在全國政令指定城市開展MER（醫療緊急應變隊）的行動中，音羽（賀來賢人）的離開讓隊伍面臨了前所未有的挑戰。作為第二醫師的空缺，喜多見（鈴木亮平）深感責任重大，而隊伍內部的意見分歧也讓局勢更加複雜。

對於誰該接替音羽的位置，隊伍內的聲音各異。尤其是有聲音提出讓比奈（中條綾美）升格，這使得比奈倍感壓力，她開始質疑自己是否具備接替音羽的能力。然而，音羽卻堅定地認為比奈應該朝循環器外科的方向發展。

此時，青戶（伊藤淳史）以支援醫生身分加入MER，為隊伍帶來了一線希望。青戶與音羽一樣，曾是厚生勞動省的醫科技術官。表面上看，他是作為第二醫生的候補被派遣而來，但背後的動機可能遠不止如此。

就在MER成員們努力適應新局面時，隅田川上發生了一起水上巴士與屋形船的碰撞事故。大量傷者需要緊急救治，但屋形船失控，情況萬分危急。儘管MER的成員們迅速趕到現場，卻發現無法直接靠近屋形船。同時，他們發現船底有燃料洩漏，裝載的傷者數量過多，有爆炸的風險！

面對這樣的危機，喜多見等人決定採取非常規手段進行救援。