市賢湖區新成立的第九位檢察部（未成年人檢察部）報到，任九部主任。 

雷旭原以為各級領導對未檢工作如此重視，新成立的九部一定是人員高配部門，可讓他一言難盡的是，這是一個“娘子軍”組合：和雷旭搭班子的都子瑜身份特殊，她不僅是剛入額的檢察官，還是原本的九部主任人選，卻因為雷旭「空降」搶走了她的主任職位。 

九部其他成員有一身好功夫卻容易衝動的法警徐張荔，有即將退休、但記憶力極好的楊甜，還有陽光開朗、聰明上進的檢察官助理劉柳。

雷旭剛報到，這四員女將就給了他一個下馬威，雷旭預感到未來開展工作的重重壓力。

工作狂人雷旭來到九部突然閒下來，看著其他人忙前忙後，便主動和楊大姐去辦理了幾個別人不屑於辦理的雞毛蒜皮小案子。

然而，雷旭在實際工作中發現，自己過去一直堅守的執法理念並不適用於如今的未檢工作，幾個看似極其簡單的小案子被他處理得「一地雞毛」。

雷旭深感自己不適合未檢工作，向副檢察長陳亭毅申請調到其他部門，陳亭毅卻對雷旭充滿信心。無奈之下，雷旭只好接受楊大姊的建議，去私立學校翎華中學落實「法治進校園」的普法活動，結果也碰了軟釘子，即使不得不採取一些非常手段，也收效甚微。

同時，翎華中學的高二學生薑筱潔，心裡正藏著一個天大的秘密，無處訴說。就在雷旭為眼下的工作擔憂時，他並不知道，宗有亮意外死亡事件的背後，似乎還隱藏、牽扯著更多不為人知的秘密。宗有亮前妻孫雲娣和弟弟孫雲驍，一直暗中關注著雷旭的動向。

雷旭對未檢工作的不熟悉和不適應顯露無遺，尤其當他面對省電視台記者的採訪，連「未檢工作的痛點和難點」都無法作答時，他的尷尬和挫敗感達到了冰點，都子瑜主動開導雷旭。

雷旭很快意識到自己進入工作調動的受挫期，骨子裡越挫越勇的性格讓他迅速調整思維：要緩解業務範疇帶來的衝擊，必須在最短時間內做出改變，在實際工作中摸索出一套更適用於未檢工作的執法概念。

雷旭之前在翎華中學吃「閉門羹」時，意外獲悉該校女生常去嚴禁未成年人出入的場所狐光酒吧。於是，他帶領九部成員喬裝去狐光酒吧進行秘密調查，發現狐光酒吧和睡帽網吧均有違規接待未成年人的現象，雷旭和九部成員密切配合，及時報警讓家長領回孩子，兩家商戶被命令定期整改。

九部成員對雷旭刮目相看。

雷旭買早餐時車窗被砸，陳亭毅懷疑雷旭因昨晚查封的事被打擊報復，提醒雷旭未檢工作沒有他想的那麼簡單，不光要做好工作，還要保護好自己。

雷旭若有所思，不禁懷疑車窗被砸與宗有亮案有關。雷旭的努力並沒有白費，翎華中學終於同意雷旭作為法治副校長進行「法治進校園」普法宣傳。

雷旭和徐張荔一起給學生們上了一堂生動的普法課，台下的薑筱潔終於打開心防，約雷旭單獨在學校禮堂見面，並且告訴他，自己被人性侵了。

但當雷旭要帶她去報警時，姜筱潔卻忽然失蹤了。雷旭和徐張荔尋找未果，立刻將姜筱潔情況同步給公安，姜筱潔父母得知女兒失蹤前曾單獨見過雷旭，誤會雷旭說了什麼嚇跑女兒。

同時，網路上忽然爆出「檢察官與學生單獨談話後學生無故失蹤」的熱搜，陳亭毅責令雷旭盡快找到姜筱潔。徐張荔被私自行動的雷旭連累，對他意見更大。

姜筱潔在媽媽的嚴格管控下，只有暑期才能來濱海公園畫畫，公安排查了姜筱潔對雷旭提到的案發地——濱海公園的暑期監控視頻，發現了一些線索。雷旭和都子瑜、徐張荔三人到現場進行情境重現，推斷嫌疑人犯案時間不足。就在這時，網路上露出“翎華中學霸凌影片”，影片中霸凌同學張芸芸的人竟是姜筱潔。雷旭和都子瑜兵分兩路：都子瑜帶著小柳找姜筱潔母親李笑顏了解狀況，李笑顏只擔心女兒安危，對「校園霸凌」的詢問極度不耐煩。同時，雷旭帶著徐張荔前往張芸芸家走訪，中途卻看到宗有亮前妻孫雲娣和仕傑集團董事長祝劫上了同一輛車，雷旭駕車跟踪，被機敏的祝劫甩掉。雷旭和徐張荔趕到張芸芸姑姑家，得知被霸凌的張芸芸也不知去向。出於安全的考慮，九部協調公安對未成年人張芸芸的身份證實行「臨控」。雷旭和都子瑜找到姜筱潔父親姜林海，姜林海是個性格懦弱的家庭主婦男，對叛逆的女兒身上發生的事好像一無所知。二人在姜筱潔臥室發現幾幅畫風壓抑的畫作，拍照存檔後離開姜家。

九部透過監視視頻，發現薑筱潔離開學校後從一個超市儲物櫃拿走一個手提包。雷旭要徐張荔順藤摸瓜，尋找放置手提包的人。同時，姜林海發現女兒藏在即將拆除的薑家老宅，擔心女兒見到他再跑，只好求助雷旭。雷旭和都子瑜趕到姜家老宅，發現姜筱潔果然藏在那裡。姜筱潔緘口不言，都子瑜開導姜筱潔，試圖打開她的心防，姜筱潔情緒激動，在指責媽媽對她的各種管控時忽然暈了過去。雷旭和都子瑜立即將薑筱潔送到醫院搶救，得知姜筱潔因服用大量緊急避孕藥，引起了突發性子宮出血。李笑顏趕來，從醫生那裡得知女兒曾經有過性行為。雷旭回想起送姜筱潔來醫院時很匆忙，便帶著徐張荔返回姜家老宅尋找線索，結果在姜筱潔書包中發現9.8萬元現金，並遇到前來尋找姜筱潔的發小週喬，仔細詢問後才讓週喬離開。同時，張芸芸的身分證在一家私人整容醫院被使用，都子瑜和小柳趕到醫院時得知準備做整容手術的張芸芸因麻醉藥過敏陷入昏迷，情況十分危急，眾人火速將張芸芸送到大醫院搶救。張芸芸姑姑對張芸芸想做整容手術大吃一驚，更不知張芸芸是從哪裡弄到10萬巨款做手術。

週喬自稱是幫一個行動不便的殘障人士往置物櫃放的包包，其他一概不知。雷旭帶領九部成員梳理疑點：一是霸凌案恰好發生在學校監控探頭下，二是姜筱潔包裡的9.8萬和張芸芸準備整容的10萬是否有關聯？三是姜筱潔包裡的錢是否就是置物櫃包裡的？四是姜筱潔、張芸芸和周喬這三個孩子是否有其他關聯？雷旭和都子瑜帶領九部同事分頭詢問姜筱潔和張芸芸，得知姜筱潔誤會張芸芸散佈她吃緊急避孕藥的事，一氣之下將張芸芸打傷，張芸芸姑媽拿著姜筱潔欺凌張芸芸的視頻找李笑顏賠償，李笑顏擔心鬧到學校，就悄悄賠給了張芸芸姑媽20萬元。李笑顏見到張芸芸姑媽卻大吃一驚，稱這個姑媽不是自己曾經見過的那個“姑媽”，雷旭和都子瑜查證後，發現張芸芸帶著一個假姨媽騙走了李笑顏20萬元，眾人震驚。週喬得知假姑媽的事敗露，終於承認是自己入侵翎華中學校內網，盜取了姜筱潔欺凌張芸芸的影片。週喬是姜筱潔發小，為何幫張芸芸盜取霸凌影片呢？雷旭意識到姜筱潔和張芸芸並未說實話，九部成員再次對二人分頭詢問，當姜筱潔得知張芸芸因麻醉藥過敏差點沒命時，終於說了。

雷旭接受都子瑜的建議，決定對三個孩子附條件不起訴，但要進行嚴厲的批判教育和心理疏導。霸凌案告一段落，九部成員對雷旭刮目相看，眾人繼續調查「姜筱潔被性侵案」。雷旭透過姜筱潔畫中大廈上的燈光秀logo,發現該燈光秀是一個電競比賽的預熱燈光秀，預熱時間是在9月14日-9月19日，如此可推斷出，姜筱潔不只在暑期來濱海公園畫畫。為了進一步尋找線索，九部協同公安機關對犯罪現場——公園小木屋進行複勘，在木屋活動的地板下方發現了一個特殊的螺絲，徐張荔多方諮詢後，發現這個螺絲是中高檔眼鏡上的螺絲。雷旭和都子瑜去探望薑筱潔時，仔細觀察了薑筱潔的眼鏡，發現這個螺絲並不是她眼鏡上的。同時，公安圖偵到姜筱潔在9月17日進入濱海公園的畫面，九部推斷出這可能是姜筱潔被性侵的真正日期，調出監控後發現一個叫蘇達的電競隊員出現在案發現場，且案發時間推論完全合理。

警方首次傳喚蘇達，但因沒有關鍵證據只好放他離開。蘇達求助所在電競戰隊老闆孫雲驍，在孫雲驍的建議下，堵在姜筱潔放學路上，威脅她答應做自己的女朋友，正好被路過的雷旭撞見，蘇達落荒而逃。李笑顏蒐集了眾多留學資料，想要送姜筱潔出國完成她一直以來的美術夢，但是姜筱潔卻說自己今後不再準備拿起畫筆，女兒的遭遇和變化讓李笑顏自責地流下眼淚，她一改往日態度找到雷旭，把薑筱潔未交出的關鍵物證眼鏡腿提供給檢方。有了重要物證，警方再次傳喚蘇達。在警方的一再追問下，蘇達承認跟蹤過姜筱潔，但宣稱自己是為了保護筱潔並沒有傷害她，案件進入膠著狀態。在家人和九部的努力下，姜筱潔卸下心理防線，交出關鍵物證，在確鑿的證據面前，蘇達對性侵姜筱潔的犯罪事實供認不諱。九部批准逮捕蘇達，擇日開庭。孫雲驍找到陳亭毅半威脅地要求他阻止姜筱潔案開庭，但面對確鑿的證據和立場堅定一致的雷旭和都子瑜，陳亭毅無理由提出不起訴要求。九部成立以來的第一起刑事案件即將開庭，所有人都十分重視，大家空前​​一致地團結，信心滿滿地期待著明日的到來。

「蘇達案」擇日開庭，雷旭和都子瑜做了充分的準備，薑筱潔也決定親自出庭指控蘇達。但令雷旭和都子瑜意想不到的是，蘇達當庭推翻了先前的供述，表示自己很冤。緊接著，姜筱潔也推翻了對蘇達的控訴，稱自己和蘇達是戀人，兩人在公園小木屋偷嘗禁果。鑑於被害人的陳述和嫌疑人的供述有重大逆轉，雷旭和都子瑜發生分歧：都子瑜建議延期審理，她堅信兩人同時翻供的背後一定有問題，需要再補充證據。雷旭則認為姜筱潔和蘇達明顯是串供，短時間內很難找到新的證據，延期審理沒有任何意義，不如將計就計引蛇出洞，找出幕後指使的人。因沒有新的證據，蘇達被宣判無罪。審判結束後，現場出現大批記者圍追堵截報道該案件，假記者們事後收取「報酬」的一幕被雷旭看到，他擔心會有對當事人不利的輿論，果然，網上出現了一波波不利於當事人及九部的言論，姜筱潔也從家中失蹤。

在不良自媒體的刻意操作下，雷旭和九部被推到輿論的風口浪尖，蘇達和姜筱潔也陷入輿論的漩渦。姜筱潔在網路暴擊下投海輕生，幸虧雷旭和都子瑜及時趕到，雷旭跳海冒死救下姜筱潔。雷旭從週喬口中得知，開庭前週喬與姜筱潔見過面，當時的薑筱潔本來是想在法庭上指認蘇達的。但周喬並沒有告訴雷旭蘇達手中握有案發當天姜筱潔被性侵的視頻一事，週喬以此事打電話威脅蘇達交出視頻，並跟踪他到郊外的一座廢棄廠房。另一邊，蘇達被電競協會停賽前程盡毀，找曾承諾保他平安的電競戰隊老闆孫雲驍討說法，並威脅孫雲驍，要找雷旭爆他的猛料。雷旭接到蘇達的電話後急忙到廢棄廠房赴約，卻掉入圈套，還沒見到蘇達就被人偷襲打暈了過去。同時，姜筱潔的案件讓都子瑜想到自己多年前辦理的沈雨兒案，兩起案件的相似點眾多，而這起案件的犯罪嫌疑人正是蘇達所在電競站隊的老闆孫雲驍。

在劇痛中醒來的雷旭發現，蘇達此時已墜樓身亡。雷旭立刻報警，卻因為墜樓處現場已經提前被清理過，沒有留下任何痕跡，沒有第三個人在場證明雷旭的無辜，雷旭無法洗脫乾系，被採取強制措施。這件事在網路上掀起了不小的波瀾，雷旭和第九檢察部被不良自媒體推到風口浪尖。陳亭毅迫於輿論壓力，無奈停止雷旭的工作。

都子瑜絕不相信雷旭會做出傷害別人的事，她多方尋找證據證明雷旭的清白。週喬的父親週龍在家中死亡，週龍的妻子喬麗自首，聲稱是自己失手殺死了周龍。公安找到週喬，原本是想了解案發當天他的行踪，但周喬張口就問是不是有關蘇達的事情，公安意識到問題的嚴重性，立刻聯繫九部提前介入。在詢問過程中，週喬情緒激動，拒不承認自己到達過蘇達死亡現場，而目擊者拾荒人的證詞以及法醫在周龍家的勘測結果證明，兩起案件發生時週喬均在現場。

喬麗因被周龍家暴導致肝破裂，送到醫院搶救。週喬這才得知父親週龍已經意外死亡。喬麗和周喬都堅稱是自己失手推倒週龍，導致他撞到桌角後死亡。在經歷父親死亡、母親病危的一連串打擊後，週喬決定交代自己看到的真相：蘇達墜樓當天，他跟踪蘇達想要回姜筱潔的視頻，剛到爛尾樓就發現雷旭也來了，所以偷偷躲在暗處。

等他到達樓頂時發現雷旭已經被打暈，而黑衣人把同樣昏迷的蘇達從樓頂扔了下去。根據週喬的陳述，和他拿出的幾秒鐘抓拍影片證明了雷旭的清白，雷旭被洗脫冤屈，從看守所釋放。另一邊，孫雲驍不滿處處看祝劼臉色行事的生活，陳亭毅日日擔心自己和孫雲驍車內密聊被楊甜撞見一事，保安老趙的孫子星星也險些被人販子拐走，週龍死亡案件遲遲沒有新線索……吉平和九部都被籠罩在一股危險和不安的氛圍中。

透過現場偵查實驗和周喬、喬麗的供述，公安排除喬麗推倒週龍的可能性，案發現場第三人的痕跡基本能確定是周喬，週喬被列為週龍死亡案的重要嫌疑人。但因週喬系未成年人，且為了保護長期被家暴的母親喬麗，排除主觀故意致死週龍的可能性後，九部給予的意見是對週喬採取取保候審。

平日里樂呵呵的楊甜對給予週喬取保候審的決定持不同意見，在雷旭的安排下，透過與週喬的相處，楊大姊慢慢解開多年藏在內心深處的心結。同時，喬莉情況危急出現肝衰竭，急需換肝保命，肝源和三十萬的手術費困擾著週喬也牽著九部所有人的心。情急之下，週喬向戰隊經理預支30萬的工資，但交換條件是偷雷旭家的一盤磁帶。磁帶到手了，錢卻沒拿到。還好雷旭和九部協調多部門，幫喬麗申請了救助資金，並找到了匹配的肝源。搶走磁帶的黑衣人也被抓回歸案，他就是殺死蘇達的兇手。

案件告一段落，大荔和小柳提議在都子瑜家聚餐，但因為突發狀況，聚餐變成了雷旭和都子瑜兩個人的晚餐。尷尬的兩人因為都子瑜母親的一通電話回憶起往事，原來雷旭與都子瑜曾是濱河政法大學的同學，也是一對令人羨慕的校園情侶，但因為一場辯論賽，也因為對未來的不同選擇導致兩個人分道揚鑣。

餐桌上，雷旭和都子瑜重新梳理幾起案件的線索，發現姜筱潔、週喬和蘇達幾件案子背後有著千絲萬縷的聯繫，都子瑜想到13年前的一樁性侵案，稱蘇達如此專業地當庭推脫罪責，背後定有「高手」指點，和當年的「沈雨兒被強暴案」的脫罪方式十分相似。當聽到沈雨兒案的被告是孫雲驍時，雷旭愣住了，很快聯想到宗有亮的妻子孫雲娣，馬上吩咐小柳調查仕傑集團的所有資產狀況。楊大姊去都子瑜家的途中發生嚴重車禍，不省人事。孫雲驍做事心狠手辣，陳亭毅知曉此事自己脫不了乾系，便偷偷回到辦公室撕掉了楊大姐記下孫雲驍車牌號碼的本子，試圖銷毀自己和孫雲驍的一切關聯。另一面，喬麗術後醒來終於說出「週龍案」真相，最後週喬被判緩刑，接受社區矯正，開始迎接新生活。

陳亭毅得知雷旭和都子瑜開始調查沈雨兒舊案，頓時坐不住了，立刻將矛頭指向都子瑜：稱當年復勘現場時，是都子瑜發現的關鍵證據。沈雨兒案是都子瑜擔任助理檢察官協助師父陳亭毅辦的第一起案子：嫌疑人當庭翻供被判無罪。被害人沈雨兒當庭推翻陳述後患上精神疾病，如今即將步入婚姻殿堂，卻走不出當年的陰影。

未婚夫鼓勵沈雨兒說出真相：當年有人出錢指使沈雨兒推翻陳述。幾起看似毫無關聯的案子，卻又有著千絲萬縷的聯繫，像是被人暗中操控。尤其是孫雲驍，竟然牽扯到雷旭一直沒有放棄的心頭舊案：檢察官丁永剛「畏罪溺亡」。雷旭和丁永剛素昧平生，但他堅信兩人有共同的法治信仰。都子瑜無意間點醒了雷旭，​​這些年來，他一直在追查是誰殺了丁永剛，卻毫無進展，如今他應該變換思路，追查丁永剛死亡背後，誰是最大利益獲得者。楊大姊甦醒後失憶，保全老趙道出陳亭毅指示其暗中觀察雷旭的一舉一動。

透過九部的調查發現，沈雨兒案的被告人孫雲驍被釋放後搖身變成了孫總，那段時間陳亭毅母親患重病住院，使用過一種一般人很難買到的高價藥品。都子瑜拿著證據去找陳亭毅。陳亭毅羞愧向徒弟坦白，當年他是受祝劼的指使，幫孫雲驍替人頂罪，祝劼從那時起生意風生水起。這樁案子成了他多年來的心結，也是他職業生涯的污點。雷旭在丁永剛留下的磁帶錄音中，留意到有關「車」的線索提示，於是前往丁家老宅，在眾多車模型中費力找到當年被丁永剛藏起來的祝劼官商勾結的證據SD卡。祝福劼派人搶走SD卡，並且要把雷旭和都子瑜置於死地，幸虧九部同事帶著警察及時趕來。

陳亭毅將功贖過，協助逮捕孫雲驍。祝劼的白手套張鴻圖獅子大開口，用沈雨兒案的真相威脅祝劼。在劇痛中醒來的雷旭發現，蘇達此時已墜樓身亡。雷旭立刻報警，卻因為墜樓處現場已經提前被清理過，沒有留下任何痕跡，沒有第三個人在場證明雷旭的無辜，雷旭無法洗脫乾系，被採取強制措施。這件事在網路上掀起了不小的波瀾，雷旭和第九檢察部被不良自媒體推到風口浪尖。陳亭毅迫於輿論壓力，無奈停止雷旭的工作。都子瑜絕不相信雷旭會做出傷害別人的事，她多方尋找證據證明雷旭的清白。週喬的父親週龍在家中死亡，週龍的妻子喬麗自首，聲稱是自己失手殺死了周龍。公安找到週喬，原本是想了解案發當天他的行踪，但周喬張口就問是不是有關蘇達的事情，公安意識到問題的嚴重性，立刻聯繫九部提前介入。在詢問過程中，週喬情緒激動，拒不承認自己到達過蘇達死亡現場，而目擊者拾荒人的證詞以及法醫在周龍家的勘測結果證明，兩起案件發生時週喬均在現場。

綜合幾起案件線索，九部開始發力，雷旭和同事透過一段錄音片段和一份陳舊血跡的鑑定報告，鎖定孫雲驍和他背後的祝劼。孫雲驍承認當年受人指使殺害丁永剛，並栽贓他的犯罪事實。雷旭決定下一盤大棋，挖出祝劼背後的人。逃跑的祝劼落網，在其家中搜到當年沈雨兒被性侵的視頻，施害者竟然是劉立明的兒子劉果。

原來，劉果在祝劼的KTV酒後施暴，祝劼拿著無意中錄下的視頻證據找到劉立明，承諾幫他擺平此事。祝劼操作一番，成功幫劉果脫罪。從那以後，祝劼和劉立明、宗有亮聯手，開始官商勾結。雷旭和九部同事以未檢案件為線索，深掘出陽光下的罪惡，追查出未檢案件背後的窩案、串案，將犯罪者繩之以法。以正義之劍保護並拯救了姜筱潔、週喬和張芸芸等未成年人。不久後，雷旭調回省檢察院第九檢察部，成立“燈塔未檢團隊”，與全國未檢檢察官們一起投入到落實'兩法'、加強'六大保護'的工作中，共同築起未成年人保護的鋼鐵長城。他們的期盼是，終有一天，無案可辦。