講述了清掃過去的「污垢」的清掃屋的3人，揭露過去的「錯誤」的報道撰稿人蒼，以東京·墨田區錦系町為背景，透過與各種各樣的人的相遇，面對自己的過去…

潔公司「整理整頓」以東京·錦系町為據點，承包各種清掃業務。成員有社長·大助(賀來賢人)、大助的發小·小裕(柄本時生)、兩個人的後輩·一平(落合扶樹)。

錦系町位於東京郊區，是他們三個生活長大的地方，「錦系町音樂節」將時隔5年舉辦，貼在電線桿和牆上的神秘二維碼也是錦系町的特色。

有一個神秘男人(岡田將生)冷眼注視著錦系町發生的事－。

這天，大助（賀來賢人）等人負責清掃的地方是一家即將解散的音樂app新創公司。社長阿能告訴他們可以丟棄所有東西，但他們還是猶豫不決，因為辦公室裡有許多員工看起來樂融的照片。

根據阿能所說，他與發小--牧田、荒川在學生時代就創業了。他們開發的音樂app大受歡迎，公司也迅速走上了正軌。然而，為什麼公司會走到解散這一步呢――。

大助（賀來賢人）、小裕（柄本時生）、一平（落合扶樹）一邊聽著當地的FM廣播，一邊前往菲律賓酒吧「Salamat po」進行清掃。這間酒吧因為非法拉客行為被發現而被迫關門，店內一片狼藉——。

店員Mika（矢野亞由美）因為這事件而被曝出非法滯留，即將被強制遣返回國……。同時，坂田蒼（岡田將生）去拜訪了經營雜貨店的爺爺（星田英利）…

在清掃完菲律賓酒吧後，「整理整頓」的成員們在店門口遇到了大助（賀來賢人）、小裕（柄本時生）的同學遠田（森岡龍）。聽說他在入境管理局工作，兩人面露尷尬，匆匆離開了。

與遠田分別後，三人在路過的咖啡店「Decoluffer」裡，從美佳（矢野亞由美）那裡得知了她要去菲律賓的事。

負責拍攝錦系町節日紀錄片的安住（松岡廣大），突然在波苗（濱田麻里）擔任主播的廣播節目取外景時失踪，第二天節目組收到了疑似安住的人發來的道歉信。

信中表達了對尊敬的社長（今井隆文）的思念和失蹤的心情，也提到了社長承擔的「責任」。聽到廣播的裕太（柄本時生）的一句話讓大助（賀來賢人）感到動搖。

今天，「整理整頓」的工作分為兩部分。裕太（柄本時生）和一平（落合扶樹）前往一棟公寓，任務是清理攝影師綾（清水久留美）的房間。牆上貼滿了綾拍攝的照片。

一平稱讚房間的氣氛很好，綾卻奇怪地問：「味道怎麼樣？」她還表示希望丟掉重要的相機。這就像要切斷什麼東西一樣——。綾要求清理掉這些回憶的真意是？

 町田麻衣（山下莉緒）是一名幼兒園的保育員，有一天，一位母親（櫻一花）帶著尷尬的表情將年幼的兒子送到幼兒園。這位孩子的哥哥谷山（井上涼太飾）是一名中學生，他用棒球棒破壞了街頭的紀念碑，這一放肆的暴力行為被拍攝下來並在網絡上廣泛傳播。麻衣為了避免讓孩子聽到其他家長討論這件事，便帶他離開了。這時，青木（岡田將生）推著坐在輪椅上的橘（板尾創路）經過，他們的樣子顯得有些奇怪，儘管青木聲稱自己是志願者，但關係似乎並不僅僅如此。

在送橘回家的途中，輪番出現的還有兩年以來定期到橘家進行清潔整理的三個工作人員。他們整理好佛壇後，總會對著橘的女兒美里（太田しずく）的遺像合掌。十年前，還是中學生的美里因遭受霸凌，最終選擇從附近的橋上跳下，結束了自己的生命。在清潔工作的進行中，小裕（柄本時生）注意到夫妻倆表現得比平常更開朗。

青木回到自己的工作室，桌上散亂著麻衣和美里相關調查的資料，其中也包括被貼上「破壞犯」標籤的谷山的臉部照片。美里的死亡和紀念碑破壞事件，這兩個事件背後隱藏的黑暗，似乎即將在陽光下被揭露。

對於是否應該接受「まっさん」（星田英利）的委託，大助（賀來賢人）等「整理整頓」成員召開了緊急會議。發現事情的整個經過都顯得過於可疑。自稱「まっさん」卻沒有身分證。經營零食店卻居無定所。雖然有閉店大掃除的委託，卻不給聯絡方式。

更過分的是，他還說：「我從江戶時代就活著呢」。原本只剩下3天壽命，卻因為與一個男人（波岡一喜）的相遇而活了將近300年——。

大助他們拿出一張舊照片給正男看，照片上的人與正男非常相似。大助提出一個想法，小時候在店裡看到的可能是正男的父親，問正男到底想做什麼。

正男小聲說：「還是沒辦法相信我嗎？」然後他把三人帶到樓頂，要證明自己真的是不死之身，就在他們眼前跳了下去。三人震驚之餘，慌忙打算叫救護車，這時本該跳下去的正男又出現了。

他就像神出鬼沒一般，雖然他的身世令人難以置信，但大助感覺到他並沒有說謊，決定接下清掃的工作。第二天，三人到指定的地方，馬上開始清理，蒼在遠處看著他們。